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- PDB-7s07: Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein gH/gL/gp42-p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s07
タイトルCrystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein gH/gL/gp42-peptide in complex with human neutralizing antibodies 769B10 and 769C2
要素
  • (Envelope glycoprotein ...) x 2
  • 769B10 Fab heavy chain
  • 769B10 Fab light chain
  • 769C2 Fab Heavy chain
  • 769C2 Fab Light chain
  • Soluble gp42
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / Antibody / Fab / IMMUNE SYSTEM / gH/gL / Epstein-Barr virus / herpesvirus / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endosome membrane / carbohydrate binding / host cell Golgi apparatus / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type superfamily / Viral glycoprotein L / Envelope glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain / C-type lectin-like/link domain superfamily ...Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type superfamily / Viral glycoprotein L / Envelope glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein L / Envelope glycoprotein H / Glycoprotein 42
類似検索 - 構成要素
生物種Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Chen, W.-H. / Kanekiyo, M. / Cohen, J.I. / Joyce, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1ZIAAI000978-13 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2022
タイトル: Epstein-Barr virus gH/gL has multiple sites of vulnerability for virus neutralization and fusion inhibition.
著者: Chen, W.H. / Kim, J. / Bu, W. / Board, N.L. / Tsybovsky, Y. / Wang, Y. / Hostal, A. / Andrews, S.F. / Gillespie, R.A. / Choe, M. / Stephens, T. / Yang, E.S. / Pegu, A. / Peterson, C.E. / ...著者: Chen, W.H. / Kim, J. / Bu, W. / Board, N.L. / Tsybovsky, Y. / Wang, Y. / Hostal, A. / Andrews, S.F. / Gillespie, R.A. / Choe, M. / Stephens, T. / Yang, E.S. / Pegu, A. / Peterson, C.E. / Fisher, B.E. / Mascola, J.R. / Pittaluga, S. / McDermott, A.B. / Kanekiyo, M. / Joyce, M.G. / Cohen, J.I.
履歴
登録2021年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein H
B: Envelope glycoprotein L
C: Soluble gp42
X: 769C2 Fab Heavy chain
Y: 769C2 Fab Light chain
H: 769B10 Fab heavy chain
L: 769B10 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,37511
ポリマ－182,4907
非ポリマー8854
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Purification by Gel-filtration column S200
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.695, 130.368, 93.612
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.590, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
Envelope glycoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein H / gH


分子量: 72758.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: gH, BXLF2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03231
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein L / gL


分子量: 10626.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: gL, BKRF2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03212

-
抗体 , 4種, 4分子 XYHL

#4: 抗体 769C2 Fab Heavy chain


分子量: 23840.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 769C2 Fab Light chain


分子量: 22782.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 抗体 769B10 Fab heavy chain


分子量: 25264.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#7: 抗体 769B10 Fab light chain


分子量: 23452.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 5分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Soluble gp42


分子量: 3766.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: BZLF2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0C6Z5
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Bis-Tris pH6.5, 20% PEG3350, 7.5% Glycerol, 0.7% Dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→50 Å / Num. obs: 41284 / % possible obs: 75.6 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.65 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 3.29→3.39 Å / Num. unique obs: 2941 / CC1/2: 0.35

