PDB-7s00: X-ray structure of the phage AR9 non-virion RNA polymerase core

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7s00

タイトル

X-ray structure of the phage AR9 non-virion RNA polymerase core

要素

(DNA-directed RNA polymerase) x 2
DNA-directed RNA polymerase beta subunit
DNA-directed RNA polymerase beta' subunit

キーワード

TRANSCRIPTION / DNA-dependent multisubunit RNA polymerase / deoxyuridine / template strand promoter / RNAP

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-directed RNA polymerase complex / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase activity / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus phage AR9 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Leiman, P.G. / Sokolova, M.L. / Fraser, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis of template strand deoxyuridine promoter recognition by a viral RNA polymerase.
著者: Alec Fraser / Maria L Sokolova / Arina V Drobysheva / Julia V Gordeeva / Sergei Borukhov / John Jumper / Konstantin V Severinov / Petr G Leiman /

要旨: Recognition of promoters in bacterial RNA polymerases (RNAPs) is controlled by sigma subunits. The key sequence motif recognized by the sigma, the -10 promoter element, is located in the non-template ...

履歴

登録	2021年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7s00.cif.gz	2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7s00.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7s00.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7s00_validation.pdf.gz	669.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7s00_full_validation.pdf.gz	702.1 KB	表示
XML形式データ	7s00_validation.xml.gz	125.1 KB	表示
CIF形式データ	7s00_validation.cif.gz	172.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/7s00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/7s00	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	24763C 24765C 7s01SC 7um0C 7um1C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

c: DNA-directed RNA polymerase beta subunit

C: DNA-directed RNA polymerase

D: DNA-directed RNA polymerase

d: DNA-directed RNA polymerase beta' subunit

e: DNA-directed RNA polymerase beta subunit

E: DNA-directed RNA polymerase

F: DNA-directed RNA polymerase

f: DNA-directed RNA polymerase beta' subunit

ヘテロ分子

520 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, The molecule is a mixture of monomers (minor fraction) and dimers (major fraction) in cryo-EM.

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.858, 166.270, 307.215
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "C" and (resid 1 through 533 or resid 535 through 649))
d_2	ens_1	(chain "E" and (resid 1 through 533 or resid 535 through 649))
d_1	ens_2	chain "c"
d_2	ens_2	chain "e"
d_1	ens_3	chain "d"
d_2	ens_3	chain "f"

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	MET	LYS	B	1 - 533
d_1	2	ens_1	GLU	VAL	B	535 - 640
d_2	1	ens_1	MET	LYS	G	1 - 533
d_2	2	ens_1	GLU	VAL	G	535 - 640
d_1	1	ens_2	MET	ASN	A	1 - 484
d_2	1	ens_2	MET	ASN	F	1 - 484
d_1	1	ens_3	MET	ASN	D	1 - 410
d_2	1	ens_3	MET	ASN	I	1 - 410

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.444081826121, -0.60547856341, 0.660444578265), (-0.616937800461, -0.327908899131, -0.715446367125), (0.64975309316, -0.725169954646, -0.227924230409)	-120.450082957, 3.44472128951, 106.898493696
2	given	(-0.442299975599, -0.615238781168, 0.652573347396), (-0.618797745489, -0.317345004556, -0.718596895527), (0.649199570058, -0.721646305492, -0.240346682953)	-120.593234526, 3.64425722625, 106.669656329
3	given	(-0.427626319316, -0.617074031548, 0.660572002599), (-0.629143091678, -0.321553234736, -0.707659867044), (0.649087591333, -0.718208296263, -0.250723237768)	-119.771835613, 2.84344187099, 107.128657335

