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万見
- PDB-7ror: Plasmodium falciparum tyrosyl-tRNA synthetase in complex with tyr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ror
タイトルPlasmodium falciparum tyrosyl-tRNA synthetase in complex with tyrosine-AMP
要素Tyrosine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / enzyme / tyrosyl-tRNA synthetase / malaria / inhibitor / tyrosine-AMP
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / host cell cytosol / host cell surface receptor binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / : / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-69X / MALONATE ION / tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Metcalfe, R.D. / Xie, S.C. / Morton, C.J. / Tilley, L. / Griffin, M.D.W.
資金援助 日本, オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Global Health Innovative Technology FundGHIT-RFP-HTLP-H2019-104 日本
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1171794 オーストラリア
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Reaction hijacking of tyrosine tRNA synthetase as a new whole-of-life-cycle antimalarial strategy.
著者: Xie, S.C. / Metcalfe, R.D. / Dunn, E. / Morton, C.J. / Huang, S.C. / Puhalovich, T. / Du, Y. / Wittlin, S. / Nie, S. / Luth, M.R. / Ma, L. / Kim, M.S. / Pasaje, C.F.A. / Kumpornsin, K. / ...著者: Xie, S.C. / Metcalfe, R.D. / Dunn, E. / Morton, C.J. / Huang, S.C. / Puhalovich, T. / Du, Y. / Wittlin, S. / Nie, S. / Luth, M.R. / Ma, L. / Kim, M.S. / Pasaje, C.F.A. / Kumpornsin, K. / Giannangelo, C. / Houghton, F.J. / Churchyard, A. / Famodimu, M.T. / Barry, D.C. / Gillett, D.L. / Dey, S. / Kosasih, C.C. / Newman, W. / Niles, J.C. / Lee, M.C.S. / Baum, J. / Ottilie, S. / Winzeler, E.A. / Creek, D.J. / Williamson, N. / Parker, M.W. / Brand, S. / Langston, S.P. / Dick, L.R. / Griffin, M.D.W. / Gould, A.E. / Tilley, L.
履歴
登録2021年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine--tRNA ligase
B: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,68012
ポリマ－87,1432
非ポリマー1,53710
水5,963331
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area31200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.612, 46.597, 141.402
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.806, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-361-

ASN

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tyrosine--tRNA ligase


分子量: 43571.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0807900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IAR7, tyrosine-tRNA ligase

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非ポリマー , 5種, 341分子

#2: 化合物 ChemComp-69X / 5'-O-[(S)-{[(2S)-2-amino-3-(4-hydroxyphenyl)propanoyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]adenosine / Tyr-AMP


分子量: 510.394 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N6O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.25 M sodium malonate, pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.65 Å / Num. obs: 83538 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 36.75 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.069 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4539 / R split: 0.492 / Rpim(I) all: 0.862 / Rrim(I) all: 2.298 / Rsym value: 1.953

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VGJ

3vgj


解像度: 1.8→47.65 Å / SU ML: 0.255 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 26.88
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2178 4085 4.89 %
Rwork0.1776 79389 -
obs0.1795 83474 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5851 0 102 331 6284
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01356108
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25498223
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691881
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00971051
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.13222349
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.820.37161230.30132742X-RAY DIFFRACTION99.97
1.82-1.840.3341410.30432690X-RAY DIFFRACTION99.86
1.84-1.870.32831320.29812791X-RAY DIFFRACTION99.8
1.87-1.890.3281260.2872657X-RAY DIFFRACTION99.82
1.89-1.920.38281190.30562755X-RAY DIFFRACTION99.79
1.92-1.940.34211340.29222718X-RAY DIFFRACTION99.72
1.94-1.970.32241400.26492677X-RAY DIFFRACTION99.96
1.97-20.3311630.24612728X-RAY DIFFRACTION99.83
2-2.040.29631300.2322739X-RAY DIFFRACTION99.9
2.04-2.070.29111410.21542726X-RAY DIFFRACTION99.93
2.07-2.110.26781380.21482684X-RAY DIFFRACTION99.86
2.11-2.150.21971340.20472747X-RAY DIFFRACTION99.83
2.15-2.190.29641350.20142732X-RAY DIFFRACTION99.93
2.19-2.240.2391290.20192711X-RAY DIFFRACTION99.89
2.24-2.290.25071550.20512722X-RAY DIFFRACTION99.93
2.29-2.350.29591480.19992729X-RAY DIFFRACTION99.9
2.35-2.420.24061520.19622722X-RAY DIFFRACTION99.9
2.42-2.490.27441160.19942747X-RAY DIFFRACTION99.72
2.49-2.570.2941570.20662711X-RAY DIFFRACTION99.97
2.57-2.660.24841480.21312738X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.760.27021390.19932761X-RAY DIFFRACTION99.97
2.77-2.890.24261660.20762714X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.040.23931670.19662698X-RAY DIFFRACTION99.97
3.04-3.230.21441390.18562747X-RAY DIFFRACTION99.97
3.23-3.480.19581400.16732774X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.830.20741360.14642794X-RAY DIFFRACTION99.93
3.83-4.390.15491370.12562754X-RAY DIFFRACTION99.76
4.39-5.530.15991670.13232791X-RAY DIFFRACTION99.83
5.53-47.650.17341330.16482890X-RAY DIFFRACTION99.18
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.34963374802-0.20497147121.358301152090.471885856275-0.5037434430372.239373425780.0982077461127-0.105239750712-0.1164416426220.00180689606203-0.004103173182290.0393696067140.0832243455464-0.0943841469013-0.09538252424670.2901576409780.045613840843-0.02051136588390.410961382034-0.03140660138340.33394418068914.444-2.78257.917
21.58594044508-0.2239426571141.198050470381.57194268809-0.03832134028261.892396071410.0240485513231-0.128404418767-0.132009995839-0.1086683311610.1403002994740.262951018523-0.002591187766-0.170353553711-0.1503032502210.2218890607780.016752734519-0.04184085974680.303156837669-0.004464307354190.375043855546-20.3542.9319.334
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 19:373 )A19 - 373
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 13:373 OR RESID 401:401 ) )B13 - 373
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 13:373 OR RESID 401:401 ) )B401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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