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万見
- PDB-7rka: Crystal structure analysis of Colorado potato beetle glutathione-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rka
タイトルCrystal structure analysis of Colorado potato beetle glutathione-S transferase LdGSTu1
要素glutathione S-transferase u1
キーワードTRANSFERASE / glutathione s-transferase / GSH / unclassified / Colorado potato beetle / Imidocloprid resistant / Leptinotarsa decemlineata / complex / glutathione
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity
類似検索 - 分子機能
Glutaredoxin domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Putative glutathione S-transferase uncharacterized class member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Leptinotarsa decemlineata (甲虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
Model detailsLdGSTu1 structure complex with GSH
データ登録者Moural, T.W. / Zhu, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
United States Department of Agriculture (USDA) 米国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Structural and Functional Characterization of One Unclassified Glutathione S-Transferase in Xenobiotic Adaptation of Leptinotarsa decemlineata.
著者: Liu, Y. / Moural, T. / Koirala B K, S. / Hernandez, J. / Shen, Z. / Alyokhin, A. / Zhu, F.
履歴
登録2021年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glutathione S-transferase u1
B: glutathione S-transferase u1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2083
ポリマ－52,9002
非ポリマー3071
水5,711317
1
A: glutathione S-transferase u1
ヘテロ分子

A: glutathione S-transferase u1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5154
ポリマ－52,9002
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,y,-z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18180 Å2
手法PISA
2
B: glutathione S-transferase u1

B: glutathione S-transferase u1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9002
ポリマ－52,9002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area3450 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area17320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.452, 46.440, 87.192
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.350, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 glutathione S-transferase u1


分子量: 26450.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leptinotarsa decemlineata (甲虫) / プラスミド: pET9Bc / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta II (DE3) / 参照: UniProt: A0A1P8PEY0, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 0.2 M sodium chloride, 20% w/v PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→29.22 Å / Num. obs: 42482 / % possible obs: 97.12 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04433 / Rpim(I) all: 0.0286 / Rrim(I) all: 0.05293 / Net I/σ(I): 16.28
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 2.71 / Num. unique obs: 3476 / CC1/2: 0.888 / CC star: 0.97 / Rpim(I) all: 0.2128 / Rrim(I) all: 0.3295 / % possible all: 79.63

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5ZFG

5zfg


解像度: 1.8→29.22 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1825 1741 4.1 %
Rwork0.1594 40734 -
obs0.1604 42475 97.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 117.85 Å2 / Biso mean: 29.8809 Å2 / Biso min: 8.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→29.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3416 0 35 317 3768
Biso mean--43.91 35.12 -
残基数----422
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.850.26331090.22572717282678
1.85-1.910.23021390.19833143328291
1.91-1.980.21311430.18153392353598
1.98-2.060.21371480.170934793627100
2.06-2.150.1981520.160234633615100
2.15-2.270.19721430.156334603603100
2.27-2.410.18881520.150735113663100
2.41-2.60.17761510.149734543605100
2.6-2.860.17841480.154234753623100
2.86-3.270.15851460.148435133659100
3.27-4.120.15891540.145335193673100
4.12-29.220.18551560.169636083764100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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