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- PDB-7s3j: Crystal Structure of AspB P450 in complex with brevianamide F sub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s3j
タイトルCrystal Structure of AspB P450 in complex with brevianamide F substrates
要素AspB
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / cytochrome P450 / natural products / diketopiperazine / dimerase
機能・相同性PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-QRP
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. NRRL S-1868 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Newmister, S.A. / Shende, V.V. / Harris, N.R. / Sanders, J.N. / Khatri, Y. / Movassaghi, M. / Houk, K.N. / Sherman, D.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1700982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118101 米国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Molecular Dynamics Simulations Guide Chimeragenesis and Engineered Control of Chemoselectivity in Diketopiperazine Dimerases.
著者: Shende, V.V. / Harris, N.R. / Sanders, J.N. / Newmister, S.A. / Khatri, Y. / Movassaghi, M. / Houk, K.N. / Sherman, D.H.
履歴
登録2021年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AspB
B: AspB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,01110
ポリマ－87,4612
非ポリマー2,5508
水4,252236
1
A: AspB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0065
ポリマ－43,7301
非ポリマー1,2754
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: AspB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0065
ポリマ－43,7301
非ポリマー1,2754
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.359, 100.619, 107.716
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.760, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 AspB


分子量: 43730.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. NRRL S-1868 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-QRP / (3S,8aS)-3-(1H-indol-3-ylmethyl)hexahydropyrrolo[1,2-a]pyrazine-1,4-dione / Brevianamide F / cyclo-L-Trp-L-Pro / ブレビアナミドF


分子量: 283.325 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗真菌剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG 3350 300 mM MgCl2 100 mM Bis-Tris, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→39.76 Å / Num. obs: 53866 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.94→1.98 Å / Num. unique obs: 3577 / CC1/2: 0.347

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Cootモデル構築
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6xai

6xai


解像度: 1.94→39.76 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2917 2731 5.07 %
Rwork0.2261 51106 -
obs0.2293 53837 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 103.82 Å2 / Biso mean: 25.6119 Å2 / Biso min: 7.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→39.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6094 0 182 236 6512
Biso mean--18.79 23.28 -
残基数----794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086448
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0828807
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.946942
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055952
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011163
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.94-1.970.40551450.37672521266699
1.97-2.010.37791540.34462550270499
2.01-2.050.40941310.31982501263299
2.05-2.090.35721400.31752523266399
2.09-2.130.35351490.29582538268799
2.13-2.180.35331200.274525452665100
2.18-2.240.33041430.26125522695100
2.24-2.30.3031390.238625662705100
2.3-2.370.30651480.246625172665100
2.37-2.440.3281370.233125552692100
2.44-2.530.33831600.238425282688100
2.53-2.630.33571330.242525532686100
2.63-2.750.28941130.219825832696100
2.75-2.890.29331310.23125582689100
2.89-3.080.30861220.229225742696100
3.08-3.310.26361390.203725552694100
3.31-3.650.26651240.193426012725100
3.65-4.170.23451220.159625902712100
4.17-5.260.21731360.162825822718100
5.26-39.760.24021450.21326142759100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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