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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rv9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the BCL6 BTB domain in complex with OICR-10269 | ||||||
要素 | Isoform 2 of B-cell lymphoma 6 protein | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / immunity / inflammatory response / transcription repressor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation ...regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation / plasma cell differentiation / paraspeckles / germinal center formation / regulation of immune system process / pyramidal neuron differentiation / type 2 immune response / T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cell motility / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of T cell proliferation / negative regulation of Notch signaling pathway / regulation of cell differentiation / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / B cell proliferation / negative regulation of cellular senescence / Rho protein signal transduction / regulation of immune response / erythrocyte development / positive regulation of B cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of neuron differentiation / cell-matrix adhesion / transcription corepressor binding / cell motility / cell morphogenesis / heterochromatin formation / negative regulation of cell growth / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / protein localization / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton organization / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / nucleolus / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Kuntz, D.A. / Prive, G.G. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of the BCL6 BTB domain 著者: Watson, I. / Isaac, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rv9.cif.gz | 117.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rv9.ent.gz | 91.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rv9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rv9_validation.pdf.gz | 703 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7rv9_full_validation.pdf.gz | 706.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7rv9_validation.xml.gz | 8.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rv9_validation.cif.gz | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/7rv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/7rv9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14559.823 Da / 分子数: 1 / 変異: C8Q,C67R,C84N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL6, BCL5, LAZ3, ZBTB27, ZNF51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P41182 |
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#2: 化合物 | ChemComp-7SZ / |
#3: 化合物 | ChemComp-DMS / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.61 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6 詳細: Microseeding with10% PEG6K with 0.1M MES pH 4.6, 100 mM AmSO4, 10% glycerol, 10% DMSO in Reservoir. Shifted to pH 7.4, 20% glycerol for freezing |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→52.94 Å / Num. obs: 18489 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.505 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.648 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 193 / CC1/2: 0.726 / Rpim(I) all: 0.525 / Rrim(I) all: 0.6 / % possible all: 96.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1R29 解像度: 1.5→30.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 2.995 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.89 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30.01 Å
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拘束条件 |
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