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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7s2d | ||||||
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タイトル | Crystal structure of hen egg white lysozyme | ||||||
![]() | Lysozyme C | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lima, L.M.T.R. / Ramos, N.G. / Ribeiro, F.S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The reproducible normality of the crystallographic B-factor. 著者: Ramos, N.G. / Sarmanho, G.F. / de Sa Ribeiro, F. / de Souza, V. / Lima, L.M.T.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 44.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7s27C ![]() 7s28C ![]() 7s29C ![]() 7s2aC ![]() 7s2bC ![]() 7s2cC ![]() 7s2eC ![]() 7s2fC ![]() 7s2gC ![]() 7s2qC ![]() 7s2uC ![]() 7s2vC ![]() 7s2wC ![]() 7s30C ![]() 7s31C ![]() 7s32C ![]() 7s33C ![]() 7s34C ![]() 7s35C ![]() 6qwyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: egg white / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.86 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.6 詳細: 1.2 M NaCl, 100 mM Sodium Acetate, 50 mg/mL Lyzozyme, 30% Glycerol for cryoprotection |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 125 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS 3.0 MICROFOCUS / 波長: 1.54184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2020年12月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54184 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.599→24.79 Å / Num. obs: 29998 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 6.65 % / Rsym value: 0.122 / Net I/av σ(I): 127.492 / Net I/σ(I): 9.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6qwy 解像度: 1.6→24.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.195 / WRfactor Rwork: 0.1723 / FOM work R set: 0.8827 / SU B: 1.492 / SU ML: 0.054 / SU R Cruickshank DPI: 0.0975 / SU Rfree: 0.0934 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: isomorphous replacement with REFMAC , restrained refinement with REFMAC, real space refinement with C.O.O.T.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 50.58 Å2 / Biso mean: 11.303 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→24.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.639 Å / Rfactor Rfree error: 0
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