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万見
- PDB-7rrl: Alternate Crystal Form of Human Malate Dehydrogenase I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rrl
タイトルAlternate Crystal Form of Human Malate Dehydrogenase I
要素Malate dehydrogenase, cytoplasmicリンゴ酸デヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


diiodophenylpyruvate reductase activity / ジヨードフェニルピルビン酸デヒドロゲナーゼ / malic enzyme activity / リンゴ酸デヒドロゲナーゼ / L-malate dehydrogenase activity / malate metabolic process / oxaloacetate metabolic process / NADP metabolic process / 糖新生 / NADH metabolic process ...diiodophenylpyruvate reductase activity / ジヨードフェニルピルビン酸デヒドロゲナーゼ / malic enzyme activity / リンゴ酸デヒドロゲナーゼ / L-malate dehydrogenase activity / malate metabolic process / oxaloacetate metabolic process / NADP metabolic process / 糖新生 / NADH metabolic process / クエン酸回路 / 中心体 / extracellular space / extracellular exosome / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Malate dehydrogenase, NAD-dependent, cytosolic / Malate dehydrogenase, type 2 / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Malate dehydrogenase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者McCue, W. / Finzel, B.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Ph.D.Thesis,University of Minnesota / 年: 2021
タイトル: Structural Studies to Enable Drug Discovery
著者: McCue, W.
履歴
登録2021年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malate dehydrogenase, cytoplasmic
B: Malate dehydrogenase, cytoplasmic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9422
ポリマ－72,9422
非ポリマー00
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area24960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.875, 62.593, 74.322
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.219, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Malate dehydrogenase, cytoplasmic / リンゴ酸デヒドロゲナーゼ / Cytosolic malate dehydrogenase / Diiodophenylpyruvate reductase


分子量: 36471.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDH1, MDHA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P40925, リンゴ酸デヒドロゲナーゼ, ジヨードフェニルピルビン酸デヒドロゲナーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 28% PEG 4000, 100 mM NaMalonate pH 7.2, and 0.15 mM ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→74.31 Å / Num. obs: 39122 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 135782 / Scaling rejects: 61
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.601 / Num. unique obs: 5707 / CC1/2: 0.724 / Rpim(I) all: 0.359 / Rrim(I) all: 0.702 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
JDirectorデータ収集
PHASER位相決定
AutoProcessdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MDH

5mdh


解像度: 2.05→46.01 Å / SU ML: 0.2794 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.421
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2367 1979 5.06 %
Rwork0.1864 37113 -
obs0.1887 39092 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→46.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4878 0 0 180 5058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00724961
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84866734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532801
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063859
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.4482684
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.10.30931540.25752643X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.160.26891510.22672633X-RAY DIFFRACTION99.93
2.16-2.220.26511580.21552612X-RAY DIFFRACTION99.86
2.22-2.290.2681850.20882592X-RAY DIFFRACTION99.53
2.29-2.380.3071560.20372619X-RAY DIFFRACTION99.28
2.38-2.470.29491370.21042630X-RAY DIFFRACTION99.64
2.47-2.580.29871220.22032666X-RAY DIFFRACTION99.71
2.58-2.720.28011330.22042676X-RAY DIFFRACTION99.61
2.72-2.890.24311540.21462630X-RAY DIFFRACTION99.57
2.89-3.110.30241270.22112687X-RAY DIFFRACTION99.86
3.11-3.430.26791320.20042652X-RAY DIFFRACTION99.57
3.43-3.920.19091250.17362692X-RAY DIFFRACTION99.19
3.92-4.940.18551250.14072623X-RAY DIFFRACTION97.65
4.94-46.010.16011200.1462758X-RAY DIFFRACTION99.04

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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