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Yorodumi- PDB-7s1c: Crystal structure of E.coli DsbA in complex with compound MIPS-00... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7s1c | ||||||
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Title | Crystal structure of E.coli DsbA in complex with compound MIPS-0001897 (compound 1) | ||||||
Components | Thiol:disulfide interchange protein DsbA | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor / thioredoxin fold / thiol-disulfide oxidoreductase / inhibitor / DsbA / oxidoreductase-inhibitor complex / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.949 Å | ||||||
Authors | Heras, B. / Scanlon, M.J. / Martin, J.L. / Sharma, P. | ||||||
Funding support | Australia, 1items
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Citation | Journal: Chemrxiv / Year: 2022 Title: Fluoromethylketone-fragment conjugates designed as covalent modifiers of EcDsbA are atypical substrates Authors: Bradley, C.D. / Whitehouse, R.L. / Rimmer, K. / Williams, M. / Heras, B. / Caria, S. / Ilyichova, O. / Vazirani, M. / Mohanty, B. / Harper, J. / Scanlon, M.J. / Simpson, J.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7s1c.cif.gz | 169.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7s1c.ent.gz | 133.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7s1c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7s1c_validation.pdf.gz | 668 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7s1c_full_validation.pdf.gz | 669.7 KB | Display | |
Data in XML | 7s1c_validation.xml.gz | 19 KB | Display | |
Data in CIF | 7s1c_validation.cif.gz | 27.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/7s1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/7s1c | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7s1dC 7s1fC 7s1lC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21155.025 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: P0AEG4 #2: Chemical | ChemComp-5VA / ~{ | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.2 Details: 11-13% PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 1 mM CuCl2, 100 mM sodium cacodylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.95438 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jul 31, 2009 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE SI WITH SAGITTALY BENT SECOND CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95438 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.949→50 Å / Num. obs: 32047 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 28.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.058 / Net I/av σ(I): 21.582 / Net I/σ(I): 14.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: DsbA wt Resolution: 1.949→29.996 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.58 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 109.04 Å2 / Biso mean: 37.579 Å2 / Biso min: 15.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.949→29.996 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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