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W0K

5w0k


解像度: 3.29→48.58 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2909 3045 8.86 %
Rwork0.243 31311 -
obs0.2473 34356 54.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 150.16 Å2 / Biso mean: 50.5178 Å2 / Biso min: 14.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.29→48.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12637 0 56 0 12693
Biso mean--39.19 --
残基数----1651
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.29-3.340.795750.413648532
3.35-3.40.523160.36271071134
3.4-3.460.3258280.33341852137
3.46-3.520.4076240.33733636013
3.52-3.590.3286510.318845050118
3.59-3.660.3339580.339464470225
3.66-3.740.3588700.307778485429
3.74-3.830.3309930.281687096335
3.83-3.920.3153960.27991038113439
3.92-4.030.30291080.27591094120243
4.03-4.150.29961270.24721355148251
4.15-4.280.29761580.23391545170360
4.28-4.430.27931720.21971729190166
4.44-4.610.27361770.20981858203572
4.61-4.820.28381970.21372112230980
4.82-5.080.25352180.21192197241584
5.08-5.390.2992250.24262315254089
5.39-5.810.31852450.2632440268595
5.81-6.390.31042440.28432535277997
6.39-7.310.35322460.28572571281799
7.32-9.20.24662470.22192563281098
9.21-48.580.24912500.21152535278597
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5242-0.20340.56240.38880.18741.00070.02980.2526-0.2293-0.00160.0859-0.17550.26130.1928-0.11060.27740.01770.00560.302-0.02950.187123.769-3.40445.279
21.69270.39231.4058-0.07620.72310.51930.0075-0.03390.0068-0.02910.07810.09440.0594-0.0285-0.05570.1826-0.02750.06110.3186-0.02050.2108-2.209-1.35638.002
32.7341-0.25141.2852.642-0.04553.7378-0.1588-0.11810.8314-0.13870.02350.1587-0.4622-0.00290.06090.28220.0266-0.00580.2647-0.01240.5143-28.96910.87928.18
40.2083-0.6809-0.97742.12383.02264.2775-0.1203-0.15750.3507-0.31770.5801-0.2717-0.23510.0731-0.4330.36710.10180.3260.9791-0.15710.928452.8646.00850.253
53.64580.98081.28333.7075-1.86423.0893-0.1985-0.05540.10550.5833-0.2828-0.21510.42850.79480.43070.18710.06170.02580.4839-0.14890.526148.081-3.20758.111
69.9319-8.3224-1.76737.57182.83063.27290.56330.6031.0236-0.4699-0.0297-2.10430.06561.5331-0.43820.44920.4325-0.14310.93960.20961.116361.607-7.66250.02
71.2939-0.6678-0.24635.23371.56642.4197-0.396-0.026-0.09150.67870.49670.1250.24570.14770.0030.18060.036-0.06620.4389-0.00450.142537.246-5.81956.618
82.00054.33977.02191.85973.01044.87720.7272-0.4978-0.80550.2332-0.2285-0.08750.8173-0.3601-0.4610.44650.2198-0.06350.6074-0.1080.2994-31.265-9.83122.378
96.76495.92014.30799.8167-2.72342.0025-0.14480.7310.2869-0.45930.2969-0.6385-0.05150.0248-0.14340.1519-0.02330.01190.3714-0.12150.7198-18.304-9.87917.884
100.05460.3474-0.1173.48991.23573.22460.0195-0.61520.05150.08440.03190.11780.1577-0.2937-0.0390.30620.2328-0.35260.5657-0.17250.0261-4.349-16.12518.191
119.2336-9.85132.59652.00081.20949.9246-0.3373-1.3381-1.13880.98260.03820.76380.5318-0.36580.26560.57-0.11410.40420.9431-0.35020.98538.171-19.18520.439
120.1519-0.40350.00051.0544-0.0018-0.00050.29881.9208-0.0373-0.8794-0.36120.36590.011-1.35640.04251.0543-0.13410.06110.74690.04460.280513.876-12.01723.546
132.79271.22850.1734.7235-2.08771.1358-0.1764-0.06490.4677-0.16510.00040.1055-0.24740.09930.21590.5971-0.3674-0.08650.58070.12450.891421.85-2.69729.263
140.9643-0.9257-0.46110.91150.01553.75930.4283-0.1690.2301-0.2584-0.39830.5334-0.4337-0.6128-0.0680.38370.09850.10320.81410.00950.478749.255-24.65890.173
153.5215-1.83510.42083.8865-0.22424.0687-0.14-0.4267-0.19790.36270.28750.60010.1424-0.404-0.16990.20640.0554-0.06580.50740.01720.537645.308-21.87281.166
161.2305-1.04071.85521.126-1.7563.41920.2044-0.0671-0.40410.03770.11080.56070.1107-0.2085-0.21560.36110.0499-0.03980.5019-0.23030.642358.188-31.09791.342
