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- PDB-7rxt: Crystal of BRD4(D1) with 2-[(3R)-3-{5-[2-(3,5-dimethylphenoxy)pyr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rxt
タイトルCrystal of BRD4(D1) with 2-[(3R)-3-{5-[2-(3,5-dimethylphenoxy)pyrimidin-4-yl]-4-(4-iodophenyl)-1H-imidazol-1-yl}pyrrolidin-1-yl]ethan-1-amine
要素Bromodomain-containing protein 4
キーワードGENE REGULATION/INHIBITOR / BRD4 / GENE REGULATION / GENE REGULATION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / lysine-acetylated histone binding / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7ZK / Bromodomain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Cui, H. / Johnson, J.A. / Shi, K. / Aihara, H. / Pomerantz, W.C.K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)5T32GM008347-23 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: A Structure-based Design Approach for Generating High Affinity BRD4 D1-Selective Chemical Probes.
著者: Cui, H. / Divakaran, A. / Hoell, Z.J. / Ellingson, M.O. / Scholtz, C.R. / Zahid, H. / Johnson, J.A. / Griffith, E.C. / Gee, C.T. / Lee, A.L. / Khanal, S. / Shi, K. / Aihara, H. / Shah, V.H. / ...著者: Cui, H. / Divakaran, A. / Hoell, Z.J. / Ellingson, M.O. / Scholtz, C.R. / Zahid, H. / Johnson, J.A. / Griffith, E.C. / Gee, C.T. / Lee, A.L. / Khanal, S. / Shi, K. / Aihara, H. / Shah, V.H. / Lee, R.E. / Harki, D.A. / Pomerantz, W.C.K.
履歴
登録2021年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6802
ポリマ－15,0991
非ポリマー5801
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.067, 41.663, 110.479
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-374-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物 ChemComp-7ZK / 2-[(3R)-3-{5-[2-(3,5-dimethylphenoxy)pyrimidin-4-yl]-4-(4-iodophenyl)-1H-imidazol-1-yl}pyrrolidin-1-yl]ethan-1-amine


分子量: 580.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29IN6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→110.48 Å / Num. obs: 16435 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 23.19 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 20.5 / Num. measured all: 77912 / Scaling rejects: 281
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 93.8

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.68-1.714.60.51635527720.8530.2610.5812.7
9.03-110.483.70.0374991350.9930.0220.04360.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7jt4

7jt4


解像度: 1.68→38.98 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2378 760 4.64 %
Rwork0.2006 15626 -
obs0.2022 16386 98.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.81 Å2 / Biso mean: 36.2913 Å2 / Biso min: 13.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.68→38.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1053 0 35 115 1203
Biso mean--24.13 40.8 -
残基数----126
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.68-1.810.33941420.30793029317198
1.81-1.990.26741610.228731133274100
1.99-2.280.26081410.224531143255100
2.28-2.870.22561690.21673128329799
2.87-38.980.21891470.17083242338997
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.1355-1.4766-0.10916.41370.12865.41340.1268-0.64170.31610.5157-0.3194-0.063-1.1650.00060.17120.5009-0.1305-0.03540.3467-0.08590.260914.045329.115620.9006
21.19440.1327-0.79394.0886-0.91632.3713-0.21470.32860.07980.5991-0.1583-0.49030.26891.88110.39640.67890.1135-0.15270.7190.10220.389324.226713.500629.8528
31.867-0.4773-0.5172.5147-0.1042.5023-0.0507-0.0432-0.07850.0068-0.0853-0.55070.61980.80040.3910.46150.69840.11160.6190.19910.398922.76245.702717.6734
42.4375-1.34820.08275.56840.26754.6332-0.10020.0978-0.1431-0.2321-0.1306-0.18670.62251.04730.26130.1790.05960.02690.28950.03270.185115.689214.54815.6443
53.1765-1.0569-0.38323.2246-0.45343.15040.16360.19570.3879-0.5079-0.35940.138-1.9259-0.28260.23160.74430.0261-0.11450.2433-0.01510.27888.289529.802110.0463
60.9515-0.01231.12852.4738-0.40625.8242-0.16120.04110.16840.2297-0.2276-0.1271-0.42590.47960.33370.1625-0.0442-0.03230.28380.04210.208614.390819.265220.2396
70.7747-0.72660.83911.5527-1.67415.0827-0.1224-0.04110.04710.0663-0.043-0.06770.3005-0.30540.19370.1864-0.04410.00660.2251-0.00060.20977.659814.237717.6277
84.67061.4855-1.7812.1558-3.48175.7222-0.2272-0.03130.34260.01810.29760.51940.3292-1.482-0.06450.1885-0.0196-0.03710.579-0.03590.322-3.617318.89496.5253
92.8587-1.16441.37943.9297-2.91534.51850.0284-0.1031-0.2983-0.1571-0.1088-0.25891.676-0.0780.00740.6260.0410.03210.19640.00640.271110.06256.48210.4904
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 42 through 51 )A42 - 51
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 52 through 60 )A52 - 60
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 68 )A61 - 68
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 69 through 83 )A69 - 83
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 84 through 96 )A84 - 96
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 97 through 121 )A97 - 121
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 122 through 139 )A122 - 139
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 140 through 144 )A140 - 144
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 145 through 167 )A145 - 167

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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