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万見
- PDB-7s24: Crystal structure of the Na+/H+ antiporter NhaA at pH 6.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s24
タイトルCrystal structure of the Na+/H+ antiporter NhaA at pH 6.5
要素Na(+)/H(+) antiporter NhaA
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性Na+/H+ antiporter NhaA / Na+/H+ antiporter domain superfamily / Na+/H+ antiporter 1 / sodium:proton antiporter activity / regulation of pH / plasma membrane / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Na(+)/H(+) antiporter NhaA
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Drew, D. / Brock, J. / Uzdavinys, P. / Matsuoka, R.
資金援助 スウェーデン, 3件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM118772 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the Na + /H + antiporter NhaA at active pH reveals the mechanistic basis for pH sensing.
著者: Winkelmann, I. / Uzdavinys, P. / Kenney, I.M. / Brock, J. / Meier, P.F. / Wagner, L.M. / Gabriel, F. / Jung, S. / Matsuoka, R. / von Ballmoos, C. / Beckstein, O. / Drew, D.
履歴
登録2021年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)/H(+) antiporter NhaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2564
ポリマ－42,3041
非ポリマー9513
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.553, 47.335, 56.392
Angle α, β, γ (deg.)78.002, 67.119, 79.240
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Na(+)/H(+) antiporter NhaA / Sodium/proton antiporter NhaA


分子量: 42304.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nhaA, nahA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53YW7
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.1 M NaCl, 0.1 M CaCl2, 24-45 % (v/v) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9667 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9667 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→34.84 Å / Num. obs: 20042 / % possible obs: 91.64 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 39.08 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 7.22
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / Num. unique obs: 2006 / CC1/2: 0.531 / CC star: 0.833 / % possible all: 92.91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AU5

4au5


解像度: 2.2→34.84 Å / SU ML: 0.2392 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.1019
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2352 1414 7.06 %
Rwork0.209 18628 -
obs0.2109 20042 91.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2799 0 66 58 2923
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00362921
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62783961
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0399487
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048473
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.27381030
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.280.27341400.25221866X-RAY DIFFRACTION92.91
2.28-2.370.27621450.23651898X-RAY DIFFRACTION92.53
2.37-2.480.27981370.22271862X-RAY DIFFRACTION91.61
2.48-2.610.25391420.20641869X-RAY DIFFRACTION91
2.61-2.770.20931340.19171792X-RAY DIFFRACTION88.07
2.77-2.990.27211190.20171624X-RAY DIFFRACTION80.62
2.99-3.290.23251440.20571719X-RAY DIFFRACTION84.87
3.29-3.760.23571490.19812004X-RAY DIFFRACTION98.76
3.76-4.740.24131550.2112017X-RAY DIFFRACTION98.77
4.74-34.840.20481490.20831977X-RAY DIFFRACTION97.61
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1477961171-0.4598365884760.1486852533263.25626238906-0.2432830855182.23520777272-0.0370346647558-0.0491828647687-0.01664305936750.3838943993530.05471327976580.0888489686210.01396408941430.225199029594-0.01119687889590.2252723980990.02444590574030.01973241280660.242198462522-0.002737044812110.29588542353532.0786838814-16.8587197708-16.252227258
21.86267712347-0.439898065845-0.004708200059672.414512933490.02673760696372.23856080615-0.0523352662424-0.2369682014280.04344233034520.2747870374140.05063773971880.02247379834-0.03116941877660.1560958958410.01669207728610.259627577464-0.04114670517570.004196249552360.274321207237-0.01882021287660.40070132114128.1654803678-12.804637605-15.4451850512
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 10 through 149 )10 - 1491 - 140
22chain 'A' and (resid 150 through 384 )150 - 384141 - 375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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