PDB-7rll: Crystal structure of ARF3 from Candida albicans in complex with g...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rll

タイトル

Crystal structure of ARF3 from Candida albicans in complex with guanosine-3'-monophosphate-5'-diphosphate

要素

Arf3p

キーワード

SIGNALING PROTEIN / small GTPase / GTP-BINDING / SIGNAL TRANSDUCTION / structural genomics / CSGID / center for structural genomics of infectious diseases / NIAID / national institute of allergy and infectious diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / extracellular vesicle / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Michalska, K. / Evdokimova, E. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of ARF3 from Candida albicans in complex with guanosine-3'-monophosphate-5'-diphosphate
著者: Stogios, P.J.

履歴

登録	2021年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rll.cif.gz	187.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rll.ent.gz	131.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rll.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rll_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rll_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	7rll_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	7rll_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/7rll ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/7rll	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1e0sS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1h4h-2 5v9o-d 4fmw-2 4tqa-2 4dpe-1 1fls-d 1mr3-d 7c41-2 6afa-d 2rk4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP97871

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arf3p

B: Arf3p

ヘテロ分子

40.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Arf3p

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Arf3p

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.958, 75.852, 97.518
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Arf3p 分子量: 19916.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母) 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: ARF3, orf19.1702, CAALFM_C301470WA / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): -Gold / 参照: UniProt: A0A1D8PJ64
#2: 化合物	ChemComp-G3D / GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE / グアノシン3′-りん酸5′-二りん酸分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.25 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M potassium thiocyanate, 30% (w/v) PEG 2K MME, 2 mM magnesium chloride, 1.5 mM GMP-PCP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 30467 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.4 % / B_iso Wilson estimate: 34.18 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 34.2
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / R_merge(I) obs: 1.326 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1471 / CC_1/2: 0.921 / R_pim(I) all: 0.428 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1e0s

1e0s

解像度: 1.9→48.76 Å / SU ML: 0.2208 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.0798
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	1966	6.59 %
R_work	0.1849	27868	-
obs	0.188	29834	97.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2787	0	66	330	3183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0072	2914
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1526	3961
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0776	462
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	482
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.0827	1085