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase beta subunit 分子量: 58112.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage AR9 (ファージ) / 遺伝子: AR9_g105 / 詳細 (発現宿主): pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star (DE3) / 参照: UniProt: A0A172JI16
#2: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase 分子量: 76978.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage AR9 (ファージ) / 遺伝子: AR9_g089 / 詳細 (発現宿主): pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star (DE3) / 参照: UniProt: A0A172JHZ2, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase 分子量: 73100.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage AR9 (ファージ) / 遺伝子: AR9_g154 / 詳細 (発現宿主): pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star (DE3) / 参照: UniProt: A0A172JI62, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase beta' subunit 分子量: 51947.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage AR9 (ファージ) / 遺伝子: AR9_g270 / 詳細 (発現宿主): pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star (DE3) / 参照: UniProt: A0A172JIH0
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: an 1.5 ul aliquot of AR9 nvRNAP core (4.5 mg/mL) was mixed with an equal volume of a solution containing 100 mM Tricine pH 8.8, 270 mM KNO3, 15 % PEG 6000, 5 mM MgCl2, and incubated as a ...詳細: an 1.5 ul aliquot of AR9 nvRNAP core (4.5 mg/mL) was mixed with an equal volume of a solution containing 100 mM Tricine pH 8.8, 270 mM KNO3, 15 % PEG 6000, 5 mM MgCl2, and incubated as a hanging drop over the same solution

結晶

マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.6 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: an 1.5 ul aliquot of AR9 nvRNAP core (4.5 mg/mL) was mixed with an equal volume of a solution containing 100 mM Tricine pH 8.8, 270 mM KNO3, 15 % PEG 6000, 5 mM MgCl2, and incubated as a ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 87373 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 1.1 / 冗長度: 4.49 % / B_iso Wilson estimate: 107.48 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 10.07

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
3.3-3.5	4.15	1.17	13885	0.421	1.42	98.7
3.5-3.74		2.39	13096	0.774	0.757	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot	0.9.5	モデル構築
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7S01

7s01

解像度: 3.3→49.42 Å / SU ML: 0.4787 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.2646
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2577	4305	5 %
R_work	0.2189	81770	-
obs	0.2208	86075	98.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 155.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→49.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	33878	0	2	0	33880

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	34522
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5751	46556
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0431	5157
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0044	6004
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.5481	4481

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	C	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.996727242028
ens_2	d_2	c	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.2167871195
ens_3	d_2	D	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.63811954204

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3-3.34	0.4314	137	0.4	2592	X-RAY DIFFRACTION	95.49
3.34-3.38	0.3749	143	0.3485	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.38-3.42	0.346	142	0.3275	2700	X-RAY DIFFRACTION	98.65
3.42-3.47	0.318	145	0.3062	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.47-3.51	0.3332	142	0.2882	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.62
3.51-3.56	0.2827	141	0.2798	2686	X-RAY DIFFRACTION	98.95
3.56-3.61	0.3082	144	0.2825	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.61-3.66	0.2956	143	0.2741	2708	X-RAY DIFFRACTION	98.72
3.66-3.72	0.2918	144	0.2737	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.72-3.78	0.3023	143	0.25	2726	X-RAY DIFFRACTION	98.83
3.78-3.85	0.2963	143	0.2394	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.85-3.92	0.2733	143	0.2292	2706	X-RAY DIFFRACTION	98.89
3.92-3.99	0.245	144	0.2253	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.99-4.07	0.274	143	0.2116	2711	X-RAY DIFFRACTION	98.96
4.07-4.16	0.2522	145	0.2082	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.52
4.16-4.26	0.2398	142	0.1995	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.17
4.26-4.37	0.2592	145	0.2029	2736	X-RAY DIFFRACTION	98.94
4.37-4.48	0.2142	143	0.1885	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.52
4.48-4.62	0.2317	143	0.1865	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.13
4.62-4.76	0.225	145	0.1921	2752	X-RAY DIFFRACTION	98.87
4.76-4.93	0.2418	142	0.1879	2704	X-RAY DIFFRACTION	98.79
4.93-5.13	0.2521	145	0.1996	2756	X-RAY DIFFRACTION	98.91
5.13-5.37	0.2886	145	0.218	2745	X-RAY DIFFRACTION	98.9
5.37-5.65	0.2732	144	0.2223	2742	X-RAY DIFFRACTION	98.57
5.65-6	0.2743	144	0.2263	2729	X-RAY DIFFRACTION	98.46
6-6.46	0.3012	144	0.2435	2744	X-RAY DIFFRACTION	98.3
6.46-7.11	0.2841	144	0.2393	2742	X-RAY DIFFRACTION	97.27
7.11-8.14	0.2604	146	0.2108	2762	X-RAY DIFFRACTION	97.55
8.14-10.24	0.1834	146	0.168	2781	X-RAY DIFFRACTION	97.21
10.24-49.42	0.2225	145	0.1933	2724	X-RAY DIFFRACTION	91.17

