PDB-7s1d: Crystal structure of E.coli DsbA in complex with compound MIPS-00...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7s1d

タイトル

Crystal structure of E.coli DsbA in complex with compound MIPS-0001877 (compound 39)

要素

Thiol:disulfide interchange protein DsbA

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor / thioredoxin fold / thiol-disulfide oxidoreductase / inhibitor / DsbA / oxidoreductase-inhibitor complex / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Heras, B. / Scanlon, M.J. / Martin, J.L. / Caria, S.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Chemrxiv / 年: 2022
タイトル: Fluoromethylketone-fragment conjugates designed as covalent modifiers of EcDsbA are atypical substrates
著者: Bradley, C.D. / Whitehouse, R.L. / Rimmer, K. / Williams, M. / Heras, B. / Caria, S. / Ilyichova, O. / Vazirani, M. / Mohanty, B. / Harper, J. / Scanlon, M.J. / Simpson, J.S.

履歴

登録	2021年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7s1d.cif.gz	175.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7s1d.ent.gz	138.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7s1d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7s1d_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7s1d_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	7s1d_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	7s1d_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/7s1d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/7s1d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7s1cC 7s1fC 7s1lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

42.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.966, 64.220, 74.356
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 126.040, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-467- HOH

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein DsbA 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: 化合物	ChemComp-648 / 1-[3-(thiophen-3-yl)benzyl]piperidin-2-one 分子量: 271.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₇NOS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 11-13% PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 1 mM CuCl2, 100 mM sodium cacodylate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 0.95369 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月2日

放射

モノクロメーター: DOUBLE SI WITH SAGITTALY BENT SECOND CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.95369 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.59→56.423 Å / Num. all: 58965 / Num. obs: 58965 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 18.33 Å² / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.044 / R_sym value: 0.038 / Net I/av σ(I): 15.048 / Net I/σ(I): 20 / Num. measured all: 232207

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_sym value	% possible all
1.59-1.68	4	0.402	2	8519	0.232	0.402	98.9
1.68-1.78	4	0.27	2.9	8117	0.155	0.27	99.1
1.78-1.9	4	0.161	4.9	7644	0.093	0.161	99.3
1.9-2.05	4	0.095	8.3	7117	0.055	0.095	99.5
2.05-2.25	3.9	0.059	13	6566	0.034	0.059	99.6
2.25-2.51	3.9	0.043	17.7	5940	0.025	0.043	99.6
2.51-2.9	3.9	0.032	22.8	5266	0.018	0.032	99.6
2.9-3.56	3.9	0.023	29	4443	0.013	0.023	99.3
3.56-5.03	3.9	0.019	33.6	3433	0.011	0.019	98.7
5.03-56.423	3.7	0.022	25.6	1920	0.013	0.022	98.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 39.25 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	33.03 Å
Translation	2.5 Å	33.03 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.9	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	dev_1760	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: DsbA wt

解像度: 1.59→33.032 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.7 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1942	2931	4.97 %	Random selection
R_work	0.158	56028	-	-
obs	0.1598	58959	99.24 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.98 Å² / B_iso mean: 27.2154 Å² / B_iso min: 10.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.59→33.032 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2956	0	38	490	3484
B_iso mean	-	-	43.08	38.17	-
残基数	-	-	-	-	376

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3086
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.247	4180
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	451
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	547
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.507	1134

