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万見
- PDB-7rmm: Structure of N74D mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rmm
タイトルStructure of N74D mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer
要素CAPSID PROTEIN P24
キーワードVIRAL PROTEIN / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal ...: / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Bester, S.M. / Kvaratskhelia, M.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32 AI150547 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54 AI150472 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI062520 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI143649 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Structural and Mechanistic Bases of Viral Resistance to HIV-1 Capsid Inhibitor Lenacapavir.
著者: Bester, S.M. / Adu-Ampratwum, D. / Annamalai, A.S. / Wei, G. / Briganti, L. / Murphy, B.C. / Haney, R. / Fuchs, J.R. / Kvaratskhelia, M.
履歴
登録2021年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年8月10日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
改定 2.12022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 2.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAPSID PROTEIN P24
B: CAPSID PROTEIN P24
C: CAPSID PROTEIN P24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,75126
ポリマ－76,3873
非ポリマー1,36423
水6,521362
1
A: CAPSID PROTEIN P24
B: CAPSID PROTEIN P24
ヘテロ分子

A: CAPSID PROTEIN P24
B: CAPSID PROTEIN P24
ヘテロ分子

A: CAPSID PROTEIN P24
B: CAPSID PROTEIN P24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,57354
ポリマ－152,7746
非ポリマー2,79948
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
2
C: CAPSID PROTEIN P24
ヘテロ分子

C: CAPSID PROTEIN P24
ヘテロ分子

C: CAPSID PROTEIN P24
ヘテロ分子

C: CAPSID PROTEIN P24
ヘテロ分子

C: CAPSID PROTEIN P24
ヘテロ分子

C: CAPSID PROTEIN P24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,36048
ポリマ－152,7746
非ポリマー2,58642
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)157.360, 157.360, 56.575
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Space group name HallP6
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z
#3: y,-x+y,z
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-440-

HOH

21B-523-

HOH

31B-532-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 5 or resid 10...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 5 or resid 10...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 1 through 17 or resid 19...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROASNA1 - 5
d_12ens_1METPROA10 - 17
d_13ens_1THRLEUA19 - 69
d_14ens_1GLUPROA72 - 86
d_15ens_1ARGPROA94 - 96
d_16ens_1GLYLYSA98 - 128
d_17ens_1TRPILEA131 - 151
d_18ens_1GLNGLNA153 - 174
d_19ens_1LEUVALA187 - 189
d_110ens_1ASNASPA191 - 195
d_111ens_1LYSLEUA198 - 210
d_112ens_1GLUGLNA212 - 218
d_21ens_1PROASNB1 - 5
d_22ens_1METPROB10 - 17
d_23ens_1THRLEUB19 - 69
d_24ens_1GLUPROB71 - 85
d_25ens_1ARGPROB91 - 93
d_26ens_1GLYLYSB95 - 125
d_27ens_1TRPILEB127 - 147
d_28ens_1GLNGLNB149 - 170
d_29ens_1LEUVALB183 - 185
d_210ens_1ASNASPB187 - 191
d_211ens_1LYSLEUB193 - 205
d_212ens_1GLUGLNB208 - 214
d_31ens_1PROPROC1 - 13
d_32ens_1THRLEUC15 - 65
d_33ens_1GLUPROC67 - 81
d_34ens_1ARGPROC87 - 89
d_35ens_1GLYLYSC91 - 121
d_36ens_1TRPILEC123 - 143
d_37ens_1GLNVALC145 - 169
d_38ens_1ASNASPC171 - 175
d_39ens_1LYSLEUC177 - 189
d_310ens_1GLUGLNC191 - 197

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999938761071, -0.00646738494596, -0.00898036965449), (0.00649519914508, -0.999974188748, -0.00307151848388), (-0.0089602731675, -0.00312965967668, 0.999954958353)156.96638019, -91.4514350634, 0.597149390724
2given(0.0265710476014, -0.999618468982, 0.00754293705275), (-0.999637874682, -0.0266021630137, -0.00405517252367), (0.00425428379065, -0.00743245538212, -0.999963329166)-47.4526180669, 77.4920889054, 27.4969299067

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要素

#1: タンパク質 CAPSID PROTEIN P24


分子量: 25462.256 Da / 分子数: 3 / 変異: A14C, E45C, N74D, W184A, M185A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B6DRA0
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.53 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M NaI, 5% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2020年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→45.43 Å / Num. obs: 56827 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 29.92 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.97→2.02 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 1.308 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4002 / CC1/2: 0.639 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VKV

6vkv


解像度: 1.97→45.43 Å / SU ML: 0.2559 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.704
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2465 2788 4.91 %
Rwork0.2178 53993 -
obs0.2192 56781 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→45.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4823 0 23 362 5208
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00644962
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83036745
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0496764
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061879
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.86151870
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.606255812206
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.488138564593
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.97-20.34331320.30032645X-RAY DIFFRACTION99.89
2-2.040.33491670.28282683X-RAY DIFFRACTION99.96
2.04-2.080.36611230.30912685X-RAY DIFFRACTION99.79
2.08-2.120.31111570.26692673X-RAY DIFFRACTION99.86
2.12-2.170.27681500.24792671X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.220.28331230.23892697X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.270.28421520.25882663X-RAY DIFFRACTION99.93
2.27-2.340.25831650.22762665X-RAY DIFFRACTION99.96
2.34-2.40.26811350.22252675X-RAY DIFFRACTION99.93
2.4-2.480.2781240.22372718X-RAY DIFFRACTION99.93
2.48-2.570.25461420.21852717X-RAY DIFFRACTION99.97
2.57-2.670.28381170.21842690X-RAY DIFFRACTION99.96
2.67-2.80.29021440.22992687X-RAY DIFFRACTION99.82
2.8-2.940.24221230.22342720X-RAY DIFFRACTION99.96
2.94-3.130.25191390.22912697X-RAY DIFFRACTION99.82
3.13-3.370.24731170.21152722X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.710.2331550.19532707X-RAY DIFFRACTION99.9
3.71-4.240.20651420.17962723X-RAY DIFFRACTION99.97
4.24-5.340.21981390.18352748X-RAY DIFFRACTION99.93
5.35-45.430.20361420.2272807X-RAY DIFFRACTION99.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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