172.5855-0.31051.40273.56350.45923.80080.24170.01350.005-0.19080.07290.17250.34830.6649-0.46190.42640.219-0.08270.5662-0.12380.733969.278-34.72199.43
186.0381-3.9372-1.99413.942-0.75253.71250.36220.46070.63030.00390.28970.44310.0496-0.627-0.47780.45860.60440.20370.5973-0.25210.919362.56-30.586106.763
191.8853-1.2249-0.21740.79620.14170.02380.22520.63670.57470.90870.1806-0.82190.27160.5435-0.3940.97350.1791-0.24980.9892-0.07150.78877.991-38.177113.512
205.1322-0.11791.62440.1462-0.00330.4877-0.27070.0459-0.4305-0.2957-0.2037-0.71550.22030.41120.06380.78990.45840.40540.4726-0.4030.600265.701-35.54865.673
212.2292-1.14360.16534.1561-2.45131.6153-0.02460.3158-0.4292-0.27250.2124-0.1894-0.08130.5525-0.32410.38350.22570.01460.6935-0.12860.368860.471-23.99366.676
220.47240.2147-0.92742.6827-0.77031.87140.31570.2313-0.8338-0.525-0.2065-0.00610.09270.8899-0.1410.59210.3603-0.14851.0437-0.46880.60369.243-27.11165.501
230.72440.0197-0.09331.0735-0.17820.18510.15120.211-0.61830.2348-0.00960.04720.3168-0.255-0.05220.50710.4508-0.1710.1455-0.30071.096467.239-40.45386.674
245.5237-0.1742-0.04963.0967-0.68425.21820.8211-0.1183-1.4831-0.76-1.20230.55660.33980.06110.2960.57960.1175-0.11570.6148-0.17170.931968.888-50.78191.698
251.9774-1.6171-0.49851.86692.02584.7940.2215-0.0256-0.2819-0.4295-0.70040.30380.1995-0.44930.5420.61650.4085-0.17610.3891-0.13650.816469.646-45.1993.355
260.1102-0.5043-0.64752.35232.98713.7725-1.03150.07750.48530.1726-0.51490.10041.82260.411.44340.94780.0743-0.0440.66520.01291.026673.875-57.036101.697
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310.73940.56430.90371.06510.97411.7601-0.70550.17930.34890.91410.0721-0.5272-0.4740.09490.14650.85030.0266-0.14550.27120.2714-0.264329.00133.41783.653
327.07971.2786-2.66081.9367-2.76164.83710.3538-1.0878-0.28950.4290.1314-0.0452-0.3064-0.2011-0.53030.70360.0387-0.23890.6130.05690.67235.72640.24598.279
331.90812.14270.78123.2942-1.22665.30880.0616-0.690.570.86010.43930.8759-0.3209-0.6225-0.13450.68960.203-0.06450.6593-0.12750.253733.31146.30592.756
341.6944-0.0067-2.13450.17430.11543.8044-0.3983-0.38390.55980.24250.18490.4757-1.1530.26720.20450.5381-0.034-0.87640.55080.11710.35738.21844.93892.837
353.142-0.4492-5.18480.06390.73688.5117-0.0028-0.71520.5234-0.0347-0.1782-0.2455-0.57231.21130.07411.7922-0.02760.32610.9651-0.23690.782934.3759.468104.001
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383.611-3.2487-3.64536.04624.46354.1859-0.10280.2108-0.1116-0.08720.2809-0.65150.0060.3133-0.16180.15780.3695-0.08140.5648-0.04410.389922.43640.27167.22
391.8585-0.59260.07282.61221.81941.39570.10160.24120.0095-0.6188-0.0567-0.3496-0.39020.3024-0.12010.10030.02680.10220.51690.08420.455920.16831.25163.383
405.39871.41520.50074.97093.70845.14680.1412-0.24830.22590.4566-0.38640.35340.1299-0.21650.23130.15120.1440.13480.79-0.090.204412.61129.64272.91
410.6682-0.7959-0.41992.64661.53940.89860.12560.2457-0.3483-0.0686-0.34420.7344-0.1011-0.27090.2950.3021-0.0796-0.1080.3025-0.0180.366412.45338.63568.262
423.17061.09960.65951.49981.45033.8127-0.11530.3883-0.43460.15870.1043-0.16610.20120.2387-0.1256-0.16740.0799-0.08580.40790.20190.23724.15227.16767.375
430.69-0.441-0.37580.26810.24590.1903-0.2817-0.2150.19770.2966-0.0125-0.1021-0.17460.02390.24180.44790.0368-0.07770.1653-0.00590.605124.91554.36678.104
445.7659-3.52044.94364.0099-5.54327.60.2705-0.128-0.40150.62640.6267-0.62580.02390.1582-0.47880.73130.0234-0.43240.6134-0.20750.670949.48351.7395.835
456.2638-1.4510.41613.93930.46354.68730.31770.754-0.16440.082-0.0742-0.3073-0.37380.6564-0.24530.39850.0831-0.01780.3664-0.01290.21739.4553.21680.448
469.9955-2.26271.00023.2622-0.14742.5750.22450.2718-0.14030.35350.26310.5081-0.2846-0.1565-0.28920.59790.11710.10280.462-0.07060.301828.87548.74384.144
478.93810.45093.88141.22310.93862.151-0.58860.56960.85950.56750.5447-0.2804-0.32880.4850.04110.87640.1583-0.32450.4350.07160.724350.93352.00586.48
