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万見
- PDB-7rs5: Cryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to Taxol-Stabilized Micr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rs5
タイトルCryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to Taxol-Stabilized Microtubules
要素
  • Tubulin alpha-1A chain
  • Tubulin beta chain
  • yeast kinesin-8/ Kip3
キーワードMOTOR PROTEIN / kinesin-8 / microtubules / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


motile cilium / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / mitotic cell cycle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding ...motile cilium / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / mitotic cell cycle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain ...Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / TAXOL / Tubulin alpha-1A chain / Tubulin beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Hernandez-Lopez, R.A. / Leschziner, A.E. / Arellano-Santoyo, H. / Pellman, D. / Stokasimov, E. / Wang, R.Y.-R.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Multimodal tubulin binding by the yeast kinesin-8, Kip3, underlies its motility and depolymerization
著者: Arellano-Santoyo, H. / Hernandez-Lopez, R.A. / Stokasimov, E. / Wang, R.Y.R. / Pellman, D. / Leschziner, A.E.
履歴
登録2021年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年6月5日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1A chain
B: Tubulin beta chain
K: yeast kinesin-8/ Kip3
C: Tubulin alpha-1A chain
D: Tubulin beta chain
a: yeast kinesin-8/ Kip3
E: Tubulin alpha-1A chain
F: Tubulin beta chain
b: yeast kinesin-8/ Kip3
G: Tubulin alpha-1A chain
H: Tubulin beta chain
c: yeast kinesin-8/ Kip3
I: Tubulin alpha-1A chain
J: Tubulin beta chain
d: yeast kinesin-8/ Kip3
L: Tubulin alpha-1A chain
M: Tubulin beta chain
e: yeast kinesin-8/ Kip3
N: Tubulin alpha-1A chain
O: Tubulin beta chain
f: yeast kinesin-8/ Kip3
P: Tubulin alpha-1A chain
Q: Tubulin beta chain
g: yeast kinesin-8/ Kip3
R: Tubulin alpha-1A chain
S: Tubulin beta chain
h: yeast kinesin-8/ Kip3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,280,61481
ポリマ－1,259,23827
非ポリマー21,37654
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 27分子 ACEGILNPRBDFHJMOQSKabcdefgh

#1: タンパク質
Tubulin alpha-1A chain / Alpha-tubulin 1 / Tubulin alpha-1 chain


分子量: 50107.238 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P02550
#2: タンパク質
Tubulin beta chain / Beta-tubulin


分子量: 49907.770 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P02554
#3: タンパク質
yeast kinesin-8/ Kip3


分子量: 39900.332 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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非ポリマー , 5種, 54分子

#4: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物
ChemComp-TA1 / TAXOL / パクリタキセル


分子量: 853.906 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H51NO14 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#8: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Cryo-EM structure of Kip3 (AMPPNP) bound to Taxol-Stabilized MicrotubulesCOMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
2Taxol-stabilized microtubulesCOMPLEX#1-#21NATURAL
3yeast kinesin-8/ Kip3COMPLEX#31RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Sus scrofa (ブタ)9823
23Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 8
詳細: cryoEM buffer (50 mM Tris-HCl, pH 8.0, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 1 mM DTT supplemented with 2mM AMPPNP)
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Highly purified, glycerol-free tubulin (Cytoskeleton, Inc.) was resuspended in BRB80 buffer (80 mM PIPES-KOH, pH 6.8, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 1 mM DTT) to a concentration of 10 mg/mL. To ...詳細: Highly purified, glycerol-free tubulin (Cytoskeleton, Inc.) was resuspended in BRB80 buffer (80 mM PIPES-KOH, pH 6.8, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 1 mM DTT) to a concentration of 10 mg/mL. To prepare Taxol-stabilized microtubules, tubulin was polymerized with a stepwise addition of Taxol as follows: 20 uL of tubulin stock was thawed quickly and placed on ice. 10 uL of BRB80 supplemented with 3 mM GTP were added and the mixture was transferred to a 37 C water bath. After 15, 30, and 45 minutes, additions of 0.5, 0.5, and 1.0 uL of 2 mM Taxol were added by gentle swirling. The mixture was then incubated for an additional 1 h at 37C. Purified Kip3 438 protein was buffer exchanged to cryoEM buffer (50 mM Tris-HCl, pH 8.0, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 1 mM DTT supplemented with 2 mM AMPPNP) and desalted using a ZEBA spin desalting column. The protein was recovered by centrifugation at 15,000 rcf for 2 min. A final spin at 30,000 x g in a TLA 100 rotor (Beckman) for 10 min at 4 C was carried out to remove big aggregates.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 22 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
詳細: Images were recorded using a semi-automated acquisition program Serial EM with a defocus range from 1.5 to 3.5 um.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1194
詳細: Final accumulated electron doses were 40 electrons/A2. Images were collected in super-resolution mode. The total exposure time was 4 seconds, fractionated into 20 subframes, each with an exposure time of 0.2 s.

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Appion粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
7Rosettaモデルフィッティング
9Rosettaモデル精密化
10EMAN2初期オイラー角割当
11FREALIGN最終オイラー角割当
13FREALIGN３次元再構成
CTF補正詳細: The contrast transfer function (CTF) was estimated using CTFFIND4 [(Rohou and Grigorieff, 2015) CTFFIND4: Fast and accurate] with a 500 um step search. A second CTFFIND run with a 100 um step ...詳細: The contrast transfer function (CTF) was estimated using CTFFIND4 [(Rohou and Grigorieff, 2015) CTFFIND4: Fast and accurate] with a 500 um step search. A second CTFFIND run with a 100 um step search was carried out to refine the initial defocus values. Micrographs whose estimated resolution was lower than 8 Angstrom with 0.8 confidence were excluded.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -25.76 ° / 軸方向距離/サブユニット: 8.55 Å / らせん対称軸の対称性: C14
粒子像の選択選択した粒子像数: 67040
詳細: Inspection, defocus estimation, microtubule picking, and stack creation were performed within the Appion processing environment (Lander et al., 2009). Images were selected for processing on ...詳細: Inspection, defocus estimation, microtubule picking, and stack creation were performed within the Appion processing environment (Lander et al., 2009). Images were selected for processing on the basis of high decoration, straight MTs, and the absence of crystalline ice.
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14934
詳細: Pseudo-helical symmetry was applied during the reconstruction step
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 100 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL
Target criteria: Overall correlation of the residues to the map
詳細: Multiple rounds of refinement were carried out against one half map (training map), and the other half map (validation map) was used to monitor overfitting based on the procedure described in ...詳細: Multiple rounds of refinement were carried out against one half map (training map), and the other half map (validation map) was used to monitor overfitting based on the procedure described in Wang et al. elife, 2016. It is to note that the molecular interactions of ligand-protein were restrained to the initial poses adapted from the high-resolution structures during structure refinement.
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
13JAT

3jat

A3JAT1
23JAT

3jat

B3JAT1
34FRZ

4frz

K4FRZ2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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