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.59-1.6161	0.2489	134	0.216	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6161-1.6439	0.1961	112	0.1961	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6439-1.6738	0.2015	131	0.19	2656	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6738-1.706	0.2144	120	0.1861	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
1.706-1.7408	0.2342	152	0.1859	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7408-1.7787	0.2264	114	0.18	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7787-1.8201	0.1804	137	0.1671	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8201-1.8656	0.2385	146	0.1746	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8656-1.916	0.1979	144	0.1735	2674	X-RAY DIFFRACTION	99
1.916-1.9724	0.1828	160	0.1672	2631	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9724-2.036	0.1977	141	0.159	2682	X-RAY DIFFRACTION	99
2.036-2.1088	0.2152	144	0.1574	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1088-2.1932	0.1957	148	0.1605	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1932-2.293	0.2249	146	0.1575	2676	X-RAY DIFFRACTION	99
2.293-2.4139	0.1878	141	0.155	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4139-2.5651	0.1974	131	0.1599	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5651-2.763	0.1808	153	0.1518	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.763-3.0409	0.2053	148	0.1557	2673	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0409-3.4805	0.1761	122	0.1471	2709	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4805-4.3834	0.1622	161	0.1344	2659	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3834-33.032	0.2095	146	0.162	2717	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7939	0.0825	0.9256	2.8553	1.5977	1.9457	0.1231	0.1994	-0.1696	-0.3362	0.0247	-0.0866	0.0053	0.202	-0.1301	0.207	-0.0225	-0.0156	0.202	-0.0364	0.1684	30.3063	-9.8358	0.5137
2	1.7877	0.5566	0.0378	1.5977	0.0811	2.1305	-0.0454	-0.055	-0.0012	0.0125	0.0061	-0.1295	-0.0348	0.1848	0.0327	0.0994	-0.0339	-0.0218	0.128	0.0004	0.0929	36.451	-1.6075	16.8035
3	1.2052	0.3334	0.2744	3.7441	1.233	2.3273	0.0109	0.2884	-0.0507	-0.4533	0.0607	0.156	-0.1521	0.1463	-0.0725	0.2039	-0.0022	-0.0427	0.2189	-0.0512	0.1682	26.746	-13.349	-4.0361
4	0.8227	0.4447	-0.093	1.7846	1.1833	2.0136	0.0264	0.0725	0.1223	-0.2134	0.0156	0.3037	-0.4433	-0.2704	-0.0354	0.2008	0.024	0.0219	0.1592	0.0232	0.1723	5.7742	0.5765	19.8674
5	7.7891	-3.7312	-1.7201	5.4209	1.4608	4.0056	-0.0307	-0.1276	-0.1866	0.4974	0.0785	0.5947	0.1287	-0.2685	-0.0728	0.2074	-0.009	0.0656	0.1067	0.0088	0.2222	6.0376	-6.074	30.6656
6	2.7266	-1.4286	-1.6877	4.4643	3.0283	6.3216	-0.0138	-0.233	0.181	0.1209	-0.0996	0.5043	-0.1185	-0.483	0.0859	0.1805	-0.0241	-0.0021	0.2971	0.0001	0.2737	0.6705	-6.709	19.0483
7	3.5022	0.3993	-1.5303	2.5587	0.5415	1.3994	-0.0604	0.0352	-0.1695	-0.0368	-0.026	-0.0525	0.0339	0.0085	0.0822	0.1367	-0.0394	-0.0171	0.1561	-0.0021	0.1242	8.0835	-21.0279	14.7467
8	4.4307	-0.1704	2.2974	1.6834	0.3909	4.9082	-0.1093	0.2967	-0.4405	-0.3204	0.1071	0.1063	0.3065	-0.1274	0.0317	0.1457	-0.0914	0.0003	0.245	-0.0059	0.1609	-1.6059	-27.8863	12.1359
9	2.7873	2.405	-0.3644	4.214	0.2351	1.3258	-0.1411	0.199	0.35	-0.7378	0.1624	0.9501	-0.1632	-0.4363	0.0188	0.2391	0.0116	-0.1174	0.2973	0.0709	0.2793	-4.5855	-10.4059	8.4356
10	5.4441	-2.5709	0.4856	5.5543	1.6025	4.9978	0.0735	0.0413	0.6128	-0.5132	0.0862	0.4442	-0.8417	-0.4199	-0.1688	0.2729	0.0311	0.0206	0.1736	0.0451	0.3006	3.2393	2.6431	15.9415
11	4.8674	-0.2645	-0.3386	4.8986	-2.3561	5.8948	-0.1271	-0.1103	0.0561	-0.5222	0.1095	-0.7481	-0.0873	0.8476	-0.0203	0.3256	-0.0554	0.1772	0.2412	-0.09	0.3768	15.2059	5.4136	26.559
12	3.4467	0.8267	1.0871	3.7644	-0.7358	4.6925	0.0757	0.0122	0.3584	0.0966	0.0906	0.3397	-0.2088	-0.3114	-0.1255	0.2743	0.0174	0.1452	0.1189	-0.0108	0.2878	5.4091	3.8092	30.1148

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 65 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 66 through 145 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 146 through 188 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 38 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 39 through 49 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 50 through 65 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 66 through 114 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 115 through 128 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 129 through 144 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 145 through 161 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 162 through 170 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 171 through 188 )	B

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)