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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rkg | ||||||
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タイトル | Griffithsin mutant Y28W | ||||||
![]() | Griffithsin | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / complex / HIV Inhibitor | ||||||
機能・相同性 | ![]() N-acetylgalactosamine binding / D-glucose binding / D-mannose binding / carbohydrate binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhao, G. / Sun, J. / Bewley, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: C 3 -Symmetric Aromatic Core of Griffithsin Is Essential for Potent Anti-HIV Activity. 著者: Sun, J. / Zhao, G. / Bylund, T. / Lee, M. / Adibhatla, S. / Kwong, P.D. / Chuang, G.Y. / Rawi, R. / Bewley, C.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14841.136 Da / 分子数: 2 / 変異: Y28W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Q66D336 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.47 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M citric acid pH 1.5 2.2 M sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 17186 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 21.21 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 0.342 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.214 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 852 / CC1/2: 0.96 / CC star: 0.99 / Rpim(I) all: 0.105 / Rrim(I) all: 0.239 / Χ2: 0.16 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2guc 解像度: 2.2→29.16 Å / SU ML: 0.1781 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 16.679 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.19 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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