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- PDB-7rll: Crystal structure of ARF3 from Candida albicans in complex with g... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rll | ||||||
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Title | Crystal structure of ARF3 from Candida albicans in complex with guanosine-3'-monophosphate-5'-diphosphate | ||||||
![]() | Arf3p | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / small GTPase / GTP-BINDING / SIGNAL TRANSDUCTION / structural genomics / CSGID / center for structural genomics of infectious diseases / NIAID / national institute of allergy and infectious diseases | ||||||
Function / homology | ![]() vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / extracellular vesicle / GTP binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Michalska, K. / Evdokimova, E. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of ARF3 from Candida albicans in complex with guanosine-3'-monophosphate-5'-diphosphate Authors: Stogios, P.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 187.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 131.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.9 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 29.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1e0sS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 19916.008 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: SC5314 / ATCC MYA-2876 / Gene: ARF3, orf19.1702, CAALFM_C301470WA / Plasmid: pMCSG53 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1 M potassium thiocyanate, 30% (w/v) PEG 2K MME, 2 mM magnesium chloride, 1.5 mM GMP-PCP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 16, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 30467 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 34.18 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 34.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 1.326 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1471 / CC1/2: 0.921 / Rpim(I) all: 0.428 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1e0s Resolution: 1.9→48.76 Å / SU ML: 0.2208 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 23.0798 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 52.31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→48.76 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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