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万見
- PDB-7rts: Crystal structure of the TIR domain from the grapevine disease re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rts
タイトルCrystal structure of the TIR domain from the grapevine disease resistance protein RUN1 without the AE interface
要素Disease resistance protein RUN1
キーワードSIGNALING PROTEIN / NAD+ Hydrolase / Signalling Protein / TIR domain / NAD+ nucleosidase activity
機能・相同性
機能・相同性情報


NADP+ nucleosidase activity / NAD catabolic process / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / positive regulation of programmed cell death / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / defense response to fungus / ADP binding / signal transduction ...NADP+ nucleosidase activity / NAD catabolic process / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / positive regulation of programmed cell death / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / defense response to fungus / ADP binding / signal transduction / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
C-JID domain / C-JID domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance ...C-JID domain / C-JID domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Disease resistance protein RUN1
類似検索 - 構成要素
生物種Vitis rotundifolia (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Burdett, H. / Kobe, B.
資金援助2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP160102244
Australian Research Council (ARC)DP190102526
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Self-association configures the NAD + -binding site of plant NLR TIR domains
著者: Burdett, H. / Hu, X. / Rank, M.X. / Maruta, N. / Kobe, B.
履歴
登録2021年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Disease resistance protein RUN1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0985
ポリマ－20,7131
非ポリマー3844
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.370, 50.370, 120.313
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Disease resistance protein RUN1 / NAD(+) hydrolase RUN1 / NADP(+) hydrolase RUN1 / Resistance to Uncinula necator protein / MrRUN1


分子量: 20713.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vitis rotundifolia (植物) / 遺伝子: RUN1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: V9M398, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 1.8 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.739→46.46 Å / Num. obs: 16661 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 25.8 % / Biso Wilson estimate: 25.66 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04796 / Rrim(I) all: 0.04894 / Net I/σ(I): 41.33
反射 シェル解像度: 1.739→1.801 Å / Rmerge(I) obs: 0.4933 / Mean I/σ(I) obs: 6.04 / Num. unique obs: 1600 / CC1/2: 0.978 / CC star: 0.994 / Rrim(I) all: 0.5029

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6o0w

6o0w


解像度: 1.74→46.46 Å / SU ML: 0.2524 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.6267
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 853 5.12 %
Rwork0.1975 15792 -
obs0.1991 16645 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→46.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1333 0 20 54 1407
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00641396
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74481885
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0515195
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087242
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.3989185
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.74-1.850.36031490.26592536X-RAY DIFFRACTION99.48
1.85-1.990.26861390.20522563X-RAY DIFFRACTION99.78
1.99-2.190.25921400.19572595X-RAY DIFFRACTION99.78
2.19-2.510.23811520.19592601X-RAY DIFFRACTION99.96
2.51-3.160.2141260.21072677X-RAY DIFFRACTION100
3.16-46.460.2051470.18472820X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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