PDB-7s77: Crystal structure of the G391V variant of human PGM-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7s77

タイトル

Crystal structure of the G391V variant of human PGM-1

要素

Phosphoglucomutase-1

キーワード

ISOMERASE / phosphoglucomutase / enzyme / missense variant

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective PGM1 causes PGM1-CDG / Galactose catabolism / phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) / phosphoglucomutase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose, Leloir pathway / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / Glycogen synthesis / gluconeogenesis / glycolytic process / glucose metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Stiers, K.M. / Beamer, L.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Effects of the T337M and G391V disease-related variants on human phosphoglucomutase 1: structural disruptions large and small.
著者: Stiers, K.M. / Owuocha, L.F. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2021年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7s77.cif.gz	494.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7s77.ent.gz	341.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7s77.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7s77_validation.pdf.gz	454.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7s77_full_validation.pdf.gz	470.3 KB	表示
XML形式データ	7s77_validation.xml.gz	38.4 KB	表示
CIF形式データ	7s77_validation.cif.gz	52.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/7s77 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/7s77	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7s0wC 5epcS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoglucomutase-1

B: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

129 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
64.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphoglucomutase-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	171.050, 171.050, 100.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Phosphoglucomutase-1 / PGM 1 / Glucose phosphomutase 1 分子量: 64233.812 Da / 分子数: 2 / 変異: G391V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGM1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P36871, phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: condition 2-33 of the Morpheus crystal screen (Molecular Dimensions) at a protein concentration of 10 mg/mL from a hanging drop of 1 ml protein and 4 ml well buffer. Condition 2-33 contains 0. ...詳細: condition 2-33 of the Morpheus crystal screen (Molecular Dimensions) at a protein concentration of 10 mg/mL from a hanging drop of 1 ml protein and 4 ml well buffer. Condition 2-33 contains 0.1 M of a carboxylic acid mixture (0.2 M sodium formate, 0.2 M ammonium acetate, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M sodium potassium tartrate tetrahydrate, and 0.2 M sodium oxamate), 0.1 M of a buffer system at pH 8.5 (Tris base and BICINE), and a 30% v/v precipitant mix (40% v/v PEG 500 MME and 20% w/v PEG 20000)

結晶

マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.98 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: condition 2-33 of the Morpheus crystal screen (Molecular Dimensions) at a protein concentration of 10 mg/mL from a hanging drop of 1 ml protein and 4 ml well buffer. Condition 2-33 contains 0. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.000001 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.000001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→48.18 Å / Num. obs: 37211 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 76.01 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.16 / R_pim(I) all: 0.04536 / R_rim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 15.44
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 13.7 % / R_merge(I) obs: 2.24 / Mean I/σ(I) obs: 1.24 / Num. unique obs: 3643 / CC_1/2: 0.512 / CC star: 0.823 / R_pim(I) all: 0.8299 / % possible all: 99.95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5epc

5epc

解像度: 2.8→48.18 Å / SU ML: 0.4211 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.4841 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2518	1862	5 %
R_work	0.1927	35342	-
obs	0.1956	37204	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7874	0	5	31	7910

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0095	8025
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.095	10914
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1278
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	1422
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.6528	6348

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.88	0.4098	140	0.3277	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.88-2.96	0.3371	140	0.2875	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.96-3.06	0.3685	141	0.2656	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.17	0.3108	141	0.2424	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.17-3.29	0.3349	141	0.2417	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.44	0.316	141	0.2195	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.62	0.3322	142	0.2006	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.62-3.85	0.2629	143	0.1859	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.85-4.15	0.2479	143	0.172	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
4.15-4.56	0.1931	143	0.1512	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
4.56-5.22	0.1877	145	0.1474	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
5.22-6.58	0.2283	147	0.2059	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
6.58-48.18	0.2302	155	0.183	2920	X-RAY DIFFRACTION	99.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.72020091026	-0.978189349464	-0.643226600161	4.22971651243	0.266507877138	1.81193511566	-0.0939096211837	-0.250552315907	-0.0660509085815	0.574115420687	0.348747384006	-0.427581465568	0.436618908865	0.472902752547	-0.221842183132	0.596261839223	0.068186189499	-0.129597294116	0.515730362026	-0.120088000202	0.46998279582	33.5777401685	-71.1476473665	1.49250501391
2	1.20035091975	-0.942851744057	-0.698778576892	3.11982379754	2.05866610669	2.29026337276	0.0915279889533	0.21431251556	0.21621155013	-0.330519187328	0.425626387055	-1.02556093505	-0.409682495251	0.636750310526	-0.313080718388	0.467387704064	-0.157889486113	0.118869534042	0.535739798876	-0.0759445560334	0.766913030024	31.4893639303	-40.8607502929	-3.06255688279
3	2.62095675992	1.51902346161	1.30616661197	2.07233205656	0.762679861829	4.19178918801	0.118226505865	-0.443079667838	-0.00153887508897	0.155984978062	-0.239708957694	-0.0037252645153	0.0247243959761	-0.361617787591	0.100039392541	0.306932767844	-0.00784109285008	0.0121062548168	0.45017074783	-0.0316471048962	0.476514715369	18.9226302367	-42.9718741376	16.9212897572
4	2.88177956776	1.16443485232	0.164556592441	2.74730216246	0.411126193814	3.17735283761	-0.0157503014877	0.391166294321	0.181442499865	-0.313096567613	0.297008026977	0.479948846723	0.295993175732	-0.732350889852	-0.217279348962	0.44226776877	0.00608519493459	-0.0781945884022	0.772598783298	0.163392285547	0.555816933048	-25.4611355088	-56.7982634013	-9.14585372367
5	2.06042015739	-0.332025338786	-1.0272306231	3.31329301077	0.133792113692	2.70335258587	0.276116014663	0.655956894882	0.132787863767	-1.19799975828	-0.230585821174	0.332816340014	-0.553000897069	-0.270138722991	-0.0687209654576	0.788401806205	0.156646553568	-0.127265066553	0.770850795029	-0.0170828959875	0.523342052511	-6.93927739594	-38.267259573	-23.1753437662

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 202 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 203 through 319 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 320 through 562 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 0 through 247 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 248 through 562 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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