PDB-7s0w: Crystal structure of the T337M variant of human PGM-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7s0w

タイトル

Crystal structure of the T337M variant of human PGM-1

要素

Phosphoglucomutase-1

キーワード

ISOMERASE / phosphoglucomutase / enzyme / missense variant

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective PGM1 causes PGM1-CDG / Galactose catabolism / phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) / phosphoglucomutase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose, Leloir pathway / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / Glycogen synthesis / glycolytic process / gluconeogenesis / glucose metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Stiers, K.M. / Beamer, L.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Effects of the T337M and G391V disease-related variants on human phosphoglucomutase 1: structural disruptions large and small.
著者: Stiers, K.M. / Owuocha, L.F. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2021年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7s0w.cif.gz	491.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7s0w.ent.gz	339 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7s0w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7s0w_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7s0w_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7s0w_validation.xml.gz	38.5 KB	表示
CIF形式データ	7s0w_validation.cif.gz	52.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/7s0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/7s0w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7s77C 5epcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoglucomutase-1

B: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

130 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	171.693, 171.693, 99.203
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Phosphoglucomutase-1 / PGM 1 / Glucose phosphomutase 1 分子量: 64221.828 Da / 分子数: 2 / 変異: T337M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGM1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P36871, phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent)
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.5, 0.01 cobalt chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00001 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年12月8日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→49.57 Å / Num. obs: 51770 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.7 % / B_iso Wilson estimate: 61.99 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.11 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 2.5→2.58 Å / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 1.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4417 / CC_1/2: 0.747 / R_pim(I) all: 0.688 / R_rim(I) all: 1.835 / Χ²: 0.82 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5epc

5epc

解像度: 2.5→49.57 Å / SU ML: 0.3817 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.6506 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2696	2595	5.02 %
R_work	0.2145	49071	-
obs	0.2173	51666	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7742	0	73	64	7879

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0073	7992
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9035	10889
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1237
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	1427
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.7692	6316

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.55	0.3496	122	0.3126	2565	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.55-2.59	0.438	120	0.3165	2530	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.59-2.65	0.3256	139	0.3131	2549	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.65-2.7	0.3314	150	0.2783	2543	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.7-2.77	0.3527	164	0.2663	2491	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.77-2.84	0.3561	117	0.255	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.91	0.3379	126	0.2546	2560	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.91-3	0.2967	148	0.256	2554	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3-3.1	0.2867	122	0.254	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.1-3.21	0.3118	142	0.256	2547	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.21-3.34	0.266	127	0.2426	2564	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.34-3.49	0.2935	134	0.2291	2584	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.49-3.67	0.2719	132	0.2161	2588	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.67-3.9	0.2418	166	0.1922	2535	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.9-4.2	0.2528	129	0.1985	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.2-4.62	0.2439	159	0.1669	2600	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.62-5.29	0.2477	118	0.1761	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.29-6.67	0.2761	134	0.2363	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
6.67-49.57	0.2259	146	0.1896	2794	X-RAY DIFFRACTION	99.53

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9379233123	0.39038317892	0.0369122017548	2.97120065987	-1.31330082441	3.08677611513	0.0305214794284	-0.252979849184	-0.493967489391	0.93584212803	0.270391596834	-0.467719517115	1.27107190041	0.630027136447	-0.294058547929	1.21952446297	0.279770979197	-0.164182012831	0.720826677731	-0.0703915250954	0.56402873344	36.455516385	-73.4282563828	6.77690147186
2	1.96638663912	-1.17170115414	-0.604414827891	2.9994678531	1.83555157463	4.38627766434	0.00929345662588	-0.0822338665015	0.121483939424	0.0993428114846	0.182152237924	-0.266706030569	0.273509438958	0.152186285622	-0.143042796269	0.308226878713	-0.107592738154	-0.0722359092312	0.450904500025	0.0273148225026	0.359404111388	28.0038063517	-54.455208361	-0.388869001767
3	3.10823691304	1.7673032221	0.897014258717	2.96509341391	0.528021994016	5.52143528846	0.313677006476	-0.617091038414	0.0770204367746	0.364579524711	-0.342597779488	0.262090907089	-0.0583890456449	-0.69950591812	0.0490797892818	0.383584789772	-0.011605405241	-0.0124930992639	0.613051767907	-0.036483715535	0.468532414129	20.8481852196	-40.3627771229	23.5722704549
4	1.76197491494	1.22865146004	1.21575239431	2.09128094301	1.66646027619	1.4215438877	-0.586749360963	0.812012954019	0.247739943679	-0.91322560825	0.866907045729	0.359992211945	1.32010111614	-1.4171601899	-0.153366311698	1.44048084124	-0.52943341201	-0.133111833987	1.76326135516	0.0918826994664	0.624573103054	-32.2288042513	-64.9134944121	-20.2979134044
5	3.48782856527	2.49256507733	-1.93104383631	2.98464548704	-1.47747802531	4.78706847685	-0.133630457753	0.747399068763	0.37230839089	-0.22841538163	0.595835534687	0.350199683366	0.171705573432	-0.383600666884	-0.331713764855	0.425012249969	0.0793071433757	-0.101293316108	0.653854550435	0.0800722052543	0.39764736026	-17.5002985685	-48.4209646239	-10.2335967067
6	1.41659236823	-0.649863678792	-1.17520877955	2.37615334844	0.556090296978	6.98802320876	0.0236606207421	0.381491619474	0.0739971030264	-0.638932802586	0.267499575432	-0.168614632844	-0.480780996307	0.315265478172	-0.0994395129139	0.723816802457	-0.168570395495	0.0548654402369	0.867320469422	0.079619536538	0.704501645456	-3.33639427981	-32.0884060577	-24.2069536093
7	2.44028164235	0.102420873899	0.00811409393118	3.0489571396	2.02717507449	6.02183432396	-0.319483816934	1.3665125159	0.312448653796	-2.14946587007	0.734125564725	0.28731766725	-0.353144978248	0.281932197707	-0.355108417158	1.24095897056	-0.215175239787	-0.170519376486	1.35851140698	0.0695326266823	0.7505517511	-4.4597708525	-38.9146110735	-32.62735598

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 66 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 67 through 405 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 406 through 562 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 0 through 46 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 47 through 405 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 406 through 449 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 450 through 542 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)