PDB-7s6f: Crystal structure of UrtA1 from Synechococcus WH8102 in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7s6f

タイトル

Crystal structure of UrtA1 from Synechococcus WH8102 in complex with urea and calcium

要素

Putative urea ABC transporter, urea binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Substrate-binding protein / marine cyanobacteria / urea-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechococcus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Shah, B.S. / Mikolajek, H. / Orr, C.M. / Mykhaylyk, V. / Owens, R.J. / Paulsen, I.T.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of UrtA1 from Synechococcus WH8102 in complex with urea and calcium
著者: Shah, B.S. / Mikolajek, H. / Orr, C.M. / Mykhaylyk, V. / Owens, R. / Paulsen, I.T.

履歴

登録	2021年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7s6f.cif.gz	168.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7s6f.ent.gz	128 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7s6f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/7s6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/7s6f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4l53-d 6gl9-2 3q4t-1 4rio-d 3voa-d 2c36-2 6smb-1 6gl9-1 7apf-1 5uzh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative urea ABC transporter, urea binding protein

ヘテロ分子

44.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.510, 71.390, 120.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-507- CA

#1: タンパク質	Putative urea ABC transporter, urea binding protein 分子量: 44469.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus sp. (strain WH8102) (バクテリア) 株: WH8102 / 遺伝子: urtA1, SYNW2442 / プラスミド: pOPINM / 詳細 (発現宿主): Addgene Plasmid #26044 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): LEMO21 / 参照: UniProt: Q7U3J0
#2: 化合物	ChemComp-URE / UREA / 尿素分子量: 60.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.05 M Sodium Hepes: MOPS pH 7.5, 0.03 MgCl2, 0.03 CaCl2; 20 % PEG 500 MME; 10 % Peg 20000 Cryo: 30 % Ethylene Glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 50 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I23 / 波長: 2.7552 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月27日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 2.7552 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→120.46 Å / Num. obs: 35399 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 38.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.156 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 18

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
9-120.46	53	0.093	20622	0.999	0.016	0.095	99.9
1.8-1.84	12.5	2.902	21352	0.161	1.122	3.139	76

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
CRANK2		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→71.492 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 2.849 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.113 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1903	1775	5.02 %
R_work	0.159	33583	-
all	0.161	-	-
obs	-	35358	91.131 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.343 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.777 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.797 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.574 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→71.492 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3064	0	17	263	3344

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	3148
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2891
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.612	1.645	4267
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.409	1.582	6705
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.913	5	394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.76	25.436	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.113	15	516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.763	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	410
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3609
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	681
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	598
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	2662
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	216
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.015	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.106	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.127	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.158	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.228	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.012	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.299	3.313	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.298	3.313	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.854	4.96	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.854	4.961	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.531	3.622	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.53	3.622	1569
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.09	5.296	2295
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.089	5.296	2296
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.897	39.349	3559
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.862	39.042	3513

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.283	85	0.318	2092	X-RAY DIFFRACTION	77.6391
1.847-1.897	0.246	106	0.25	2230	X-RAY DIFFRACTION	84.6991
1.897-1.952	0.241	122	0.229	2194	X-RAY DIFFRACTION	86.5794
1.952-2.012	0.298	107	0.221	2145	X-RAY DIFFRACTION	86.3828
2.012-2.078	0.237	120	0.185	2079	X-RAY DIFFRACTION	87.1236
2.078-2.151	0.182	99	0.17	2097	X-RAY DIFFRACTION	88.835
2.151-2.233	0.208	102	0.15	2003	X-RAY DIFFRACTION	89.4983
2.233-2.324	0.227	106	0.155	1960	X-RAY DIFFRACTION	90.8132
2.324-2.427	0.189	112	0.136	1885	X-RAY DIFFRACTION	91.1456
2.427-2.545	0.19	95	0.136	1857	X-RAY DIFFRACTION	92.6436
2.545-2.683	0.206	88	0.149	1795	X-RAY DIFFRACTION	94.3387
2.683-2.846	0.192	88	0.133	1720	X-RAY DIFFRACTION	95.208
2.846-3.042	0.176	100	0.144	1635	X-RAY DIFFRACTION	97.1445
3.042-3.286	0.209	101	0.154	1565	X-RAY DIFFRACTION	99.0488
3.286-3.599	0.166	73	0.163	1493	X-RAY DIFFRACTION	99.9362
3.599-4.023	0.173	98	0.145	1302	X-RAY DIFFRACTION	100
4.023-4.645	0.194	60	0.135	1188	X-RAY DIFFRACTION	100
4.645-5.687	0.175	52	0.172	1034	X-RAY DIFFRACTION	100
5.687-8.033	0.231	33	0.179	822	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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