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- PDB-7rzj: CRYSTAL STRUCTURE OF HLA-B*07:02 IN COMPLEX WITH MLL(747-755) PHO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rzj
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HLA-B*07:02 IN COMPLEX WITH MLL(747-755) PHOSPHOPEPTIDE
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain
  • MLL cleavage product N320 phosphopeptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA / MLL PEPTIDE / MHC-I / HLA-B*07:02 / HLA-B7 / IMMUNITY / PHOSPHOPEPTIDE / CANCER
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein-cysteine methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / response to potassium ion / unmethylated CpG binding / histone H3K4 trimethyltransferase activity / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / definitive hemopoiesis ...negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein-cysteine methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / response to potassium ion / unmethylated CpG binding / histone H3K4 trimethyltransferase activity / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / definitive hemopoiesis / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / regulation of T cell anergy / histone H3K4 methyltransferase activity / regulation of interleukin-6 production / anterior/posterior pattern specification / T-helper 2 cell differentiation / embryonic hemopoiesis / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / exploration behavior / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / histone methyltransferase complex / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / MLL1 complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / membrane depolarization / detection of bacterium / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of fibroblast proliferation / spleen development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / homeostasis of number of cells within a tissue / secretory granule membrane / negative regulation of receptor binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / post-embryonic development / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / circadian regulation of gene expression / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / defense response / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / visual learning / protein modification process / peptide antigen binding / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / PKMTs methylate histone lysines / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / MHC class II protein complex binding / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / protein-folding chaperone binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / ER-Phagosome pathway / protein refolding / protein-containing complex assembly / early endosome membrane / fibroblast proliferation
類似検索 - 分子機能
KMT2A, ePHD domain / KMT2A, PHD domain 1 / KMT2A, PHD domain 2 / KMT2A, PHD domain 3 / Methyltransferase, trithorax / : / FY-rich, N-terminal / F/Y-rich N-terminus / PHD-like zinc-binding domain / FYR domain FYRN motif profile. ...KMT2A, ePHD domain / KMT2A, PHD domain 1 / KMT2A, PHD domain 2 / KMT2A, PHD domain 3 / Methyltransferase, trithorax / : / FY-rich, N-terminal / F/Y-rich N-terminus / PHD-like zinc-binding domain / FYR domain FYRN motif profile. / "FY-rich" domain, N-terminal region / FY-rich, C-terminal / F/Y rich C-terminus / FYR domain FYRC motif profile. / "FY-rich" domain, C-terminal region / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain profile. / SET domain superfamily / SET domain / PHD-finger / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / Zinc finger PHD-type signature. / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Zinc finger PHD-type profile. / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Zinc finger, FYVE/PHD-type / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin / Histone-lysine N-methyltransferase 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Patskovska, L. / Nyovanie, S. / Natarajan, A. / Joshi, B. / Morin, B. / Brittsan, C. / Huber, O. / Gordon, S. / Michelet, X. ...Patskovsky, Y. / Patskovska, L. / Nyovanie, S. / Natarajan, A. / Joshi, B. / Morin, B. / Brittsan, C. / Huber, O. / Gordon, S. / Michelet, X. / Schmitzberger, F. / Stein, R. / Findeis, M. / Hurwitz, A. / Van Dijk, M. / Buell, J. / Underwood, D. / Krogsgaard, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM124489 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Molecular mechanism of phosphopeptide neoantigen immunogenicity.
著者: Patskovsky, Y. / Natarajan, A. / Patskovska, L. / Nyovanie, S. / Joshi, B. / Morin, B. / Brittsan, C. / Huber, O. / Gordon, S. / Michelet, X. / Schmitzberger, F. / Stein, R.B. / Findeis, M.A. ...著者: Patskovsky, Y. / Natarajan, A. / Patskovska, L. / Nyovanie, S. / Joshi, B. / Morin, B. / Brittsan, C. / Huber, O. / Gordon, S. / Michelet, X. / Schmitzberger, F. / Stein, R.B. / Findeis, M.A. / Hurwitz, A. / Van Dijk, M. / Chantzoura, E. / Yague, A.S. / Pollack Smith, D. / Buell, J.S. / Underwood, D. / Krogsgaard, M.
履歴
登録2021年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
E: MLL cleavage product N320 phosphopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2934
ポリマ－44,9503
非ポリマー3421
水9,008500
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
E: MLL cleavage product N320 phosphopeptide

ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2934
ポリマ－44,9503
非ポリマー3421
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_545-x+1/2,y-1/2,-z+1/41
Buried area4710 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area19260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.719, 65.719, 238.484
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain / MHC class I antigen B*7


分子量: 31962.016 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / プラスミド: PET30A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01889
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: PET30A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド MLL cleavage product N320 phosphopeptide / N-terminal cleavage product of 320 kDa / p320


分子量: 1109.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q03164
#4: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.13 % / 解説: rods
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 18-24%PEG4000, 0.1 SODIUM CITRATE, 20% ISOPROPANOL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月10日 / 詳細: Si(111) MONOCHROMATOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 48784 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 1.008 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2900 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7RZD

7rzd


解像度: 1.8→29.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.545 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2167 1581 3.2 %RANDOM
Rwork0.1657 ---
obs0.1673 48089 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 151.63 Å2 / Biso mean: 30.975 Å2 / Biso min: 6.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.93 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.93 Å20 Å2
3----1.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→29.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3151 0 23 501 3675
Biso mean--64.41 40.93 -
残基数----384
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193370
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3681.9474601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75436923
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0245408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.38623.172186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.21815544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0991535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2468
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213869
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02838
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 133 -
Rwork0.24 3452 -
all-3585 -
obs--99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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