PDB-7s1f: Crystal structure of E.coli DsbA in complex with compound MIPS-00...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7s1f

タイトル

Crystal structure of E.coli DsbA in complex with compound MIPS-0001886 (compound 38)

要素

Thiol:disulfide interchange protein DsbA

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor / thioredoxin fold / thiol-disulfide oxidoreductase / inhibitor / DsbA / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Heras, B. / Scanlon, M.J. / Martin, J.L. / Caria, S.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Chemrxiv / 年: 2022
タイトル: Fluoromethylketone-fragment conjugates designed as covalent modifiers of EcDsbA are atypical substrates
著者: Bradley, C.D. / Whitehouse, R.L. / Rimmer, K. / Williams, M. / Heras, B. / Caria, S. / Ilyichova, O. / Vazirani, M. / Mohanty, B. / Harper, J. / Scanlon, M.J. / Simpson, J.S.

履歴

登録	2021年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7s1f.cif.gz	173.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7s1f.ent.gz	136.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7s1f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/7s1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/7s1f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7s1cC 7s1dC 7s1lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

42.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.131, 63.985, 74.333
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 126.100, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-453- HOH

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein DsbA 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: 化合物	ChemComp-5VB / 1-[(3-thiophen-3-ylphenyl)methyl]-3~{H}-pyrrol-2-one 分子量: 255.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₃NOS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 11-13% PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 1 mM CuCl2, 100 mM sodium cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95369 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月2日
放射	モノクロメーター: DOUBLE SI WITH SAGITTALY BENT SECOND CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→60.06 Å / Num. all: 43413 / Num. obs: 43413 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 21.62 Å² / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.049 / R_sym value: 0.042 / Net I/av σ(I): 15.415 / Net I/σ(I): 20.3 / Num. measured all: 169127
反射シェル	解像度: 1.51→1.76 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6326 / R_pim(I) all: 0.229 / R_sym value: 0.397 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	56.49 Å
Translation	2.5 Å	56.49 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
PHENIX	dev_1760	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Coot		モデル構築
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: DsbA wt

解像度: 1.76→56.493 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.9 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2014	2206	5.08 %
R_work	0.1612	41200	-
obs	0.1632	43406	99.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.39 Å² / B_iso mean: 28.6006 Å² / B_iso min: 9.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.76→56.493 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2956	0	26	363	3345
B_iso mean	-	-	43.77	36.87	-
残基数	-	-	-	-	376

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3109
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.247	4210
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	453
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	549
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.988	1141

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.7983	0.2381	131	0.2032	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7983-1.8401	0.2481	151	0.2078	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8401-1.8862	0.2965	149	0.2058	2545	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8862-1.9372	0.2805	132	0.2131	2570	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9372-1.9942	0.2143	124	0.1841	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9942-2.0585	0.2316	126	0.1811	2586	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0585-2.1321	0.245	142	0.1771	2531	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1321-2.2175	0.1784	148	0.1572	2533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2175-2.3184	0.2196	139	0.1635	2544	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3184-2.4406	0.1757	132	0.162	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4406-2.5936	0.2186	122	0.1632	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5936-2.7938	0.1892	156	0.1568	2574	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7938-3.0749	0.2021	138	0.1649	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0749-3.5198	0.1953	128	0.1524	2603	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5198-4.4343	0.1772	149	0.1356	2561	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4343-56.493	0.1841	139	0.1528	2639	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5239	0.0381	0.5804	1.7499	-1.0535	1.4634	0.1053	-0.1749	-0.1203	0.3382	-0.0046	0.0007	-0.0505	-0.2408	-0.0845	0.229	0.0257	-0.0246	0.2063	0.0356	0.1747	-30.3898	-9.7688	-0.4605
2	1.0941	-0.187	0.2737	0.9415	-0.2673	1.5401	-0.1015	-0.0407	0.0442	0.0388	0.0886	0.0916	-0.0359	-0.2094	0.0057	0.1392	0.0526	-0.0169	0.1398	-0.0022	0.1134	-36.5494	-1.6569	-16.8232
3	0.7448	-0.1086	0.0318	2.2137	-0.6916	1.3189	0.0602	-0.2369	-0.0555	0.3294	-0.0626	-0.3056	-0.158	-0.0218	-0.0067	0.2282	-0.001	-0.0403	0.205	0.0573	0.1952	-26.4299	-13.365	3.9815
4	0.8898	-0.4375	-0.0241	1.4236	-1.0649	1.5467	0.0942	-0.045	0.2196	0.1456	0.06	-0.2765	-0.5728	0.3633	-0.0239	0.305	-0.0564	0.0601	0.2126	-0.033	0.2586	-5.8851	0.5573	-19.8239
5	4.2403	0.9251	-1.2081	1.4585	-0.9076	2.0581	0.007	0.1254	-0.0439	-0.3104	-0.0394	-0.3277	0.2109	0.2458	-0.0576	0.2524	0.0389	0.114	0.1537	0.0136	0.3036	-5.8559	-6.1738	-30.6317
6	1.5946	0.5746	-0.7833	2.4373	-1.6151	3.6251	0.1281	0.3654	0.3224	-0.0422	-0.1033	-0.4892	-0.1207	0.4734	0.0261	0.1847	0.0337	0.0306	0.3875	0.0076	0.3126	-0.7042	-6.7234	-18.8707
7	2.0851	-0.2045	-0.923	1.4868	-0.2863	0.6929	-0.0368	0.059	-0.2586	-0.0228	-0.0673	0.0772	0.0769	-0.0028	0.0685	0.1449	0.0557	-0.0103	0.1935	0.0006	0.1645	-8.0125	-20.9628	-14.741
8	2.9742	-0.2936	1.2236	0.5607	-0.6488	2.254	-0.2332	-0.1857	-0.447	0.1838	-0.0053	-0.1185	0.2479	0.2915	-0.0512	0.1529	0.1979	-0.0045	0.3626	0.001	0.1991	1.608	-27.9057	-12.0953
9	2.1917	-0.9478	-0.7518	3.06	0.705	1.8665	-0.0054	-0.4033	0.4304	0.3872	0.0876	-0.6169	-0.0976	0.5058	-0.1575	0.2223	-0.0327	-0.115	0.4417	-0.1133	0.2926	4.5758	-10.398	-8.374
10	2.5652	1.1942	-0.4749	1.8039	-2.0592	2.8098	0.2284	-0.0622	0.7127	0.3802	0.1439	-0.3942	-0.9812	0.5609	-0.4882	0.3482	-0.1017	0.0998	0.2601	-0.0802	0.4376	-3.2464	2.7336	-15.9791
11	0.6488	1.0578	0.1745	2.8308	0.6796	0.1886	0.0386	0.0173	0.1831	0.2416	0.0777	0.2665	-0.2494	-0.1436	-0.2743	0.4707	0.096	0.2854	0.1652	0.118	0.4763	-15.2347	5.3562	-26.4997
12	1.2703	-0.5955	-0.6878	2.1276	-0.3426	2.9319	0.3039	-0.025	0.5016	-0.0912	0.0808	-0.3507	-0.3675	0.3565	0.197	0.3622	-0.0486	0.3024	0.1049	0.0903	0.4643	-5.0799	4.179	-30.0526

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 65 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 66 through 145 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 146 through 188 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 38 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 39 through 49 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 50 through 65 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 66 through 114 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 115 through 128 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 129 through 144 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 145 through 161 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 162 through 170 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 171 through 188 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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