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万見
- PDB-7s02: Crystal structure of FBF-2 in complex with LST-1 site A peptide a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s02
タイトルCrystal structure of FBF-2 in complex with LST-1 site A peptide and FBE RNA
要素
  • FBE RNA
  • Fem-3 mRNA-binding factor 2
  • Lateral Signaling Target
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Pumilio RNA-binding proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


sex differentiation / P granule / post-transcriptional regulation of gene expression / G-protein alpha-subunit binding / mRNA 3'-UTR binding / regulation of gene expression / cell differentiation / negative regulation of translation / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / RNA / Lateral Signaling Target / Fem-3 mRNA-binding factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Qiu, C. / Hall, T.M.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS) 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Bipartite interaction sites differentially modulate RNA-binding affinity of a protein complex essential for germline stem cell self-renewal.
著者: Qiu, C. / Wine, R.N. / Campbell, Z.T. / Hall, T.M.T.
履歴
登録2021年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fem-3 mRNA-binding factor 2
B: FBE RNA
C: Lateral Signaling Target
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9845
ポリマ－53,8163
非ポリマー1682
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area20730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.813, 93.813, 113.222
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Fem-3 mRNA-binding factor 2


分子量: 47019.055 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 164-575 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: fbf-2, F21H12.5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09312
#2: RNA鎖 FBE RNA


分子量: 2817.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
#3: タンパク質・ペプチド Lateral Signaling Target


分子量: 3979.517 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: lst-1, CELE_T22A3.3, T22A3.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P91820

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非ポリマー , 3種, 127分子

#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% (v/v) PEG 400, 0.1 M Tris, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→50 Å / Num. obs: 23853 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 46.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 1.031 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 120279
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.34-2.385.20.76711910.7110.370.8530.93199.9
2.38-2.425.20.62612010.7980.3030.6970.98100
2.42-2.475.20.53611870.8480.2590.5960.9899.9
2.47-2.525.20.48911650.8730.2370.5451.0199.7
2.52-2.585.10.39412000.8950.1930.4390.998100
2.58-2.645.10.34711870.9180.1710.3881.032100
2.64-2.75.10.2911850.9430.1430.3241.062100
2.7-2.7750.2412000.9580.1210.2691.074100
2.77-2.864.90.18811840.9740.0940.2111.082100
2.86-2.954.80.17711890.9750.0890.1991.08499
2.95-3.054.50.14211770.980.0740.1611.08599.1
3.05-3.183.90.11111840.9830.0640.1291.051100
3.18-3.325.10.10112040.9910.0490.1121.088100
3.32-3.55.50.0812000.9940.0380.0891.034100
3.5-3.715.40.0711810.9940.0330.0780.994100
3.71-45.40.06412000.9950.030.0710.992100
4-4.45.30.05812020.9950.0280.0651.061100
4.4-5.045.10.05511860.9960.0270.0611.0699.5
5.04-6.354.40.05512000.9940.0290.0631.05798
6.35-505.30.04912300.9940.0240.0550.99699.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3k5q

3k5q


解像度: 2.34→36.12 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2247 2020 8.48 %
Rwork0.1784 21789 -
obs0.1823 23809 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.18 Å2 / Biso mean: 57.3614 Å2 / Biso min: 30.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.34→36.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3259 171 11 125 3566
Biso mean--60.17 55.3 -
残基数----417
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.34-2.40.30411400.271515611701100
2.4-2.460.29721450.240815661711100
2.46-2.540.28061410.241715531694100
2.54-2.620.26611390.224115451684100
2.62-2.710.26281470.22615501697100
2.71-2.820.27111470.220915531700100
2.82-2.950.25241430.22891551169499
2.95-3.10.30311390.21811537167699
3.1-3.30.23081480.196515531701100
3.3-3.550.24771420.193215581700100
3.55-3.910.23111480.164315771725100
3.91-4.470.18341420.140915711713100
4.47-5.630.18581460.14491547169399
5.63-36.120.18721530.14871567172099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.06431.6551.19587.0961.53592.78-0.10761.2135-0.8393-1.23980.4987-0.8859-0.00880.5073-0.41540.5881-0.00770.01580.7311-0.15340.5645-4.507822.4154-25.6862
22.39010.82622.40871.34511.25814.43220.1903-0.3359-0.25660.15570.09340.05750.1567-0.4998-0.29490.30020.0090.00740.3630.06340.35292.545232.13233.4607
36.3737-0.47160.93420.9601-0.18541.33730.2609-0.63610.20250.0304-0.1283-0.04290.0455-0.0011-0.13910.33310.0306-0.05280.4595-0.08680.336936.779434.047920.3471
44.6969-3.0127-0.11067.46452.35783.09080.34180.21570.3772-0.4541-0.2336-0.4852-0.18890.1763-0.08960.36530.018-0.00750.47230.02820.375453.126735.592315.248
52.7737-1.07792.34680.7919-0.80571.6953-0.18090.7722-0.18350.25710.1171-0.12070.0773-0.04740.08060.57990.1216-0.23930.7402-0.1810.699325.245225.05241.296
65.02574.75435.5619.07437.18498.52020.2635-1.2742-0.70330.3319-0.1639-0.2436-0.5907-0.8267-0.19110.7184-0.04740.01880.70820.06260.555840.708424.917431.7895
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 167 through 212 )A167 - 212
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 213 through 409 )A213 - 409
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 410 through 527 )A410 - 527
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 528 through 569 )A528 - 569
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 9 )B1 - 9
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 31 through 41 )C31 - 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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