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万見
- PDB-7rwm: Structure of Cap5 from Lactococcus lactis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rwm
タイトルStructure of Cap5 from Lactococcus lactis
要素SAVED domain-containing protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / DNA nuclease SAVED Sensor Effector
機能・相同性HNH endonuclease / SMODS-associated and fused to various effectors / SMODS-associated and fused to various effectors sensor domain / HNH nuclease / metal ion binding / SMODS-associated and fused to various effectors domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Lactococcus lactis subsp. cremoris IBB477 (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Huang, R.H. / Fatma, S. / Chakravarti, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Molecular mechanisms of the CdnG-Cap5 antiphage defense system employing 3',2'-cGAMP as the second messenger.
著者: Fatma, S. / Chakravarti, A. / Zeng, X. / Huang, R.H.
履歴
登録2021年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年11月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAVED domain-containing protein
B: SAVED domain-containing protein
C: SAVED domain-containing protein
D: SAVED domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,6888
ポリマ－178,4264
非ポリマー2624
水00
1
A: SAVED domain-containing protein
B: SAVED domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3444
ポリマ－89,2132
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area33310 Å2
手法PISA
2
C: SAVED domain-containing protein
D: SAVED domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3444
ポリマ－89,2132
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area33410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.772, 180.772, 93.457
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 16 through 47 or resid 49...
21(chain B and (resid 16 through 47 or resid 49...
31(chain C and (resid 16 through 47 or resid 49...
41(chain D and (resid 16 through 47 or resid 49...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 16 through 47 or resid 49...A16 - 47
121(chain A and (resid 16 through 47 or resid 49...A49
131(chain A and (resid 16 through 47 or resid 49...A51 - 60
141(chain A and (resid 16 through 47 or resid 49...A71 - 74
151(chain A and (resid 16 through 47 or resid 49...A76 - 108
161(chain A and (resid 16 through 47 or resid 49...A110 - 383
211(chain B and (resid 16 through 47 or resid 49...B16 - 47
221(chain B and (resid 16 through 47 or resid 49...B49
231(chain B and (resid 16 through 47 or resid 49...B51 - 60
241(chain B and (resid 16 through 47 or resid 49...B71 - 74
251(chain B and (resid 16 through 47 or resid 49...B76
261(chain B and (resid 16 through 47 or resid 49...B226 - 383
311(chain C and (resid 16 through 47 or resid 49...C16 - 47
321(chain C and (resid 16 through 47 or resid 49...C49
331(chain C and (resid 16 through 47 or resid 49...C51 - 60
341(chain C and (resid 16 through 47 or resid 49...C0
351(chain C and (resid 16 through 47 or resid 49...C8
361(chain C and (resid 16 through 47 or resid 49...C226 - 283
371(chain C and (resid 16 through 47 or resid 49...C16 - 383
381(chain C and (resid 16 through 47 or resid 49...C291 - 383
411(chain D and (resid 16 through 47 or resid 49...D16 - 47
421(chain D and (resid 16 through 47 or resid 49...D49
431(chain D and (resid 16 through 47 or resid 49...D51 - 60
441(chain D and (resid 16 through 47 or resid 49...D71 - 74
451(chain D and (resid 16 through 47 or resid 49...D76
461(chain D and (resid 16 through 47 or resid 49...D226 - 283
471(chain D and (resid 16 through 47 or resid 49...D291 - 383

-
要素

#1: タンパク質
SAVED domain-containing protein


分子量: 44606.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. cremoris IBB477 (乳酸菌)
遺伝子: AJ89_14580 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1E7G0A2
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 12-15% PEG6000, 100 mM sodium citrate, pH 5.5, 100 mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 41618 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / Num. unique obs: 4116 / CC1/2: 0.85

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7RWK

7rwk


解像度: 3.4→45.19 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2955 1993 4.79 %
Rwork0.2488 39625 -
obs0.251 41618 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 196.87 Å2 / Biso mean: 87.3465 Å2 / Biso min: 41.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→45.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11427 0 4 0 11431
Biso mean--83.43 --
残基数----1413
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4084X-RAY DIFFRACTION6.962TORSIONAL
12B4084X-RAY DIFFRACTION6.962TORSIONAL
13C4084X-RAY DIFFRACTION6.962TORSIONAL
14D4084X-RAY DIFFRACTION6.962TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4-3.490.37141440.272228132957100
3.49-3.580.35391410.267628292970100
3.58-3.680.3051420.259827892931100
3.68-3.80.30251450.24128022947100
3.8-3.940.31241410.242528472988100
3.94-4.10.27711400.220627952935100
4.1-4.280.24521390.235228422981100
4.28-4.510.30281440.209328532997100
4.51-4.790.24721410.221328052946100
4.79-5.160.25461450.220428402985100
5.16-5.680.28021430.259528603003100
5.68-6.50.32821380.276128452983100
6.5-8.180.31441480.278128733021100
8.18-45.190.30991420.26862832297496
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.6083 Å / Origin y: -55.7309 Å / Origin z: 15.639 Å
111213212223313233
T0.6382 Å20.0698 Å2-0.049 Å2-0.6517 Å20.0084 Å2--0.6058 Å2
L0.2347 °2-0.3253 °2-0.1084 °2-0.3187 °20.0283 °2---0.1504 °2
S0.0861 Å °0.148 Å °-0.0446 Å °-0.1472 Å °-0.1359 Å °0.1258 Å °-0.0011 Å °0.0024 Å °0.0548 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA16 - 383
2X-RAY DIFFRACTION1allB16 - 383
3X-RAY DIFFRACTION1allC16 - 383
4X-RAY DIFFRACTION1allD16 - 383
5X-RAY DIFFRACTION1allM1 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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