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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ru2 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2-6P-Mut7 S protein (asymmetric) | |||||||||
要素 | Spike glycoprotein | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / COVID / SARS-CoV-2 / stabilizing mutations | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Ozorowski, G. / Turner, H.L. / Ward, A.B. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: iScience / 年: 2022 タイトル: Engineering SARS-CoV-2 neutralizing antibodies for increased potency and reduced viral escape pathways. 著者: Fangzhu Zhao / Celina Keating / Gabriel Ozorowski / Namir Shaabani / Irene M Francino-Urdaniz / Shawn Barman / Oliver Limbo / Alison Burns / Panpan Zhou / Michael J Ricciardi / Jordan Woehl / ...著者: Fangzhu Zhao / Celina Keating / Gabriel Ozorowski / Namir Shaabani / Irene M Francino-Urdaniz / Shawn Barman / Oliver Limbo / Alison Burns / Panpan Zhou / Michael J Ricciardi / Jordan Woehl / Quoc Tran / Hannah L Turner / Linghang Peng / Deli Huang / David Nemazee / Raiees Andrabi / Devin Sok / John R Teijaro / Timothy A Whitehead / Andrew B Ward / Dennis R Burton / Joseph G Jardine / 要旨: The rapid spread of SARS-CoV-2 variants poses a constant threat of escape from monoclonal antibody and vaccine countermeasures. Mutations in the ACE2 receptor binding site on the surface S protein ...The rapid spread of SARS-CoV-2 variants poses a constant threat of escape from monoclonal antibody and vaccine countermeasures. Mutations in the ACE2 receptor binding site on the surface S protein have been shown to disrupt antibody binding and prevent viral neutralization. Here, we used a directed evolution-based approach to engineer three neutralizing antibodies for enhanced binding to S protein. The engineered antibodies showed increased functional activity in terms of neutralization potency and/or breadth of neutralization against viral variants. Deep mutational scanning revealed that higher binding affinity reduces the total number of viral escape mutations. Studies in the Syrian hamster model showed two examples where the affinity-matured antibody provided superior protection compared to the parental antibody. These data suggest that monoclonal antibodies for antiviral indications would benefit from affinity maturation to reduce viral escape pathways and appropriate affinity maturation in vaccine immunization could help resist viral variation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ru2.cif.gz | 597 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ru2.ent.gz | 487.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ru2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ru2_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ru2_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ru2_validation.xml.gz | 102.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ru2_validation.cif.gz | 157.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/7ru2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/7ru2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 24694MC 7ru1C 7ru3C 7ru4C 7ru5C 7ru8C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 141328.359 Da / 分子数: 3 変異: R682G, R683S, R685S, V705C, F817P, T883C, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SARS-CoV-2 S protein with 6P-Mut7 stabilizing mutations タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: Detergent added shortly before freezing | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.65 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 3 s blot time |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 29000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 9.75 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 3465 |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 39 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55575 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6VXX Accession code: 6VXX / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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