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- PDB-7rno: Model of the Ac-6-FP/hpMR1/bB2m/TAPBPR complex from integrated do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rno
タイトルModel of the Ac-6-FP/hpMR1/bB2m/TAPBPR complex from integrated docking, NMR and restrained MD
要素
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • Major histocompatibility complex class I-related gene protein
  • TAP binding protein-like variant
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / TAPBPR / MR1 / MHC-I (MHCクラスI分子) / chaperones / adaptive immune system (獲得免疫系) / antigen processing and presentation
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / DAP12 signaling / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / DAP12 signaling / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / ゴルジ体 / 自然免疫系 / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / extracellular space / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-30W / Major histocompatibility complex class I-related gene protein / Β2-ミクログロブリン / TAP binding protein-like variant / Major histocompatibility complex class I-related gene protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者McShan, A.C. / Sgourakis, N.G.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5R01AI143997 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R35GM125034 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)3R35GM125034-05S 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: TAPBPR employs a ligand-independent docking mechanism to chaperone MR1 molecules.
著者: McShan, A.C. / Devlin, C.A. / Papadaki, G.F. / Sun, Y. / Green, A.I. / Morozov, G.I. / Burslem, G.M. / Procko, E. / Sgourakis, N.G.
履歴
登録2021年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin
C: TAP binding protein-like variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3504
ポリマ－86,1173
非ポリマー2331
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area6870 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area35690 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Major histocompatibility complex class I-related gene protein / MHC class I-related gene protein / Class I histocompatibility antigen-like protein


分子量: 31724.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Bos taurus (ウシ)
遺伝子: MR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95460, UniProt: C1ITJ8
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン / Lactollin


分子量: 11784.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01888
#3: タンパク質 TAP binding protein-like variant


分子量: 42608.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q53GH5
#4: 化合物 ChemComp-30W / N-(6-formyl-4-oxo-3,4-dihydropteridin-2-yl)acetamide / Acetyl 6-formylpterin / 2-(アセチルアミノ)-4-オキソ-3,4-ジヒドロプテリジン-6-カルボアルデヒド


分子量: 233.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic12D 1H-13C HMQC
121anisotropic12D 1H-13C HMQC
131anisotropic23D NOESY HMQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 100 uM hpMR1 (human platform MR1), 100 uM [U-100% 12C; U-100% 15N; Ala CB, Ile CD1, Leu CD1/CD2, Val CG1/CG2] bovine beta 2 microglobulin, 300 uM TAPBPR, 90% H2O/10% D2O
詳細: 100 uM AILV bB2m with natural abundance hpMR1, TAPBPR and Ac-6-FP
Label: ILVproS_sample2 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
100 uMhpMR1 (human platform MR1)natural abundance1
100 uMbovine beta 2 microglobulin[U-100% 12C; U-100% 15N; Ala CB, Ile CD1, Leu CD1/CD2, Val CG1/CG2]1
300 uMTAPBPRnatural abundance1
試料状態詳細: buffer: 50 mM NaCl, 20 mM sodium phosphate pH 7.2, 10% D2O
イオン強度: 50 mM / Label: sampleconditions / pH: 7.2 / 圧: 1.01325 bar / 温度: 298.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
GROMACSv2020.4Department of Biophysical Chemistry, University of Groningen, Netherlands精密化
HADDOCKBonvinstructure calculation
NMRFAM-SPARKYWoonghee Lee, Marco Tonelli, and John L. Markleychemical shift assignment
NMRFAM-SPARKYWoonghee Lee, Marco Tonelli, and John L. Markleypeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: HADDOCK in combination with NMR derived chemical shift perturbations was used to generate the initial model of the complex. The TAP binding protein-like variant starting structure is PDB ID ...詳細: HADDOCK in combination with NMR derived chemical shift perturbations was used to generate the initial model of the complex. The TAP binding protein-like variant starting structure is PDB ID 5WER chain C. The major histocompatibility complex class I-related gene protein and beta-2-microglobulin are homology modeled based on PDB ID 4PJ5 chain A and chain B.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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