+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rsr | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Kod-RI incorporating PMT, n+2 | |||||||||
Components |
| |||||||||
Keywords | TRANSFERASE/DNA / Polymerase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Thermococcus kodakarensis (archaea) synthetic construct (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.98 Å | |||||||||
Authors | Hajjar, M. / Chim, N. / Chaput, J.C. | |||||||||
Funding support | United States, 1items
| |||||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2022 Title: Crystallographic analysis of engineered polymerases synthesizing phosphonomethylthreosyl nucleic acid. Authors: Hajjar, M. / Chim, N. / Liu, C. / Herdewijn, P. / Chaput, J.C. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7rsr.cif.gz | 365 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7rsr.ent.gz | 292.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7rsr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7rsr_validation.pdf.gz | 443.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7rsr_full_validation.pdf.gz | 450.4 KB | Display | |
Data in XML | 7rsr_validation.xml.gz | 30.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7rsr_validation.cif.gz | 42.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/7rsr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/7rsr | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7rssC 7tqwC 5vu9S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 90130.617 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermococcus kodakarensis (archaea) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: D0VWU9, DNA-directed DNA polymerase |
---|---|
#2: DNA chain | Mass: 4898.191 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#3: DNA chain | Mass: 3985.613 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.49 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: Sodium acetate, sodium citrate, PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 21, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.98→45.107 Å / Num. obs: 77125 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 36.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07356 / Rpim(I) all: 0.02978 / Rrim(I) all: 0.07946 / Net I/σ(I): 17.86 |
Reflection shell | Resolution: 1.98→2.051 Å / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.204 / Num. unique obs: 7617 / CC1/2: 0.741 / CC star: 0.923 / Rpim(I) all: 0.4792 / Rrim(I) all: 1.298 / % possible all: 99.97 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5VU9 Resolution: 1.98→42.556 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.56 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 161.97 Å2 / Biso mean: 52.8368 Å2 / Biso min: 21.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.98→42.556 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|