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万見
- PDB-7ry6: Solution NMR structural bundle of the first cyclization domain fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ry6
タイトルSolution NMR structural bundle of the first cyclization domain from yersiniabactin synthetase (Cy1) impacted by dynamics
要素HMWP2 nonribosomal peptide synthetase
キーワードLIGASE / Heterocyclization / Nonribosomal Peptide Synthetase / Peptide Bond Formation
機能・相同性Nonribosomal peptide synthetase, condensation domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Kancherla, A.K. / Mishra, S.H. / Marincin, K.A. / Nerli, S. / Sgourakis, N.G. / Dowling, D.P. / Bouvignies, G. / Frueh, D.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM104257 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Global protein dynamics as communication sensors in peptide synthetase domains.
著者: Mishra, S.H. / Kancherla, A.K. / Marincin, K.A. / Bouvignies, G. / Nerli, S. / Sgourakis, N. / Dowling, D.P. / Frueh, D.P.
履歴
登録2021年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HMWP2 nonribosomal peptide synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9151
ポリマ－51,9151
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 HMWP2 nonribosomal peptide synthetase / Yersiniabactin biosynthetic protein / Yersiniabactin non-ribosomal peptide synthetase HMWP2


分子量: 51914.559 Da / 分子数: 1 / 断片: Cyclization domain 1, residues 101-544 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: irp2, y2399, G4D66_03140, NCTC144_00432 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A5P8YEQ8, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic11H,15N -TROSY
122isotropic11H,15N -TROSY
133isotropic11H,15N -TROSY
144isotropic11H,15N -TROSY
154isotropic31H,15N -TROSY
165isotropic11H,15N -TROSY
171isotropic23D HNCA
185isotropic13D HNCA
191isotropic23D HNCO
1105isotropic13D HNCO
1111isotropic23D HN(CA)CO
1125isotropic13D HN(CA)CO
1131isotropic23D HN(CA)CB
1145isotropic13D HN(CA)CB
1361isotropic13D HN(CA)CB
1151isotropic23D HN(CO)CA
1165isotropic13D HN(CO)CA
1173isotropic13D HN(COCA)CB
1193isotropic13D Ala-HN(CA)CB
1203isotropic13D Gly-HNCA
1213isotropic13D Ser/Thr- HN(COCA)CB
1373isotropic13D Ser/Thr- HN(CA)CB
1223isotropic13D HMCMCBCA
1233isotropic13D HMCMCGCBCA
1243isotropic13D (H)CC(CO)NH
1383isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1256isotropic24D time-shared (TS) 15N/13C HSQC-NOESY-TROSY/ HSQC
1266isotropic13D TS-TROSY/HSQC NOESY
1276isotropic13D TS-NOESY -HSQC/TROSY
1284isotropic33D TS-TROSY/HSQC NOESY
1291isotropic23D 15N TROSY-NOESY
1332anisotropic13D HSQC HNCO
1342anisotropic13D TROSY HNCO
1393isotropic23D hNCAnH
NMR実験の詳細Text: The authors state that the structural bundle reflects the fold of the cyclization domain with regions impacted by dynamics as described in the citation associated with this entry. Traditional ...Text: The authors state that the structural bundle reflects the fold of the cyclization domain with regions impacted by dynamics as described in the citation associated with this entry. Traditional analysis of individual conformers in the bundle is not recommended because dynamics may lead to apparent local distortions and because NMR structures of such large proteins rely on restraints involving backbone amides and methyl groups of Ile, Leu, and Val. All other side chains are deuterated and hence not experimentally restrained. The authors recommend that the ensemble is displayed as all states and aligned according to residues in secondary structures.

