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万見
- PDB-7roz: Structure of RNA-dependent RNA polymerase 2 (RDR2) from Arabidops... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7roz
タイトルStructure of RNA-dependent RNA polymerase 2 (RDR2) from Arabidopsis thaliana
要素RNA-dependent RNA polymerase 2
キーワードTRANSCRIPTION / siRNA / epigenetics / plants / RNA polymerase / gene silencing
機能・相同性
機能・相同性情報


siRNA-mediated long-distance post-transcriptional gene silencing / siRNA transcription / DNA/RNA hybrid binding / siRNA processing / defense response to fungus / single-stranded RNA binding / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleolus / nucleoplasm ...siRNA-mediated long-distance post-transcriptional gene silencing / siRNA transcription / DNA/RNA hybrid binding / siRNA processing / defense response to fungus / single-stranded RNA binding / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, eukaryotic-type / RNA dependent RNA polymerase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-dependent RNA polymerase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Fukudome, A. / Pikaard, C.S. / Takagi, Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM111695 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM077590 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Structure and RNA template requirements of RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE 2.
著者: Akihito Fukudome / Jasleen Singh / Vibhor Mishra / Eswar Reddem / Francisco Martinez-Marquez / Sabine Wenzel / Rui Yan / Momoko Shiozaki / Zhiheng Yu / Joseph Che-Yen Wang / Yuichiro Takagi / Craig S Pikaard /
要旨: RNA-dependent RNA polymerases play essential roles in RNA-mediated gene silencing in eukaryotes. In , RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE 2 (RDR2) physically interacts with DNA-dependent NUCLEAR RNA ...RNA-dependent RNA polymerases play essential roles in RNA-mediated gene silencing in eukaryotes. In , RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE 2 (RDR2) physically interacts with DNA-dependent NUCLEAR RNA POLYMERASE IV (Pol IV) and their activities are tightly coupled, with Pol IV transcriptional arrest, induced by the nontemplate DNA strand, somehow enabling RDR2 to engage Pol IV transcripts and generate double-stranded RNAs. The double-stranded RNAs are then released from the Pol IV-RDR2 complex and diced into short-interfering RNAs that guide RNA-directed DNA methylation and silencing. Here we report the structure of full-length RDR2, at an overall resolution of 3.1 Å, determined by cryoelectron microscopy. The N-terminal region contains an RNA-recognition motif adjacent to a positively charged channel that leads to a catalytic center with striking structural homology to the catalytic centers of multisubunit DNA-dependent RNA polymerases. We show that RDR2 initiates 1 to 2 nt internal to the 3' ends of its templates and can transcribe the RNA of an RNA/DNA hybrid, provided that 9 or more nucleotides are unpaired at the RNA's 3' end. Using a nucleic acid configuration that mimics the arrangement of RNA and DNA strands upon Pol IV transcriptional arrest, we show that displacement of the RNA 3' end occurs as the DNA template and nontemplate strands reanneal, enabling RDR2 transcription. These results suggest a model in which Pol IV arrest and backtracking displaces the RNA 3' end as the DNA strands reanneal, allowing RDR2 to engage the RNA and synthesize the complementary strand.
履歴
登録2021年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24610
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-dependent RNA polymerase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,6442
ポリマ－133,6201
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 RNA-dependent RNA polymerase 2 / AtRDRP2 / Protein SILENCING MOVEMENT DEFICIENT 1 / RNA-directed RNA polymerase 2


分子量: 133619.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: RDR2, RDRP2, SMD1, At4g11130, F2P3.11
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: O82504, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RNA-dependent RNA polymerase 2 (RDR2) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.129 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
緩衝液pH: 7.6
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample was mono disperse.
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 59242 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影

Imaging-ID: 1 / 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1

ID実像数詳細
16417Non-tilted dataset
2454530 degree titled dataset

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7Buccaneerモデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 118561 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 73.71 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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