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- PDB-7ry8: S. CEREVISIAE CYP51 Y140H mutant COMPLEXED WITH Voriconazole -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ry8
タイトルS. CEREVISIAE CYP51 Y140H mutant COMPLEXED WITH Voriconazole
要素Lanosterol 14-alpha demethylase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / CYP51 / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR COMPLEX / Sterol Biosynthesis / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol 14alpha-demethylase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / methyltransferase activity / monooxygenase activity / methylation / iron ion binding / heme binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Voriconazole / sterol 14alpha-demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Graham, D.O. / Wilson, R.K. / Ruma, Y.N. / Keniya, M.V. / Tyndall, J.D. / Monk, B.C.
資金援助 ニュージーランド, 2件
組織認可番号国
Health Research Council (HRC)16/232 ニュージーランド
Health Research Council (HRC)19/397 ニュージーランド
引用
ジャーナル: J Fungi (Basel) / 年: 2021
タイトル: Structural Insights into the Azole Resistance of the Candida albicans Darlington Strain Using Saccharomyces cerevisiae Lanosterol 14 alpha-Demethylase as a Surrogate.
著者: Graham, D.O. / Wilson, R.K. / Ruma, Y.N. / Keniya, M.V. / Tyndall, J.D.A. / Monk, B.C.
#1: ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Triazole resistance mediated by mutations of a conserved active site tyrosine in fungal lanosterol 14 alpha-demethylase.
著者: Sagatova, A.A. / Keniya, M.V. / Wilson, R.K. / Sabherwal, M. / Tyndall, J.D. / Monk, B.C.
履歴
登録2021年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lanosterol 14-alpha demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2445
ポリマ－61,8601
非ポリマー1,3844
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.790, 66.863, 80.878
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.509, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Lanosterol 14-alpha demethylase


分子量: 61860.184 Da / 分子数: 1 / 変異: Y140H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain YJM789) (パン酵母)
株: YJM789 / 遺伝子: ERG11, SCY_2394 / Variant: SCY_2394 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): AD2DELTA / 参照: UniProt: A6ZSR0
#4: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 126分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-VOR / Voriconazole / (2R,3S)-2-(2,4-difluorophenyl)-3-(5-fluoropyrimidin-4-yl)-1-(1H-1,2,4-triazol-1-yl)butan-2-ol / ボリコナゾ-ル


分子量: 349.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14F3N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗真菌剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.6 / 詳細: 46% PEG, 0.5 M glycine pH 9.6 / PH範囲: 9.1 - 9.6

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データ収集

回折平均測定温度: 91 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→44.68 Å / Num. obs: 57294 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 43.1 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 3.302 / Num. unique obs: 4026 / CC1/2: 0.317 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless1.19.2_4158データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LXJ

4lxj


解像度: 1.98→39.99 Å / SU ML: 0.2607 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.3075
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2354 1391 2.44 %
Rwork0.2093 55729 -
obs0.21 57120 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→39.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4259 0 96 123 4478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00724480
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84576080
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0519645
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072764
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.31461668
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.050.35721380.36215410X-RAY DIFFRACTION97.3
2.05-2.130.38091360.32115542X-RAY DIFFRACTION99.68
2.13-2.230.29841400.28715577X-RAY DIFFRACTION99.97
2.23-2.350.29461390.26055525X-RAY DIFFRACTION99.84
2.35-2.490.27341350.23015596X-RAY DIFFRACTION99.91
2.49-2.690.25561450.21355605X-RAY DIFFRACTION99.9
2.69-2.960.2541340.20095547X-RAY DIFFRACTION99.93
2.96-3.380.2391400.19755616X-RAY DIFFRACTION99.95
3.39-4.260.20341420.18715615X-RAY DIFFRACTION99.84
4.26-39.990.20841420.19245696X-RAY DIFFRACTION99.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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