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万見
- PDB-7rwz: SaPIbov5 procapsid structure including size redirecting protein Ccm -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rwz
タイトルSaPIbov5 procapsid structure including size redirecting protein Ccm
要素
  • Cos capsid morphogenesis protein (Ccm)
  • Major capsid protein
キーワードVIRUS / HK97-like fold / capsid size redirection / major capsid protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent peptidase activity / membrane => GO:0016020 / serine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Phage capsid / Phage capsid family / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / ClpP/crotonase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Hawkins, N.C. / Kizziah, J.L. / Dokland, T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI132977 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI083255 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Shape shifter: redirection of prolate phage capsid assembly by staphylococcal pathogenicity islands.
著者: N'Toia C Hawkins / James L Kizziah / José R Penadés / Terje Dokland /
要旨: Staphylococcus aureus pathogenicity islands (SaPIs) are molecular parasites that hijack helper phages for their transfer. SaPIbov5, the prototypical member of a family of cos type SaPIs, redirects ...Staphylococcus aureus pathogenicity islands (SaPIs) are molecular parasites that hijack helper phages for their transfer. SaPIbov5, the prototypical member of a family of cos type SaPIs, redirects the assembly of ϕ12 helper capsids from prolate to isometric. This size and shape shift is dependent on the SaPIbov5-encoded protein Ccm, a homolog of the ϕ12 capsid protein (CP). Using cryo-electron microscopy, we have determined structures of prolate ϕ12 procapsids and isometric SaPIbov5 procapsids. ϕ12 procapsids have icosahedral end caps with T = 4 architecture and a T = 14 cylindrical midsection, whereas SaPIbov5 procapsids have T = 4 icosahedral architecture. We built atomic models for CP and Ccm, and show that Ccm occupies the pentameric capsomers in the isometric SaPIbov5 procapsids, suggesting that preferential incorporation of Ccm pentamers prevents the cylindrical midsection from forming. Our results highlight that pirate elements have evolved diverse mechanisms to suppress phage multiplication, including the acquisition of phage capsid protein homologs.
履歴
登録2021年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-24720
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24720
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cos capsid morphogenesis protein (Ccm)
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,3474
ポリマ－176,3474
非ポリマー00
水00
1
A: Cos capsid morphogenesis protein (Ccm)
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,580,794240
ポリマ－10,580,794240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Cos capsid morphogenesis protein (Ccm)
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 882 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)881,73320
ポリマ－881,73320
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Cos capsid morphogenesis protein (Ccm)
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.06 MDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,058,07924
ポリマ－1,058,07924
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Cos capsid morphogenesis protein (Ccm)


分子量: 40468.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 参照: UniProt: E2FZQ5
#2: タンパク質 Major capsid protein


分子量: 45292.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 参照: UniProt: A0A7H9CBC0

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SaPIbov5 procapsid / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
由来(組換発現)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14rc1_3161: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28566 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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