486.4839-0.86953.71280.1154-0.48092.0769-0.3270.00590.57360.1905-0.1752-0.423-0.40380.26850.47430.80280.0104-0.20930.58940.17651.013744.12961.35482.104
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 18:216 )A18 - 216
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 217:453 )A217 - 453
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 454:674 )A454 - 674
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 27:41 )B27 - 41
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 42:64 )B42 - 64
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 65:77 )B65 - 77
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 78:124 )B78 - 124
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 47:51 )C47 - 51
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 52:56 )C52 - 56
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 57:61 )C57 - 61
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 62:66 )C62 - 66
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 67:71 )C67 - 71
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 72:79 )C72 - 79
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN X AND RESID 1:17 )X1 - 17
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN X AND RESID 18:92 )X18 - 92
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN X AND RESID 93:146 )X93 - 146
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN X AND RESID 147:188 )X147 - 188
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN X AND RESID 189:207 )X189 - 207
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN X AND RESID 208:212 )X208 - 212
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN Y AND RESID 2:18 )Y2 - 18
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN Y AND RESID 19:56 )Y19 - 56
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN Y AND RESID 57:86 )Y57 - 86
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN Y AND RESID 87:148 )Y87 - 148
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN Y AND RESID 149:166 )Y149 - 166
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN Y AND RESID 167:180 )Y167 - 180
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN Y AND RESID 181:195 )Y181 - 195
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN Y AND RESID 196:207 )Y196 - 207
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN H AND RESID 1:22 )H1 - 22
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN H AND RESID 23:70 )H23 - 70
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN H AND RESID 71:93 )H71 - 93
31X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN H AND RESID 94:140 )H94 - 140
32X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN H AND RESID 141:153 )H141 - 153
33X-RAY DIFFRACTION33( CHAIN H AND RESID 154:169 )H154 - 169
34X-RAY DIFFRACTION34( CHAIN H AND RESID 170:181 )H170 - 181
35X-RAY DIFFRACTION35( CHAIN H AND RESID 182:194 )H182 - 194
36X-RAY DIFFRACTION36( CHAIN H AND RESID 195:210 )H195 - 210
37X-RAY DIFFRACTION37( CHAIN H AND RESID 211:211 )H211
38X-RAY DIFFRACTION38( CHAIN L AND RESID 1:18 )L1 - 18
39X-RAY DIFFRACTION39( CHAIN L AND RESID 19:38 )L19 - 38
40X-RAY DIFFRACTION40( CHAIN L AND RESID 39:58 )L39 - 58
41X-RAY DIFFRACTION41( CHAIN L AND RESID 59:84 )L59 - 84
42X-RAY DIFFRACTION42( CHAIN L AND RESID 85:102 )L85 - 102
43X-RAY DIFFRACTION43( CHAIN L AND RESID 103:115 )L103 - 115
44X-RAY DIFFRACTION44( CHAIN L AND RESID 116:130 )L116 - 130
45X-RAY DIFFRACTION45( CHAIN L AND RESID 131:158 )L131 - 158
46X-RAY DIFFRACTION46( CHAIN L AND RESID 159:172 )L159 - 172
47X-RAY DIFFRACTION47( CHAIN L AND RESID 173:193 )L173 - 193
48X-RAY DIFFRACTION48( CHAIN L AND RESID 194:214 )L194 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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