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.95	0.3184	127	0.2995	1780	X-RAY DIFFRACTION	90.12
1.95-2	0.2838	135	0.2448	1868	X-RAY DIFFRACTION	93.6
2-2.06	0.2614	136	0.2082	1913	X-RAY DIFFRACTION	96.33
2.06-2.13	0.2509	139	0.2137	1981	X-RAY DIFFRACTION	97.56
2.13-2.2	0.2404	136	0.2183	1935	X-RAY DIFFRACTION	97.87
2.2-2.29	0.2586	142	0.2194	2014	X-RAY DIFFRACTION	98.76
2.29-2.39	0.2847	140	0.2122	1978	X-RAY DIFFRACTION	99.06
2.39-2.52	0.2888	140	0.2037	1997	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.52-2.68	0.2706	143	0.2088	2022	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.68-2.89	0.2716	141	0.2054	2013	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.89-3.18	0.2499	145	0.2002	2057	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.18-3.64	0.2319	144	0.1727	2057	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.64-4.58	0.1961	146	0.1476	2074	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.58-48.76	0.1921	152	0.1666	2179	X-RAY DIFFRACTION	99.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.34527937018	3.19500292541	-0.265009112167	8.74942327898	1.73988080508	5.89860452343	0.177440065027	0.109584245679	0.71144899765	-0.171684651304	0.0815047882287	1.30774500379	-1.63946651332	-1.0073083041	-0.135968729992	0.820471544966	0.236587738222	0.103592143021	0.391240484569	0.0732472311629	0.60859798544	8.57021905608	48.6357805761	101.448013748
2	8.75246422692	-0.863689754088	-4.35077773503	4.65988847222	5.00194890942	6.73251289202	1.33505487362	0.100200313485	1.6386483784	0.671041375844	0.221340862323	1.04059596058	-1.05725907187	-0.149321250523	-1.04557071276	1.4426293651	0.0281853621942	0.313000350743	0.494371094186	0.0380487684456	1.09379131695	7.01386484282	57.2794703952	111.269991325
3	7.64232005597	1.81784749886	-1.59218389203	8.46047174326	0.427106166736	5.73449214388	0.165112914552	-1.59620732272	0.772250051037	1.30769332986	-0.318481097392	0.0389311935639	-1.59638362046	-1.07014398271	0.348992316745	1.10265259625	0.106047261057	0.15049035528	0.61445841301	-0.110733212496	0.544627306448	10.1689368371	50.3598840003	113.826036235
4	4.26158142219	0.825282704648	-0.382064276673	4.53433143423	-0.401740124105	5.5373522589	0.19870893914	-0.264888538584	0.234487952445	0.440570963702	0.0116373526247	-0.132154363725	-1.05643503878	0.26626731144	-0.178876863863	0.41073635383	-0.0136597362946	-0.0197818805999	0.225816644954	-0.047747313027	0.263559096129	19.0492314052	41.6479706457	106.649999655
5	7.167278747	-1.95401495355	-0.975329002261	6.16116517983	-2.88585009557	3.95808582047	-0.00332217278657	-0.288443997383	-0.51304936402	0.321450785417	0.601851517044	0.972174798477	0.0987148651099	-0.685522740775	-0.0303342758745	0.274673015443	0.412012955032	0.0486698332849	0.50852385848	0.164122187551	0.808865320222	1.04836718484	33.9613221531	102.145474491
6	7.65030158097	-3.01606198536	-6.74741553119	5.0106084426	3.09663118746	8.43090778279	-0.423457554025	-1.06322481248	-0.32942856075	1.69424324743	-0.153793531191	-0.458485585844	-0.21143633041	1.43724052136	0.41834970343	1.64186520713	-0.142629179058	-0.375021316619	0.748269084985	0.18553003535	0.679480182943	14.1763793462	12.6733876918	126.592831344
7	9.06486938301	-1.32756375009	-0.81792393827	7.57081643464	1.0571927748	5.91455991085	-0.0301291164115	-0.277604030807	-0.325482026931	0.740874247991	-0.141935467373	0.0331044228636	0.102582350291	-0.157176915549	0.155423133351	0.234323809934	-0.021570917813	-0.00176757797533	0.17911986867	0.0472938571091	0.239979264272	9.24490242252	8.46266034644	112.031241436
8	2.70742831953	0.899094768578	0.344091888917	3.81146360203	0.345018728375	1.79909418646	0.132901648853	-0.184001786507	-0.0802377537116	0.597421607805	-0.18944191449	0.190530824304	0.238552404282	-0.100410481612	0.0438055544196	0.241749584256	-0.0146042437062	0.0300724689177	0.297515768144	0.0182417724864	0.232608971565	2.54675087757	11.3654396203	109.253495991
9	1.92030294502	-0.328367539998	-1.8578305294	5.44707089612	1.03089557352	3.48612400127	0.0198890814498	-0.151011635366	-0.0062138524286	0.499135506125	-0.0442800900712	-0.344973767182	0.0889958193997	0.250989978746	0.0209883770402	0.169560681294	-0.0265634230456	-0.0943991398499	0.286482559034	0.0323441576381	0.254265420003	14.4361808731	20.6970416087	109.029923262
10	3.52067895676	-0.336801422444	-0.510171078499	4.84294037776	4.23057251686	3.70897791297	1.19469061542	2.34177148002	-1.12684386599	-1.30641411356	-2.26852467063	1.02111839728	-2.56379655007	-1.06132654055	1.02334988235	1.72064684902	0.228412170881	0.0832295671063	1.59377576778	0.073808951461	1.01337390124	3.74234234622	23.7939716641	127.638412519

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 33 )	A	A	1 - 33	1 - 33
2	2	chain 'A' and (resid 34 through 51 )	A	A	34 - 51	34 - 51
3	3	chain 'A' and (resid 54 through 72 )	A	A	54 - 72	54 - 72
4	4	chain 'A' and (resid 73 through 173 )	A	A	73 - 173	73 - 173
5	5	chain 'A' and (resid 174 through 175 )	A	A	174 - 175	174 - 175
6	6	chain 'B' and (resid -1 through 13 )	B	C	-1 - 13	1 - 15
7	7	chain 'B' and (resid 14 through 33 )	B	C	14 - 33	16 - 35
8	8	chain 'B' and (resid 34 through 122 )	B	C	34 - 122	36 - 124
9	9	chain 'B' and (resid 123 through 174 )	B	C	123 - 174	125 - 176
10	10	chain 'B' and (resid 175 through 175 )	B	C	175	177

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)