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- PDB-7roj: Amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7roj
タイトルAmyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 with G95W mutation
要素Alpha-crystallin B chain peptide
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid oligomer
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of programmed cell death / cardiac myofibril / tubulin complex assembly / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye ...microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of programmed cell death / cardiac myofibril / tubulin complex assembly / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye / muscle organ development / actin filament bundle / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / HSF1-dependent transactivation / negative regulation of protein-containing complex assembly / stress-activated MAPK cascade / muscle contraction / synaptic membrane / response to hydrogen peroxide / cellular response to gamma radiation / negative regulation of cell growth / Z disc / unfolded protein binding / protein folding / response to estradiol / amyloid-beta binding / response to heat / protein refolding / perikaryon / microtubule binding / dendritic spine / response to hypoxia / lysosome / protein stabilization / axon / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / structural molecule activity / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-crystallin B chain, ACD domain / : / Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone
類似検索 - ドメイン・相同性
trifluoroacetic acid / Alpha-crystallin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
Model detailsAmyloid Oligomer
データ登録者Sawaya, M.R. / Do, T.D. / Eisenberg, D.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Atomic view of an amyloid dodecamer exhibiting selective cellular toxic vulnerability in acute brain slices.
著者: Gray, A.L.H. / Sawaya, M.R. / Acharyya, D. / Lou, J. / Edington, E.M. / Best, M.D. / Prosser, R.A. / Eisenberg, D.S. / Do, T.D.
履歴
登録2021年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-crystallin B chain peptide
B: Alpha-crystallin B chain peptide
C: Alpha-crystallin B chain peptide
D: Alpha-crystallin B chain peptide
E: Alpha-crystallin B chain peptide
F: Alpha-crystallin B chain peptide
G: Alpha-crystallin B chain peptide
H: Alpha-crystallin B chain peptide
I: Alpha-crystallin B chain peptide
J: Alpha-crystallin B chain peptide
K: Alpha-crystallin B chain peptide
L: Alpha-crystallin B chain peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,52718
ポリマ－15,95612
非ポリマー5716
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.270, 36.330, 64.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Alpha-crystallin B chain peptide / Alpha(B)-crystallin / Heat shock protein beta-5 / HspB5 / Renal carcinoma antigen NY-REN-27 / ...Alpha(B)-crystallin / Heat shock protein beta-5 / HspB5 / Renal carcinoma antigen NY-REN-27 / Rosenthal fiber component


分子量: 1329.625 Da / 分子数: 12 / 断片: residues 90-100 / 変異: G95W / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02511
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid / トリフルオロ酢酸


分子量: 114.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2HF3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1,4-butanediol, HEPES, NaCl, trifluoroacetic acid, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月31日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→64.09 Å / Num. obs: 14376 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 2.042 % / Biso Wilson estimate: 32.292 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 6.14
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.642.0510.9161.2210910.5191.21594.7
1.64-1.692.0510.6521.5110190.730.86192.1
1.69-1.742.0320.5591.89880.7490.74692.9
1.74-1.791.960.4882.269340.8040.65587
1.79-1.852.0770.3892.799090.8420.51791
1.85-1.912.0980.3153.519370.8640.4294.4
1.91-1.982.1070.2254.468530.9430.30191.8
1.98-2.072.0420.2425.028630.9010.32693.3
2.07-2.162.0880.2585.948220.8810.34793.5
2.16-2.262.0580.2486.548130.8790.33495.4
2.26-2.392.0170.2036.877470.9130.27293.3
2.39-2.531.9210.1867.296680.9110.2588
2.53-2.72.0710.1418.236790.9520.18995.6
2.7-2.922.0860.10210.046500.9730.13596.7
2.92-3.22.0270.07211.565910.9850.09694.7
3.2-3.582.0350.05513.735160.9910.07392
3.58-4.132.050.04415.234590.9950.05892.7
4.13-5.061.8820.03717.043720.9940.04987.5
5.06-7.162.0730.03716.953030.9960.04991.3
7.16-64.091.9940.02617.321620.9980.03483.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.6 Å64.09 Å
Translation1.6 Å64.09 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ROL

7rol


解像度: 1.6→64.09 Å / SU ML: 0.2624 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.9721
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2769 1436 10 %
Rwork0.2393 12917 -
obs0.2431 14353 92.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→64.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1128 0 35 38 1201
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00621180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88991604
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0625205
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049174
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7975420
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.660.37931440.36851290X-RAY DIFFRACTION94.47
1.66-1.720.41781420.34721279X-RAY DIFFRACTION92.39
1.72-1.80.40281340.3371216X-RAY DIFFRACTION86.43
1.8-1.90.34221440.29821292X-RAY DIFFRACTION94.1
1.9-2.020.31611440.27731297X-RAY DIFFRACTION92.25
2.02-2.170.31811440.26761289X-RAY DIFFRACTION93.72
2.17-2.390.28741480.24981331X-RAY DIFFRACTION94.2
2.39-2.740.28631430.25911287X-RAY DIFFRACTION92.02
2.74-3.450.23361480.22441332X-RAY DIFFRACTION94.99
3.45-64.090.24221450.19021304X-RAY DIFFRACTION89.67
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.03843850142 Å / Origin y: -1.60843806554 Å / Origin z: 16.1599792453 Å
111213212223313233
T0.154193467936 Å20.00477726747325 Å2-0.00821085427233 Å2-0.161693072278 Å20.00153422670038 Å2--0.167182611496 Å2
L0.944036612923 °20.539770829361 °2-0.05283676991 °2-0.504923223901 °20.0847058260395 °2--0.528337623549 °2
S0.00446641257411 Å °0.0902737669297 Å °-0.00331862347865 Å °-0.0192501734717 Å °0.00777825031614 Å °0.103211975402 Å °-0.0102297075103 Å °0.0431092003113 Å °0.00128905307402 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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