+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rpd | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-ray crystal structure of OXA-24/40 V130D in complex with ertapenem | |||||||||
![]() | Beta-lactamase | |||||||||
![]() | HYDROLASE/Inhibitor / acyl-enzyme complex / carbapenemase / HYDROLASE / HYDROLASE-Inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Powers, R.A. / Mitchell, J.M. / June, C.M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Conformational flexibility in carbapenem hydrolysis drives substrate specificity of the class D carbapenemase OXA-24/40. 著者: Mitchell, J.M. / June, C.M. / Baggett, V.L. / Lowe, B.C. / Ruble, J.F. / Bonomo, R.A. / Leonard, D.A. / Powers, R.A. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 47.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 812.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 814.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7rp8C ![]() 7rp9C ![]() 7rpaC ![]() 7rpbC ![]() 7rpcC ![]() 7rpeC ![]() 7rpfC ![]() 7rpgC ![]() 3paeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27690.809 Da / 分子数: 1 / 変異: V130D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: blaOXA-33, bla-OXA-40, blaOXA-24, blaOXA-40, oxa-24, oxa40, SI89_16690 プラスミド: pET24a / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-1RG / ( | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.97 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS HCL, 2.0 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1272 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.948→102.696 Å / Num. obs: 33705 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 247955 |
反射 シェル | 解像度: 1.948→1.955 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.909 / Num. unique obs: 339 / CC1/2: 0.817 / Rpim(I) all: 0.359 / Rrim(I) all: 0.979 / % possible all: 98.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3PAE 解像度: 1.95→72.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.146 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 113.32 Å2 / Biso mean: 43.455 Å2 / Biso min: 25.05 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→72.62 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→1.999 Å / Rfactor Rfree error: 0
|