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- PDB-7rkl: Structure of Nicotinamide N-Methyltransferase (NNMT) in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rkl
タイトルStructure of Nicotinamide N-Methyltransferase (NNMT) in complex with II399 (P1 space group)
要素NNMT protein
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Methyltransferase / Inhibitor / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide metabolic process / nicotinamide N-methyltransferase activity / positive regulation of protein deacetylation / : / animal organ regeneration / positive regulation of gluconeogenesis / methylation / response to xenobiotic stimulus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Methyltransferase, NNMT/PNMT/TEMT / Methyltransferase NNMT/PNMT/TEMT, conserved site / NNMT/PNMT/TEMT family / NNMT/PNMT/TEMT family of methyltransferases signature. / SAM-dependent methyltransferase NNMT/PNMT/TEMT-type profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5R4 / NNMT protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Yadav, R. / Noinaj, N. / Iyamu, I.D. / Huang, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM117275 米国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Exploring Unconventional SAM Analogues To Build Cell-Potent Bisubstrate Inhibitors for Nicotinamide N-Methyltransferase.
著者: Iyamu, I.D. / Vilseck, J.Z. / Yadav, R. / Noinaj, N. / Huang, R.
履歴
登録2021年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NNMT protein
B: NNMT protein
C: NNMT protein
D: NNMT protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,36814
ポリマ－125,8644
非ポリマー2,50410
水12,070670
1
A: NNMT protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1404
ポリマ－31,4661
非ポリマー6743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NNMT protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3326
ポリマ－31,4661
非ポリマー8665
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: NNMT protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9482
ポリマ－31,4661
非ポリマー4821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: NNMT protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9482
ポリマ－31,4661
非ポリマー4821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.676, 62.031, 106.975
Angle α, β, γ (deg.)82.941, 81.924, 68.522
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 4 through 12 or (resid 13...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 4 through 12 or (resid 13...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 4 through 8 or (resid 9...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 4 through 8 or (resid 9...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYPHEA16 - 39
d_12ens_1SERLYSA42 - 150
d_13ens_1ASPLEUA152 - 270
d_21ens_1GLYPHEE13 - 36
d_22ens_1SERLYSE41 - 149
d_23ens_1ASPLEUE151 - 269
d_31ens_1GLYPHEK1 - 24
d_32ens_1SERLYSK27 - 135
d_33ens_1ASPLEUK137 - 255
d_41ens_1GLYLYSM1 - 133
d_42ens_1ASPLEUM135 - 253

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999989772655, 0.00203306681344, -0.00403995355744), (0.00202899463153, -0.999997429697, -0.00101182042806), (-0.00404200027207, 0.00100361303574, -0.99999132746)22.8104469662, -21.465029224, -25.368693799
2given(-0.995611125134, -0.0480136964415, 0.0803316404917), (0.0765008372506, 0.0769057841075, 0.994099151127), (-0.0539083426756, 0.995881612103, -0.0728951662673)10.1563005192, 12.7768626526, -45.9939181896
3given(-0.993516306531, -0.0740240405293, 0.0862889916533), (-0.0808127026409, -0.0740358951491, -0.993975851478), (0.0799665914535, -0.994504463365, 0.0675737863237)10.5245297931, 23.4093848911, 20.6114554102

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要素

#1: タンパク質
NNMT protein / Nicotinamide N-methyltransferase / isoform CRA_a


分子量: 31466.033 Da / 分子数: 4 / 変異: K100A, E101A, E103A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NNMT, hCG_39357 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6FH49
#2: 化合物
ChemComp-5R4 / 3-[3-(acetyl{[(1R,2R,3S,4R)-4-(4-chloro-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl)-2,3-dihydroxycyclopentyl]methyl}amino)prop-1-yn-1-yl]benzamide


分子量: 481.931 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H24ClN5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 670 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0, 2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 59068 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 23.82 Å2 / CC1/2: 0.975 / CC star: 0.994 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.08→2.15 Å / 冗長度: 3.4 % / Num. unique obs: 5457 / CC1/2: 0.583 / CC star: 0.858 / % possible all: 84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JBluIce-EPICSデータ収集
HKL-2000データ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6PVE

6pve


解像度: 2.08→41.26 Å / SU ML: 0.265 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.2469
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2396 1990 3.37 %
Rwork0.1936 57051 -
obs0.1951 59041 91.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→41.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7994 0 166 670 8830
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00378341
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.701611346
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04661290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00531427
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.10492952
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.380016260506
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.632014998522
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.621731315837
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.08-2.130.33161380.27363740X-RAY DIFFRACTION84.19
2.13-2.190.29731340.26054119X-RAY DIFFRACTION92.54
2.19-2.250.31591580.24154099X-RAY DIFFRACTION92.18
2.25-2.330.25751380.23264121X-RAY DIFFRACTION91.91
2.33-2.410.30641400.22584133X-RAY DIFFRACTION91.58
2.41-2.510.29091380.22224033X-RAY DIFFRACTION90.24
2.51-2.620.30141360.21983817X-RAY DIFFRACTION86.25
2.62-2.760.25111350.21343922X-RAY DIFFRACTION88.04
2.76-2.930.27081510.20974259X-RAY DIFFRACTION94.59
2.93-3.160.24751390.19914230X-RAY DIFFRACTION94.46
3.16-3.470.20881460.18044193X-RAY DIFFRACTION92.97
3.47-3.980.19651350.15423886X-RAY DIFFRACTION87.36
3.98-5.010.18571570.1454338X-RAY DIFFRACTION96.63
5.01-41.260.21541450.18264161X-RAY DIFFRACTION93.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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