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1588 uM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-100% 2H] Cy1, 20 mM sodium phosphate, 10 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 5 mM DTT, 0.25 mM DSS, 95% H2O/5% D2OUniformly 2H, 13C and 15N labelled protein sample. Used for sequence specific assignmentsCDN95% H2O/5% D2O
filamentous virus2429 uM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-100% 2H] Cy1, 20 mM sodium phosphate, 10 mM sodium chloride, 12 mg/mL Pf1 phage, 1 mM EDTA, 5 mM DTT, 0.25 mM DSS, 95% H2O/5% D2OUniformly 2H, 13C and 15N labelled protein sample along with Pf1 phage for partial alignment of the medium for measurement of RDCsCDN_RDC95% H2O/5% D2O
solution3586 uM U-100% 13C; U-100% 15N; U-100% 2H; 1H,13C for methyls of Leu, Val and Ile (delta1) Cy1, 20 mM sodium phosphate, 10 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 5 mM DTT, 0.25 mM DSS, 95% H2O/5% D2OUniformly 2H, 13C and 15N labelled except for methyls of leucine (delta 1 and 2), Valine (gamma 1 and 2), and isoleucine (delta 1) which are 1H and 13C labelledCDN_ILV95% H2O/5% D2O
solution4600 uM U-100% 15N; U-100% 2H; 1H,13C for methyls of Leu delta-2, Val gamma-2, and Ile delta1 Cy1, 20 mM sodium phosphate, 10 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 5 mM DTT, 0.03 % w/v Sodium Azide, 0.25 mM DSS, 95% H2O/5% D2OUniformly 2H, and 15N for backbone and sidechains, except 13C, 1H for isoleucine delta-1, leucine delta-2, and valine gamma-2 methyl groups.DN_ILVstereo95% H2O/5% D2O
solution5986 uM U-100% 13C, U-100% 15N; U-70% 2H; Cy1, 20 mM sodium phosphate, 10 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 5 mM DTT, 0.25 mM DSS, 95% H2O/5% D2O13C, 70% 2H / 30% 1H, 15N backbone and sidechains70DCN95% H2O/5% D2O
solution6350 uM U-100% 2H, U-100% 15N; 1H and 15N for Phe and Tyr; 1H and 13C for methyls of Ile (delta-1), Leu (delta-1 and delta-2), and Val (gamma-1 and gamma-2) Cy1, 20 mM sodium phosphate, 10 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 5 mM DTT, 0.25 mM DSS, 95% H2O/5% D2O12C, 2H, 15N for backbone and sidechains, except 12C, 1H, 15N for phenylalanine and tyrosine, and 13C, 1H for isoleucine delta-1, leucine delta-1 and 2, and valine gamma-1 and 2 methyl groupsDN_FYILV95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
588 uMCy1[U-100% 13C; U-100% 15N; U-100% 2H]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
10 mMsodium chloridenatural abundance1
1 mMEDTAnatural abundance1
5 mMDTTnatural abundance1
0.25 mMDSSnatural abundance1
429 uMCy1[U-100% 13C; U-100% 15N; U-100% 2H]2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
10 mMsodium chloridenatural abundance2
12 mg/mLPf1 phagenatural abundance2
1 mMEDTAnatural abundance2
5 mMDTTnatural abundance2
0.25 mMDSSnatural abundance2
586 uMCy1U-100% 13C; U-100% 15N; U-100% 2H; 1H,13C for methyls of Leu, Val and Ile (delta1)3
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
10 mMsodium chloridenatural abundance3
1 mMEDTAnatural abundance3
5 mMDTTnatural abundance3
0.25 mMDSSnatural abundance3
600 uMCy1U-100% 15N; U-100% 2H; 1H,13C for methyls of Leu delta-2, Val gamma-2, and Ile delta14
20 mMsodium phosphatenatural abundance4
10 mMsodium chloridenatural abundance4
1 mMEDTAnatural abundance4
5 mMDTTnatural abundance4
0.03 % w/vSodium Azidenatural abundance4
0.25 mMDSSnatural abundance4
986 uMCy1U-100% 13C, U-100% 15N; U-70% 2H;5
20 mMsodium phosphatenatural abundance5
10 mMsodium chloridenatural abundance5
1 mMEDTAnatural abundance5
5 mMDTTnatural abundance5
0.25 mMDSSnatural abundance5
350 uMCy1U-100% 2H, U-100% 15N; 1H and 15N for Phe and Tyr; 1H and 13C for methyls of Ile (delta-1), Leu (delta-1 and delta-2), and Val (gamma-1 and gamma-2)6
20 mMsodium phosphatenatural abundance6
10 mMsodium chloridenatural abundance6
1 mMEDTAnatural abundance6
5 mMDTTnatural abundance6
0.25 mMDSSnatural abundance6
試料状態詳細: This sample condition was used for all NMR data acquisition related to assignments, RDCs and initial NOESY experiments. 20 mM sodium phosphate pH 7.0, 10 mM NaCl, 1 mM EDTA, 5 mM DTT
イオン強度: 10 mM NaCl mM / Label: NMR_Buffer / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001QCI Cryo Probe
Varian UNITYVarianUNITY8002Chili Probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9503TCI Cryo Probe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA1.9.1.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
NMRPipe9.8Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRFAM-SPARKY3.113T. D. Goddard and D. G. Knellerデータ解析
TALOS-NYang Shen and Ad Baxデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 3
詳細: The structures are based on a total of 3468 restraints. 2189 are NOE based distance restraints, 293 are distance restraints based on hydrogen bonds, 810 are backbone dihedral angle ...詳細: The structures are based on a total of 3468 restraints. 2189 are NOE based distance restraints, 293 are distance restraints based on hydrogen bonds, 810 are backbone dihedral angle restraints, and 176 are residual dipolar coupling restraints.
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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