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- PDB-7s04: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase (IspC) from Acine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s04
タイトル1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase (IspC) from Acinetobacter baumannii in complex with FR900098, NADPH, and a magnesium ion
要素1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / isoprenoid biosynthesis / inhibitor / complex / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / isomerase activity / NADPH binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, N-terminal / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, C-terminal / DXP reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase, C-terminal domain superfamily / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase C-terminal domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-[ethanoyl(hydroxy)amino]propylphosphonic acid / Chem-NDP / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Noble, S.M. / Ball, H.S. / Couch, R.D.
資金援助2件
組織認可番号国
Other governmentW81XWH-17-C-0066
Other governmentW0083_13_WR
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2021
タイトル: Characterization and Inhibition of 1-Deoxy-d-Xylulose 5-Phosphate Reductoisomerase: A Promising Drug Target in Acinetobacter baumannii and Klebsiella pneumoniae .
著者: Ball, H.S. / Girma, M.B. / Zainab, M. / Soojhawon, I. / Couch, R.D. / Noble, S.M.
履歴
登録2021年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0634
ポリマ－44,0961
非ポリマー9673
水2,648147
1
A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
ヘテロ分子

A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1258
ポリマ－88,1912
非ポリマー1,9346
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area6000 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area30230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.572, 118.251, 53.911
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-728-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4- ...DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate synthase


分子量: 44095.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: dxr, ABA1_02159, Aba9102_18380, ABUW_1739, AN415_01721, C6N18_11275, DLI69_14610, F2P40_10340, FDO31_03370, GNY86_03270, HYI42_18125, NCTC13421_01630
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0D5YGN4, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase
#2: 化合物 ChemComp-F98 / 3-[ethanoyl(hydroxy)amino]propylphosphonic acid / FR-900098


分子量: 197.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12NO5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100 mM sodium citrate:HCl, pH 5.60, 250 mM ammonium sulfate, 24% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月15日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→33.92 Å / Num. obs: 27390 / % possible obs: 98.61 % / 冗長度: 5.49 % / Biso Wilson estimate: 23.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2494 / Net I/σ(I): 23.09
反射 シェル解像度: 2.52→2.56 Å / 冗長度: 11.06 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Num. unique obs: 14804 / Rsym value: 0.12 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4ZN6

4zn6


解像度: 2.52→33.92 Å / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.7134 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2447 2754 10.05 %
Rwork0.2295 24636 -
obs0.2311 27390 98.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→33.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3004 0 61 147 3212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00763130
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98034268
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0698508
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053545
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.00561847
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.52-2.560.31631430.27071237X-RAY DIFFRACTION98.01
2.56-2.610.34291370.29511223X-RAY DIFFRACTION98.48
2.61-2.660.32161400.28021245X-RAY DIFFRACTION99
2.66-2.710.30681360.29361215X-RAY DIFFRACTION99.41
2.71-2.770.30421440.28491267X-RAY DIFFRACTION99.72
2.77-2.840.28051380.27091218X-RAY DIFFRACTION99.12
2.84-2.910.31511410.29131225X-RAY DIFFRACTION98.77
2.91-2.990.30071370.29151252X-RAY DIFFRACTION98.51
2.99-3.080.24931310.29661196X-RAY DIFFRACTION97.57
3.08-3.170.28181390.25951264X-RAY DIFFRACTION97.43
3.17-3.290.26971340.26621180X-RAY DIFFRACTION97.62
3.29-3.420.28371320.24661240X-RAY DIFFRACTION97.3
3.42-3.580.26931320.24031241X-RAY DIFFRACTION98.92
3.58-3.760.22011360.20941211X-RAY DIFFRACTION98.75
3.76-40.26151350.2031213X-RAY DIFFRACTION97.61
4-4.310.17711420.18891232X-RAY DIFFRACTION98.14
4.31-4.740.19691440.17671242X-RAY DIFFRACTION99.07
4.74-5.420.14371340.18351241X-RAY DIFFRACTION99.35
5.42-6.820.21961450.19891240X-RAY DIFFRACTION100
6.82-33.920.16961340.14821254X-RAY DIFFRACTION99.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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