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- PDB-7rm6: Horse liver alcohol dehydrogenase in complex with NADH and N-cylc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rm6
タイトルHorse liver alcohol dehydrogenase in complex with NADH and N-cylcohexyl formamide
要素Alcohol dehydrogenase E chain
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Hydride transfer / Zinc metalloenzyme / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLOHEXYLFORMAMIDE / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Alcohol dehydrogenase E chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Zheng, C. / Boxer, S.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118044 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2022
タイトル: A two-directional vibrational probe reveals different electric field orientations in solution and an enzyme active site.
著者: Zheng, C. / Mao, Y. / Kozuch, J. / Atsango, A.O. / Ji, Z. / Markland, T.E. / Boxer, S.G.
履歴
登録2021年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase E chain
B: Alcohol dehydrogenase E chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,92410
ポリマ－80,0772
非ポリマー1,8478
水13,998777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.142, 50.979, 92.864
Angle α, β, γ (deg.)92.410, 103.030, 108.940
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase E chain


分子量: 40038.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: liver alcohol dehydrogenase / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00327, alcohol dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#4: 化合物 ChemComp-CXF / CYCLOHEXYLFORMAMIDE / N-シクロヘキシルホルムアミド


分子量: 127.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 777 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 mM Tris-HCl buffer at pH 8.2, 18% (v/v) PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→37.94 Å / Num. obs: 119395 / % possible obs: 87.2 % / 冗長度: 7.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 19.7 / Num. measured all: 932809 / Scaling rejects: 3411
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.43-1.457.51.6714320657890.7540.6511.7951.485.5
7.83-37.947.90.025647282010.010.02793.398.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DWV

4dwv


解像度: 1.43→37.94 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2082 5867 5 %
Rwork0.1895 111533 -
obs0.1905 117400 85.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.14 Å2 / Biso mean: 28.5543 Å2 / Biso min: 15.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.43→37.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5570 0 110 777 6457
Biso mean--22.78 37.63 -
残基数----748
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0215868
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.6677949
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.69856
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.254931
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014996
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.43-1.450.43261680.4323182335074
1.45-1.460.42131980.41083757395585
1.46-1.480.49571890.43683610379984
1.48-1.50.37591900.35593598378883
1.5-1.520.35021930.33263647384084
1.52-1.540.3811860.3443557374382
1.54-1.560.32971820.27413449363181
1.56-1.590.25931740.25253281345575
1.59-1.610.25911940.25133675386986
1.61-1.640.29762050.23533946415190
1.64-1.670.27762010.23323779398089
1.67-1.70.24562050.22623915412089
1.7-1.730.2412000.22173790399088
1.73-1.760.25092070.20183928413589
1.76-1.80.22771980.18323759395788
1.8-1.840.22092010.18853821402288
1.84-1.890.23331980.21233745394386
1.89-1.940.34711650.35643207337274
1.94-20.21671760.2073324350077
2-2.060.2142080.18853979418792
2.06-2.140.23422080.18523963417192
2.14-2.220.18022060.19153915412190
2.22-2.320.25041950.25163734392986
2.32-2.450.18472020.1633860406290
2.45-2.60.18622020.16563822402489
2.6-2.80.19651830.17353489367280
2.8-3.080.21082050.17143898410390
3.08-3.530.16292140.16694045425994
3.53-4.440.16882090.14433985419491
4.44-37.940.13642050.12633873407889
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.6779 Å / Origin y: -12.4618 Å / Origin z: -20.683 Å
111213212223313233
T0.1822 Å20.0223 Å20.0021 Å2-0.1775 Å2-0.0026 Å2--0.2318 Å2
L0.3218 °20.1044 °2-0.1645 °2-0.2792 °2-0.1616 °2--1.2386 °2
S0.0181 Å °-0.0044 Å °-0.001 Å °-0.0696 Å °-0.0088 Å °-0.0324 Å °0.009 Å °-0.0272 Å °-0.0113 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 501
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 501
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 807

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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