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- PDB-7rna: Crystal structure of caspase-3 with inhibitor Ac-ITV(Dab)D-CHO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rna
タイトルCrystal structure of caspase-3 with inhibitor Ac-ITV(Dab)D-CHO
要素
  • Ac-ITV(Dab)D-CHO
  • Caspase-3 subunit p12
  • Caspase-3 subunit p17
キーワードHYDROLASE / Hydrolase/Hydrolase Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Stimulation of the cell death response by PAK-2p34 / caspase-3 / phospholipase A2 activator activity / anterior neural tube closure / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / leukocyte apoptotic process / glial cell apoptotic process / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / NADE modulates death signalling / luteolysis ...Stimulation of the cell death response by PAK-2p34 / caspase-3 / phospholipase A2 activator activity / anterior neural tube closure / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / leukocyte apoptotic process / glial cell apoptotic process / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / NADE modulates death signalling / luteolysis / response to cobalt ion / : / cellular response to staurosporine / death-inducing signaling complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / Apoptosis induced DNA fragmentation / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / : / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / death receptor binding / axonal fasciculation / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / fibroblast apoptotic process / Signaling by Hippo / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / : / epithelial cell apoptotic process / negative regulation of cytokine production / platelet formation / Other interleukin signaling / execution phase of apoptosis / positive regulation of amyloid-beta formation / pyroptotic inflammatory response / negative regulation of B cell proliferation / T cell homeostasis / Apoptotic cleavage of cellular proteins / B cell homeostasis / negative regulation of activated T cell proliferation / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / protein maturation / negative regulation of cell cycle / response to X-ray / Pyroptosis / cell fate commitment / response to amino acid / regulation of macroautophagy / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / response to tumor necrosis factor / response to glucose / response to UV / response to glucocorticoid / keratinocyte differentiation / striated muscle cell differentiation / enzyme activator activity / Degradation of the extracellular matrix / intrinsic apoptotic signaling pathway / erythrocyte differentiation / apoptotic signaling pathway / hippocampus development / response to nicotine / sensory perception of sound / regulation of protein stability / protein catabolic process / response to hydrogen peroxide / neuron differentiation / protein processing / response to wounding / positive regulation of neuron apoptotic process / response to estradiol / heart development / peptidase activity / protease binding / neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / aspartic-type endopeptidase activity / learning or memory / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / cysteine-type endopeptidase activity / neuronal cell body / DNA damage response / protein-containing complex binding / apoptotic process / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. ...Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者McCue, W. / Finzel, B.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)5R01AG062199-03 米国
引用ジャーナル: Arch Pharm / 年: 2022
タイトル: Characterization of caspase-2 inhibitors based on specific sites of caspase-2-mediated proteolysis.
著者: Bresinsky, M. / Strasser, J.M. / Hubmann, A. / Vallaster, B. / McCue, W.M. / Fuller, J. / Singh, G. / Nelson, K.M. / Cuellar, M.E. / Finzel, B.C. / Ashe, K.H. / Walters, M.A. / Pockes, S.
履歴
登録2021年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume
改定 2.02023年6月28日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 3.02024年2月7日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_poly_seq_scheme / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-3 subunit p17
B: Caspase-3 subunit p12
C: Caspase-3 subunit p17
D: Caspase-3 subunit p12
G: Ac-ITV(Dab)D-CHO
F: Ac-ITV(Dab)D-CHO


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7646
ポリマ－55,7646
非ポリマー00
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15020 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area17550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.055, 66.166, 83.217
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.926, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Caspase-3 subunit p17


分子量: 16067.288 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP3, CPP32 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42574
#2: タンパク質 Caspase-3 subunit p12


分子量: 11257.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP3, CPP32 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42574
#3: タンパク質・ペプチド Ac-ITV(Dab)D-CHO


分子量: 556.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16% PEG 6000, 5% glycerol, 100 mM sodium citrate pH 6.5, and 10 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→83.21 Å / Num. obs: 41055 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 88180 / Scaling rejects: 1
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Num. unique obs: 6118 / CC1/2: 0.765 / Rpim(I) all: 0.391 / Rrim(I) all: 0.642 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
AutoProcessデータ削減
PHASER位相決定
JDirectorデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H65

2h65


解像度: 1.9→43.2 Å / SU ML: 0.2399 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.3875
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 1991 4.85 %
Rwork0.1945 39022 -
obs0.1963 41013 95.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3815 0 0 130 3945
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00793888
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99675224
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0638573
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075663
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1053518
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.950.33311380.29272841X-RAY DIFFRACTION97.77
1.95-20.2971220.26822869X-RAY DIFFRACTION97.46
2-2.060.29341300.24062795X-RAY DIFFRACTION96.5
2.06-2.130.2621440.23562824X-RAY DIFFRACTION96.87
2.13-2.20.29391630.2282739X-RAY DIFFRACTION94.96
2.2-2.290.28931320.21452805X-RAY DIFFRACTION96.55
2.29-2.390.25631430.21272830X-RAY DIFFRACTION97.03
2.39-2.520.28631580.21642793X-RAY DIFFRACTION96.25
2.52-2.680.26671300.2122815X-RAY DIFFRACTION96.15
2.68-2.880.21931500.21632766X-RAY DIFFRACTION95.11
2.88-3.170.22541320.21132754X-RAY DIFFRACTION94.1
3.18-3.630.19911430.17742694X-RAY DIFFRACTION91.49
3.63-4.580.19191460.15082684X-RAY DIFFRACTION91.82
4.58-43.20.21381600.17342813X-RAY DIFFRACTION94.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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