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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7s00 | ||||||
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タイトル | X-ray structure of the phage AR9 non-virion RNA polymerase core | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / DNA-dependent multisubunit RNA polymerase / deoxyuridine / template strand promoter / RNAP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II activity / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus phage AR9 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Leiman, P.G. / Sokolova, M.L. / Fraser, A. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural basis of template strand deoxyuridine promoter recognition by a viral RNA polymerase. 著者: Alec Fraser / Maria L Sokolova / Arina V Drobysheva / Julia V Gordeeva / Sergei Borukhov / John Jumper / Konstantin V Severinov / Petr G Leiman / 要旨: Recognition of promoters in bacterial RNA polymerases (RNAPs) is controlled by sigma subunits. The key sequence motif recognized by the sigma, the -10 promoter element, is located in the non-template ...Recognition of promoters in bacterial RNA polymerases (RNAPs) is controlled by sigma subunits. The key sequence motif recognized by the sigma, the -10 promoter element, is located in the non-template strand of the double-stranded DNA molecule ~10 nucleotides upstream of the transcription start site. Here, we explain the mechanism by which the phage AR9 non-virion RNAP (nvRNAP), a bacterial RNAP homolog, recognizes the -10 element of its deoxyuridine-containing promoter in the template strand. The AR9 sigma-like subunit, the nvRNAP enzyme core, and the template strand together form two nucleotide base-accepting pockets whose shapes dictate the requirement for the conserved deoxyuridines. A single amino acid substitution in the AR9 sigma-like subunit allows one of these pockets to accept a thymine thus expanding the promoter consensus. Our work demonstrates the extent to which viruses can evolve host-derived multisubunit enzymes to make transcription of their own genes independent of the host. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7s00.cif.gz | 2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7s00.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7s00.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7s00_validation.pdf.gz | 669.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7s00_full_validation.pdf.gz | 702.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7s00_validation.xml.gz | 125.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7s00_validation.cif.gz | 172.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/7s00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/7s00 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58112.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage AR9 (ファージ) / 遺伝子: AR9_g105 / 詳細 (発現宿主): pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star (DE3) / 参照: UniProt: A0A172JI16 #2: タンパク質 | 分子量: 76978.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage AR9 (ファージ) / 遺伝子: AR9_g089 / 詳細 (発現宿主): pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star (DE3) / 参照: UniProt: A0A172JHZ2, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | 分子量: 73100.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage AR9 (ファージ) / 遺伝子: AR9_g154 / 詳細 (発現宿主): pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star (DE3) / 参照: UniProt: A0A172JI62, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | 分子量: 51947.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage AR9 (ファージ) / 遺伝子: AR9_g270 / 詳細 (発現宿主): pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star (DE3) / 参照: UniProt: A0A172JIH0 #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: an 1.5 ul aliquot of AR9 nvRNAP core (4.5 mg/mL) was mixed with an equal volume of a solution containing 100 mM Tricine pH 8.8, 270 mM KNO3, 15 % PEG 6000, 5 mM MgCl2, and incubated as a ...詳細: an 1.5 ul aliquot of AR9 nvRNAP core (4.5 mg/mL) was mixed with an equal volume of a solution containing 100 mM Tricine pH 8.8, 270 mM KNO3, 15 % PEG 6000, 5 mM MgCl2, and incubated as a hanging drop over the same solution |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月24日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 87373 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 1.1 / 冗長度: 4.49 % / Biso Wilson estimate: 107.48 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 10.07 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7S01 解像度: 3.3→49.42 Å / SU ML: 0.4787 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.2646 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 155.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→49.42 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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