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万見
- PDB-7rss: Kod-RI incorporating DNA, n+2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rss
タイトルKod-RI incorporating DNA, n+2
要素
  • DNA polymerase
  • Primer
  • Template
キーワードTRANSFERASE/DNA / Polymerase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain ...DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B signature. / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Hajjar, M. / Chim, N. / Chaput, J.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Crystallographic analysis of engineered polymerases synthesizing phosphonomethylthreosyl nucleic acid.
著者: Hajjar, M. / Chim, N. / Liu, C. / Herdewijn, P. / Chaput, J.C.
履歴
登録2021年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
T: Template
P: Primer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,0143
ポリマ－99,0143
非ポリマー00
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4900 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area37080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.259, 112.000, 149.197
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase / Kod-RI


分子量: 90130.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VWU9, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖 Template


分子量: 4898.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 Primer


分子量: 3985.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium acetate, sodium citrate, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→57.03 Å / Num. obs: 30746 / % possible obs: 99.36 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 47.1 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02637 / Rpim(I) all: 0.02637 / Rrim(I) all: 0.03729 / Net I/σ(I): 13.14
反射 シェル解像度: 2.71→2.807 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.1368 / Num. unique obs: 3037 / CC1/2: 0.949 / CC star: 0.987 / Rpim(I) all: 0.1368 / Rrim(I) all: 0.1934 / Net I/σ(I) obs: 4.74 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VU9

5vu9


解像度: 2.71→62.087 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2247 2000 6.51 %
Rwork0.1594 28732 -
obs0.1636 30732 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 166.09 Å2 / Biso mean: 52.3407 Å2 / Biso min: 19.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.71→62.087 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6214 573 0 85 6872
Biso mean---42.42 -
残基数----784
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9389571
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.6315734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531028
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061128
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.71-2.77780.2491410.18492033100
2.7778-2.85290.26891400.18692011100
2.8529-2.93680.28821400.18452018100
2.9368-3.03160.26781430.1926203799
3.0316-3.140.26611400.19182022100
3.14-3.26570.25221420.17492030100
3.2657-3.41430.24211400.1793202599
3.4143-3.59430.25881420.16972032100
3.5943-3.81950.23641430.16382053100
3.8195-4.11430.22011430.1472058100
4.1143-4.52820.18111420.1323204999
4.5282-5.18320.18571430.126205398
5.1832-6.52910.19781470.16172122100
6.5291-62.0870.21271540.1565218998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.125-1.2556-0.70242.23480.20290.92680.04690.0885-0.17410.0376-0.01050.46530.0264-0.1183-0.02460.2323-0.05430.01150.22270.02550.336272.901126.4452184.913
22.1407-0.5997-0.67465.46050.36752.9780.15910.3353-0.114-0.3937-0.01930.0772-0.0559-0.0574-0.1720.20820.0134-0.07890.3231-0.01320.217989.0164122.1303173.2898
30.47540.4149-0.07591.7296-0.30990.71950.06220.06590.1018-0.05480.0160.0962-0.14920.0398-0.07470.26170.00580.05830.2675-0.03120.262582.8404152.9248175.4492
41.33620.5424-0.30183.88090.64732.0945-0.22960.1345-0.327-0.54950.2125-0.47270.2560.27510.01020.50180.06720.0850.4226-0.02730.356898.2837143.954153.58
51.1907-0.6923-0.66651.88482.00666.80190.01890.3439-0.1863-0.48330.1830.77190.5768-0.219-0.24290.74440.0278-0.08760.47150.03670.413881.1643145.0346149.2596
63.4861-0.9761-1.63390.877-1.26865.81680.07431.0222-0.3598-1.19290.52970.4016-0.9151-0.4153-0.4921.07440.0086-0.06870.6734-0.04310.422283.5047145.1699146.3692
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 225 )A1 - 225
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 226 through 304 )A226 - 304
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 305 through 552 )A305 - 552
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 553 through 756 )A553 - 756
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'T' and (resid 2 through 16 )T2 - 16
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'P' and (resid 1 through 13 )P1 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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