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Yorodumi- PDB-7s07: Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein gH/gL/gp42-p... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7s07 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein gH/gL/gp42-peptide in complex with human neutralizing antibodies 769B10 and 769C2 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / Antibody / Fab / IMMUNE SYSTEM / gH/gL / Epstein-Barr virus / herpesvirus / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationhost cell endosome membrane / carbohydrate binding / host cell Golgi apparatus / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus) Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.29 Å | ||||||
Authors | Chen, W.-H. / Kanekiyo, M. / Cohen, J.I. / Joyce, M.G. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Immunity / Year: 2022Title: Epstein-Barr virus gH/gL has multiple sites of vulnerability for virus neutralization and fusion inhibition. Authors: Chen, W.H. / Kim, J. / Bu, W. / Board, N.L. / Tsybovsky, Y. / Wang, Y. / Hostal, A. / Andrews, S.F. / Gillespie, R.A. / Choe, M. / Stephens, T. / Yang, E.S. / Pegu, A. / Peterson, C.E. / ...Authors: Chen, W.H. / Kim, J. / Bu, W. / Board, N.L. / Tsybovsky, Y. / Wang, Y. / Hostal, A. / Andrews, S.F. / Gillespie, R.A. / Choe, M. / Stephens, T. / Yang, E.S. / Pegu, A. / Peterson, C.E. / Fisher, B.E. / Mascola, J.R. / Pittaluga, S. / McDermott, A.B. / Kanekiyo, M. / Joyce, M.G. / Cohen, J.I. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7s07.cif.gz | 652.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7s07.ent.gz | 536.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7s07.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/7s07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/7s07 | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7s08C ![]() 7s0jC ![]() 7s1bC ![]() 5w0kS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Envelope glycoprotein ... , 2 types, 2 molecules AB
| #1: Protein | Mass: 72758.508 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus)Gene: gH, BXLF2 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P03231 |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 10626.060 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus)Gene: gL, BKRF2 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P03212 |
-Antibody , 4 types, 4 molecules XYHL
| #4: Antibody | Mass: 23840.705 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
|---|---|
| #5: Antibody | Mass: 22782.020 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
| #6: Antibody | Mass: 25264.258 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
| #7: Antibody | Mass: 23452.006 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
-Protein/peptide / Sugars , 2 types, 5 molecules C

| #3: Protein/peptide | Mass: 3766.208 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus)Gene: BZLF2 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P0C6Z5 |
|---|---|
| #8: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.68 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1M Bis-Tris pH6.5, 20% PEG3350, 7.5% Glycerol, 0.7% Dioxane |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.987 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 20, 2019 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.29→50 Å / Num. obs: 41284 / % possible obs: 75.6 % / Redundancy: 4.5 % / CC1/2: 0.65 / Net I/σ(I): 5.5 |
| Reflection shell | Resolution: 3.29→3.39 Å / Num. unique obs: 2941 / CC1/2: 0.35 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5W0K Resolution: 3.29→48.58 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.5 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 150.16 Å2 / Biso mean: 50.5178 Å2 / Biso min: 14.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.29→48.58 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Human gammaherpesvirus 4 (Epstein-Barr virus)
Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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