+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rkr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Naegleria fowleri CYP51 (NfCYP51) complex with (S)-1-(4-fluorophenyl)-2-(1H-imidazol-1-yl)ethyl 3-(trifluoromethyl)benzoate | ||||||
要素 | Protein CYP51 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ergosterol biosynthesis / Azole inhibitors | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å | ||||||
データ登録者 | Sharma, V. / Podust, L.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Miconazole-like Scaffold is a Promising Lead for Naegleria fowleri -Specific CYP51 Inhibitors. 著者: Sharma, V. / Madia, V.N. / Tudino, V. / Nguyen, J.V. / Debnath, A. / Messore, A. / Ialongo, D. / Patacchini, E. / Palenca, I. / Basili Franzin, S. / Seguella, L. / Esposito, G. / Petrucci, R. ...著者: Sharma, V. / Madia, V.N. / Tudino, V. / Nguyen, J.V. / Debnath, A. / Messore, A. / Ialongo, D. / Patacchini, E. / Palenca, I. / Basili Franzin, S. / Seguella, L. / Esposito, G. / Petrucci, R. / Di Matteo, P. / Bortolami, M. / Saccoliti, F. / Di Santo, R. / Scipione, L. / Costi, R. / Podust, L.M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rkr.cif.gz | 111.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7rkr.ent.gz | 81.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rkr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rkr_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7rkr_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7rkr_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rkr_validation.cif.gz | 26.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/7rkr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/7rkr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7rktC 7rkwC 5tl8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53559.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア) 遺伝子: NF0102700 / プラスミド: PCW-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5ALPHA / 参照: UniProt: A0A2H4A2U9 | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-L49 / ( | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.13 % / 解説: Red elongated crystals of 0.3 mm size. |
---|---|
結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30 mM Calcium chloride; 4.50% v/v Jefframine M-600 pH-7.0; 33% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550; 100 mM Bis-Tris Propane pH-7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen flow / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月6日 / 詳細: MIRROR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1159 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.76→70.38 Å / Num. obs: 45818 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.421 % / Biso Wilson estimate: 46.872 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.00096 / Rrim(I) all: 0.00104 / Χ2: 0.834 / Net I/σ(I): 8.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5TL8 解像度: 1.76→70.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 5.284 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.52 Å2 / Biso mean: 48.165 Å2 / Biso min: 24.77 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.76→70.38 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.76→1.801 Å / Rfactor Rfree error: 0
|