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万見
- PDB-7rvb: High resolution map of molecular chaperone Artemin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rvb
タイトルHigh resolution map of molecular chaperone Artemin
要素Ferritin
キーワードCHAPERONE / Molecular chaperone Artemin is a homolog of apoferritin
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Artemia franciscana (甲殻類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Parvate, A.D. / Powell, S.M. / Brookreason, J.T. / Novikova, I.V. / Evans, J.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)74914 米国
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the diapause chaperone artemin.
著者: Amar D Parvate / Samantha M Powell / Jory T Brookreson / Trevor H Moser / Irina V Novikova / Mowei Zhou / James E Evans /
要旨: The protein artemin acts as both an RNA and protein chaperone and constitutes over 10% of all protein in cysts during diapause. However, its mechanistic details remain elusive since no high- ...The protein artemin acts as both an RNA and protein chaperone and constitutes over 10% of all protein in cysts during diapause. However, its mechanistic details remain elusive since no high-resolution structure of artemin exists. Here we report the full-length structure of artemin at 2.04 Å resolution. The cryo-EM map contains density for an intramolecular disulfide bond between Cys22-Cys61 and resolves the entire C-terminus extending into the core of the assembled protein cage but in a different configuration than previously hypothesized with molecular modeling. We also provide data supporting the role of C-terminal helix F towards stabilizing the dimer form that is believed to be important for its chaperoning activity. We were able to destabilize this effect by placing a tag at the C-terminus to fully pack the internal cavity and cause limited steric hindrance.
履歴
登録2021年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin
B: Ferritin
C: Ferritin
D: Ferritin
E: Ferritin
F: Ferritin
G: Ferritin
H: Ferritin
I: Ferritin
J: Ferritin
K: Ferritin
L: Ferritin
M: Ferritin
N: Ferritin
O: Ferritin
P: Ferritin
Q: Ferritin
R: Ferritin
S: Ferritin
T: Ferritin
V: Ferritin
W: Ferritin
X: Ferritin
Y: Ferritin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)627,47824
ポリマ－627,47824
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Ferritin


分子量: 26144.912 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Artemia franciscana (甲殻類) / 遺伝子: Artn / 発現宿主: Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q8WQM8, ferroxidase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 24mer Artemin complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 624 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Artemia franciscana (甲殻類)
由来(組換発現)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2595
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2EPU画像取得
7PHENIXモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 167408
対称性点対称性: O (正8面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 167408 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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