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.57658353517	0.0510594043634	-4.43413365626	2.72555252915	1.87720631959	8.20600633042	0.329758883012	-0.316979322861	-0.24219274383	0.422130731345	-0.200260222855	0.239253615211	1.09540649026	-1.12927811817	0.2452713058	0.241414729229	-0.0741029108971	-0.153070196778	0.621081482086	0.149689500523	0.875823834347	-77.3178127213	-37.0420450831	-3.67834495081
2	2.83960781636	-0.898877633743	0.926439761093	1.63722287137	-1.81444074304	3.02053259242	0.0966856705385	-0.114199263114	-0.0961207128289	0.474645328064	-0.099780938357	0.580694194438	-0.54458621953	-0.435142689494	-0.0910195646307	0.64396043598	-0.0467623655828	0.186937214303	1.56728090593	-0.142655354328	1.11726012151	-97.0192408793	-14.8856484118	13.0989763722
3	4.81159915985	2.81719845959	0.450639741147	1.97169963952	-0.373232637077	6.48765982075	-0.198672766949	-1.65612111011	-0.963132497326	1.23017943939	0.138212763535	-0.843159783187	1.01255779166	1.18257783556	0.0413048643029	1.74616324739	0.313505608685	0.0416989517703	1.8078886053	0.118343613034	0.805923422056	-80.8622947553	-25.8995282368	56.4169120348
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31	4.09286327434	0.705958653195	-1.55877717912	0.454899859701	0.22554044414	1.46207738021	0.0358935252716	-1.58914855253	0.868258766007	1.31654049182	-0.674743940179	-0.87673529923	-0.773005801439	1.66090512287	0.244717958812	2.40196535838	-0.0337484593981	0.0598413886766	1.97855652457	0.274042930443	2.01280688711	-75.9113120374	17.6305036482	79.5151962295
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33	4.28840736176	1.88818574678	-1.1563863393	3.02288311928	-2.19295860103	1.93053888449	1.08259753727	0.606849193637	-0.144858355051	-0.629042463145	-1.24756182136	-2.97040059901	0.369953269426	-0.0188858634094	0.66595957955	2.41196025891	0.11530538067	0.116773237386	1.39272462605	-0.19546256911	2.54429212041	-62.3375765486	10.4252391311	68.6785812034
34	3.78035340266	-0.00359973029093	-0.741492776021	5.62650696847	-3.06894923742	3.965659564	-0.454681483568	-0.22313725123	-0.931399603279	-0.227864305711	-0.608572488334	0.418172869189	0.903742034362	1.87539260891	1.06522309724	1.41888630504	-0.0609272304633	0.547283148331	1.58462557685	-0.369734285706	1.33001785923	-94.6160742054	2.21777851785	70.2218965917
35	6.22108990578	0.316107892515	0.61161840049	5.95642356925	0.991747074788	3.26619179394	-0.323020537787	1.69583690897	0.193744167957	-0.546348861962	0.253132245175	0.0605154008849	-0.393306562245	0.890079957678	0.0659301297331	1.63893089338	-0.272296202864	-0.0881450598736	2.21401264826	0.0963613154506	1.11384929507	-98.9150965173	18.74148513	24.3452271296
36	0.490325256691	-1.10606254792	-1.11770337601	2.91115622935	4.2178130645	6.62042350907	-0.625975785733	-0.314150319433	-0.18293213189	-0.502654132726	-0.491457311118	0.46382465994	1.0138372	1.0516669169	0.893529850708	1.85572642201	-0.136903320905	0.349373720671	1.74910016032	0.0995318955339	1.72823024693	-97.0178231614	31.7858308716	30.253670677
37	1.41867760258	-1.3730761043	-0.831847247868	4.22332965286	-1.02543574981	1.99216133048	0.308067206394	0.760317036754	-0.336865416905	0.516429029664	-0.63548695764	1.12532511903	-0.261705437111	-0.849551342835	0.247577158477	1.09820412945	0.0024937487719	0.427763535602	1.39974275977	-0.264735254969	1.27671774898	-111.97543431	39.6894042857	75.006920606

