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- PDB-7ron: Crystal structure of the Friedel-Crafts alkylating enzyme CylK fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ron
タイトルCrystal structure of the Friedel-Crafts alkylating enzyme CylK from Cylindospermum licheniforme
要素CylK
キーワードTRANSFERASE / beta-propeller / beta-roll / calcium-dependent / alkylation / cylindrocyclophane
機能・相同性Beta-propeller repeat / : / Beta-propeller repeat / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / metal ion binding / CylK
機能・相同性情報
生物種Cylindrospermum licheniforme UTEX B 2014 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Ruskoski, T.B. / Boal, A.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structural basis for an unprecedented enzymatic alkylation in cylindrocyclophane biosynthesis.
著者: Braffman, N.R. / Ruskoski, T.B. / Davis, K.M. / Glasser, N.R. / Johnson, C. / Okafor, C.D. / Boal, A.K. / Balskus, E.P.
履歴
登録2021年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CylK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,90624
ポリマ－74,8221
非ポリマー1,08423
水6,107339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.667, 138.613, 99.438
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-992-

HOH

21A-1204-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CylK


分子量: 74822.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cylindrospermum licheniforme UTEX B 2014 (バクテリア)
遺伝子: cylK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Y0K711

-
非ポリマー , 5種, 362分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Prior to crystallization trials, purified CylK protein in storage buffer (20 mM HEPES pH 7.8, 50 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 10 mM CaCl2, 10% glycerol) was combined with 5-undecylbenzene-1,3-diol ...詳細: Prior to crystallization trials, purified CylK protein in storage buffer (20 mM HEPES pH 7.8, 50 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 10 mM CaCl2, 10% glycerol) was combined with 5-undecylbenzene-1,3-diol (UDR), a substrate analog dissolved in protein storage buffer containing 22% DMSO. The final protein solution contained 10 mg/mL CylK and 1.66 mM UDR. Crystals of undecylresorcinol-bound CylK were obtained by using the hanging drop vapor diffusion method in 2 uL drops mixed in 1:1 ratio with a precipitant solution of 1.8 M sodium malonate, pH 7.0. Crystals formed within about 1 week at room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 73688 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 0.936 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 1088178
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.68-1.7114.31.27936770.780.3461.3260.79299.3
1.71-1.7414.51.06436130.8540.2851.1020.79599.4
1.74-1.7714.60.91336260.880.2440.9460.81499.6
1.77-1.8114.60.76236440.9060.2040.7890.84499.6
1.81-1.8514.60.62836330.9380.1680.650.86899.6
1.85-1.8914.70.50736540.9590.1350.5250.88599.8
1.89-1.9414.70.41736570.9730.1110.4310.91399.8
1.94-1.9914.70.34336610.980.0920.3550.9499.8
1.99-2.0514.70.28736170.9860.0770.2970.99599.9
2.05-2.1214.80.23536830.990.0630.2441.04199.9
2.12-2.1914.80.19536650.9930.0520.2021.024100
2.19-2.2814.90.16736950.9940.0440.1730.997100
2.28-2.38150.14536530.9950.0390.150.986100
2.38-2.5115.10.12636950.9970.0330.130.975100
2.51-2.6715.10.10836990.9970.0280.1111.029100
2.67-2.8715.10.08936880.9980.0240.0921.129100
2.87-3.1615.10.06337180.9990.0170.0661.126100
3.16-3.6215.10.04137420.9990.0110.0420.936100
3.62-4.5614.80.032375310.0090.0330.823100
4.56-5014.30.03239150.9990.0090.0330.78399.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.68→42.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.179 / WRfactor Rwork: 0.1523 / FOM work R set: 0.8759 / SU B: 3.607 / SU ML: 0.061 / SU R Cruickshank DPI: 0.0896 / SU Rfree: 0.0907 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1893 3627 5 %RANDOM
Rwork0.1556 ---
obs0.1573 68476 97.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.87 Å2 / Biso mean: 17.173 Å2 / Biso min: 5.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å2-0 Å20 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.68→42.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4882 0 50 339 5271
Biso mean--29.48 25.81 -
残基数----633
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0135046
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174354
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9211.6366845
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5911.58310140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3935640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.65525.056269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.54315768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6831513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.025831
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021072
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.724 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 189 -
Rwork0.228 4180 -
all-4369 -
obs--80.49 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.531 Å / Origin y: 50.705 Å / Origin z: 32.529 Å
111213212223313233
T0.01 Å20.0022 Å2-0.0001 Å2-0.0134 Å20.0009 Å2--0.0032 Å2
L0.2336 °2-0.1643 °20.0126 °2-0.3218 °2-0.0551 °2--0.2416 °2
S-0.0206 Å °0.0176 Å °-0.0139 Å °0.0395 Å °0.0152 Å °0.0224 Å °-0.0184 Å °0.0352 Å °0.0054 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 662
2X-RAY DIFFRACTION1A801 - 809

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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