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- PDB-7s48: PAK4cat in complex with Integrin beta5 760-770 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s48
タイトルPAK4cat in complex with Integrin beta5 760-770 peptide
要素
  • Integrin beta-5
  • Serine/threonine-protein kinase PAK 4
キーワードTRANSFERASE / serine/threonine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alphav-beta5 complex / epithelial cell-cell adhesion / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / wound healing, spreading of epidermal cells / integrin complex / Molecules associated with elastic fibres / cell adhesion mediated by integrin ...integrin alphav-beta5 complex / epithelial cell-cell adhesion / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / wound healing, spreading of epidermal cells / integrin complex / Molecules associated with elastic fibres / cell adhesion mediated by integrin / RHOV GTPase cycle / Syndecan interactions / stress fiber assembly / RHOJ GTPase cycle / endodermal cell differentiation / RHOQ GTPase cycle / : / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / regulation of MAPK cascade / RHOU GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / Smooth Muscle Contraction / RAC2 GTPase cycle / ECM proteoglycans / RAC3 GTPase cycle / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / phagocytic vesicle / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cellular response to starvation / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / adherens junction / regulation of cell growth / cell-cell adhesion / positive regulation of angiogenesis / integrin binding / cell migration / virus receptor activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / receptor complex / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / cell surface / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain ...p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase PAK 4 / Integrin beta-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ha, B.H. / Boggon, T.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM138411 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Molecular basis for integrin adhesion receptor binding to p21-activated kinase 4 (PAK4)
著者: Ha, B.H. / Yigit, S. / Natarajan, N. / Morse, E.M. / Calderwood, D.A. / Boggon, T.J.
履歴
登録2021年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
B: Integrin beta-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4822
ポリマ－40,4822
非ポリマー00
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area13620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.735, 61.735, 179.987
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PAK 4 / p21-activated kinase 4 / PAK-4


分子量: 39123.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PAK4 catalytic domain (109-426) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK4, KIAA1142 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O96013, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Integrin beta-5


分子量: 1358.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic peptide of Integrin beta 5 cytosolic domain (760-Glu-Arg-Ser-Arg-Ala-Arg-Tyr-Glu-Met-Ala-Ser-770)
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18084
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5) and 0.5 M tri-sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50.01 Å / Num. obs: 28270 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.78 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.9712.51.00127540.7750.28810.53799.7
1.97-2.0512.40.69727720.880.2020.7260.52699.7
2.05-2.1411.70.47927920.9460.1440.5010.58599.9
2.14-2.2510.60.35627620.9570.1140.3750.65199.8
2.25-2.3910.80.23427750.9770.0730.2450.67499
2.39-2.5812.70.16528290.9920.0470.1720.681100
2.58-2.8411.90.11528120.9950.0340.120.95299.9
2.84-3.2510.50.0828410.9970.0260.0851.07899
3.25-4.0911.80.05428680.9990.0160.0571.13399
4.09-50.01110.0430650.9990.0120.0421.00598.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0151精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FIF

4fif


解像度: 1.9→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 7.408 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2221 1475 5.2 %RANDOM
Rwork0.1795 ---
obs0.1816 26735 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 107.31 Å2 / Biso mean: 40.958 Å2 / Biso min: 25.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.02 Å20 Å20 Å2
2---1.02 Å20 Å2
3---2.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2357 0 0 119 2476
Biso mean---43.84 -
残基数----297
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192423
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022410
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6291.9853283
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98935542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4395299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.85823.143105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.85715439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0331522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02535
LS精密化 シェル解像度: 1.902→1.951 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 110 -
Rwork0.279 1935 -
all-2045 -
obs--99.61 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.9617 Å / Origin y: 11.63 Å / Origin z: -6.9231 Å
111213212223313233
T0.032 Å2-0.0215 Å20.0281 Å2-0.0534 Å2-0.0172 Å2--0.0353 Å2
L1.3109 °20.095 °2-0.0504 °2-0.6841 °2-0.4408 °2--1.0006 °2
S0.0699 Å °-0.1577 Å °-0.0159 Å °0.0687 Å °-0.021 Å °0.0745 Å °0.0111 Å °0.0346 Å °-0.0489 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A300 - 355
2X-RAY DIFFRACTION1A356 - 369
3X-RAY DIFFRACTION1A370 - 381
4X-RAY DIFFRACTION1A382 - 452
5X-RAY DIFFRACTION1A453 - 471
6X-RAY DIFFRACTION1A472 - 533
7X-RAY DIFFRACTION1A534 - 567
8X-RAY DIFFRACTION1A568 - 589

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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