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'c' and (resid 1 through 29 )	c	A	1 - 29	1 - 29
2	2	chain 'c' and (resid 30 through 143 )	c	A	30 - 143	30 - 143
3	3	chain 'c' and (resid 144 through 252 )	c	A	144 - 252	144 - 252
4	4	chain 'c' and (resid 253 through 325 )	c	A	253 - 325	253 - 325
5	5	chain 'c' and (resid 326 through 394 )	c	A	326 - 394	326 - 394
6	6	chain 'c' and (resid 395 through 432 )	c	A	395 - 432	395 - 432
7	7	chain 'c' and (resid 433 through 484 )	c	A	433 - 484	433 - 484
8	8	chain 'C' and (resid 1 through 159 )	C	B	1 - 159	1 - 159
9	9	chain 'C' and (resid 160 through 234 )	C	B	160 - 234	160 - 234
10	10	chain 'C' and (resid 235 through 282 )	C	B	235 - 282	235 - 282
11	11	chain 'C' and (resid 283 through 535 )	C	B	283 - 535	283 - 535
12	12	chain 'C' and (resid 536 through 587 )	C	B	536 - 587	536 - 578
13	13	chain 'C' and (resid 588 through 649 )	C	B	588 - 649	579 - 640
14	14	chain 'D' and (resid 1 through 141 )	D	C	1 - 141	1 - 141
15	15	chain 'D' and (resid 142 through 284 )	D	C	142 - 284	142 - 284
16	16	chain 'D' and (resid 285 through 596 )	D	C	285 - 596	285 - 481
17	17	chain 'd' and (resid 1 through 177 )	d	D	1 - 177	1 - 161
18	18	chain 'd' and (resid 178 through 230 )	d	D	178 - 230	162 - 214
19	19	chain 'd' and (resid 231 through 426 )	d	D	231 - 426	215 - 410
20	20	chain 'e' and (resid 1 through 102 )	e	F	1 - 102	1 - 102
21	21	chain 'e' and (resid 103 through 382 )	e	F	103 - 382	103 - 382
22	22	chain 'e' and (resid 383 through 484 )	e	F	383 - 484	383 - 484
23	23	chain 'E' and (resid 1 through 159 )	E	G	1 - 159	1 - 159
24	24	chain 'E' and (resid 160 through 256 )	E	G	160 - 256	160 - 256
25	25	chain 'E' and (resid 257 through 311 )	E	G	257 - 311	257 - 311
26	26	chain 'E' and (resid 312 through 452 )	E	G	312 - 452	312 - 452
27	27	chain 'E' and (resid 453 through 601 )	E	G	453 - 601	453 - 592
28	28	chain 'E' and (resid 602 through 649 )	E	G	602 - 649	593 - 640
29	29	chain 'F' and (resid 1 through 269 )	F	H	1 - 269	1 - 269
30	30	chain 'F' and (resid 270 through 372 )	F	H	270 - 372	270 - 372
31	31	chain 'F' and (resid 373 through 432 )	F	H	373 - 432	373 - 432
32	32	chain 'F' and (resid 433 through 470 )	F	H	433 - 470	433 - 470
33	33	chain 'F' and (resid 471 through 512 )	F	H	471 - 512	471 - 512
34	34	chain 'F' and (resid 513 through 596 )	F	H	513 - 596	513 - 596
35	35	chain 'f' and (resid 1 through 160 )	f	I	1 - 160	1 - 144
36	36	chain 'f' and (resid 161 through 256 )	f	I	161 - 256	145 - 240
37	37	chain 'f' and (resid 257 through 426 )	f	I	257 - 426	241 - 410

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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