PDB-7s6g: Crystal structure of PhnD from Synechococcus MITS9220 in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7s6g

タイトル

Crystal structure of PhnD from Synechococcus MITS9220 in complex with phosphate

要素

Phosphonate ABC type transporter/ substrate binding component

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Substrate-binding protein / marine cyanobacteria / phosphate-binding protein

機能・相同性

Putative ABC transporter periplasmic binding protein PhnD-like / Phosphate/phosphite/phosphonate ABC transporter, periplasmic binding protein / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / PHOSPHATE ION / Phosphonate ABC type transporter/ substrate binding component

機能・相同性情報

生物種

Synechococcus sp. MIT S9220 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Shah, B.S. / Mikolajek, H. / Orr, C.M. / Mykhaylyk, V. / Owens, R.J. / Paulsen, I.T.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: Isme J / 年: 2023
タイトル: Marine picocyanobacterial PhnD1 shows specificity for various phosphorus sources but likely represents a constitutive inorganic phosphate transporter.
著者: Shah, B.S. / Ford, B.A. / Varkey, D. / Mikolajek, H. / Orr, C. / Mykhaylyk, V. / Owens, R.J. / Paulsen, I.T.

履歴

登録	2021年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年7月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7s6g.cif.gz	125.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7s6g.ent.gz	93.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7s6g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7s6g_validation.pdf.gz	803.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7s6g_full_validation.pdf.gz	803.4 KB	表示
XML形式データ	7s6g_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	7s6g_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/7s6g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/7s6g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3vpa-1 6rvm-2 2xh8-d 2xwp-d 1mru-1 2prs-1 2xvz-d 3tmg-2 7s7x-3 6emn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphonate ABC type transporter/ substrate binding component

ヘテロ分子

30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.590, 40.670, 106.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.130, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-433- HOH

#1: タンパク質	Phosphonate ABC type transporter/ substrate binding component 分子量: 30153.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus sp. MIT S9220 (バクテリア) 遺伝子: SynMITS9220_01173 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Lemo21 / 参照: UniProt: A0A7G8IVX7
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 25 % PEG 3350, 30 % Ethylene Glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 50 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I23 / 波長: 3.09960, 2.7552, 4.8621, 5.1660

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	3.0996	1
2	2.7552	1
3	4.8621	1
4	5.166	1

反射

解像度: 1.8→106.606 Å / Num. obs: 18073 / % possible obs: 69.8 % / 冗長度: 10.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 17.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.99-101.2	12	0.03	228	0.999	0.012	0.033
1.8-1.84	5.1	0.58	1308	0.939	0.408	0.714

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
CRANK2		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.02→106.606 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / WR_factor R_free: 0.198 / WR_factor R_work: 0.172 / SU B: 2.933 / SU ML: 0.082 / Average fsc free: 0.9601 / Average fsc work: 0.9673 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.136 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1763	931	5.151 %
R_work	0.1528	17142	-
all	0.154	-	-
obs	-	18073	99.291 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.602 Å²	-0 Å²	-0.925 Å²
2-	-	0.004 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.533 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→106.606 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2129	0	27	256	2412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	2188
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	2119
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.725	1.65	2959
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.448	1.579	4850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.024	5	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.088	20.083	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.38	15	359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.689	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2492
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	546
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	425
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	203
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.08	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.236	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.801	1.705	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.799	1.701	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.553	2.542	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.554	2.546	1373
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.999	2.074	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.998	2.078	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.649	2.939	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.648	2.944	1588
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.396	21.563	2519
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.273	20.988	2459

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.02-2.072	0.198	47	0.172	1173	0.173	1344	0.94	0.952	90.7738	0.162
2.072-2.129	0.208	75	0.158	1223	0.16	1298	0.941	0.96	100	0.156
2.129-2.19	0.174	74	0.143	1180	0.144	1254	0.962	0.969	100	0.143
2.19-2.258	0.194	63	0.148	1172	0.15	1235	0.939	0.955	100	0.148
2.258-2.332	0.173	60	0.139	1128	0.14	1188	0.961	0.966	100	0.145
2.332-2.414	0.159	48	0.123	1089	0.124	1137	0.973	0.978	100	0.13
2.414-2.505	0.173	65	0.135	1070	0.137	1135	0.963	0.972	100	0.139
2.505-2.607	0.159	55	0.147	985	0.147	1040	0.967	0.965	100	0.158
2.607-2.723	0.22	59	0.151	1010	0.155	1069	0.941	0.963	100	0.164
2.723-2.856	0.172	49	0.157	927	0.158	976	0.964	0.969	100	0.171
2.856-3.01	0.142	46	0.145	871	0.145	917	0.965	0.973	100	0.166
3.01-3.192	0.192	45	0.165	860	0.166	905	0.963	0.968	100	0.186
3.192-3.413	0.205	34	0.163	809	0.165	843	0.954	0.961	100	0.182
3.413-3.686	0.234	30	0.178	752	0.18	782	0.949	0.961	100	0.204
3.686-4.037	0.179	31	0.149	687	0.15	718	0.972	0.973	100	0.182
4.037-4.513	0.143	54	0.134	601	0.134	655	0.981	0.981	100	0.173
4.513-5.209	0.189	33	0.141	547	0.144	580	0.976	0.981	100	0.183
5.209-6.376	0.145	14	0.191	493	0.19	507	0.983	0.978	100	0.241
6.376-9.001	0.142	33	0.164	348	0.162	381	0.981	0.981	100	0.215
9.001-106.606	0.15	16	0.165	216	0.164	232	0.983	0.974	100	0.222

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