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- PDB-7rj8: CRYSTAL STRUCTURE OF AP2 ASSOCIATED KINASE 1 ISOFORM 1 COMPLEXED ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rj8
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AP2 ASSOCIATED KINASE 1 ISOFORM 1 COMPLEXED WITH LIGAND (2R)-2-AMINO-N-[3-(DIFLUOROM ETHOXY)-4-(1,3-OXAZOL-5-YL)PHENYL]-4-METHYLPENTANAMIDE
要素AP2-associated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / KINASE / AAK1 / LIGAND / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of clathrin-dependent endocytosis / clathrin complex / presynaptic endocytosis / AP-2 adaptor complex binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / Notch binding / clathrin-coated vesicle / positive regulation of Notch signaling pathway / cell leading edge ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / clathrin complex / presynaptic endocytosis / AP-2 adaptor complex binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / Notch binding / clathrin-coated vesicle / positive regulation of Notch signaling pathway / cell leading edge / calyx of Held / clathrin-coated pit / terminal bouton / regulation of protein localization / presynapse / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5QI / Chem-PG6 / Chem-YFV / AP2-associated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Pokross, M. / Muckelbauer, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Bicyclic Heterocyclic Replacement of an Aryl Amide Leading to Potent and Kinase-Selective Adaptor Protein 2-Associated Kinase 1 Inhibitors.
著者: Hartz, R.A. / Ahuja, V.T. / Nara, S.J. / Kumar, C.M.V. / Manepalli, R.K.V.L.P. / Sarvasiddhi, S.K. / Honkhambe, S. / Patankar, V. / Dasgupta, B. / Rajamani, R. / Muckelbauer, J.K. / Camac, D. ...著者: Hartz, R.A. / Ahuja, V.T. / Nara, S.J. / Kumar, C.M.V. / Manepalli, R.K.V.L.P. / Sarvasiddhi, S.K. / Honkhambe, S. / Patankar, V. / Dasgupta, B. / Rajamani, R. / Muckelbauer, J.K. / Camac, D.M. / Ghosh, K. / Pokross, M. / Kiefer, S.E. / Brown, J.M. / Hunihan, L. / Gulianello, M. / Lewis, M. / Lippy, J.S. / Surti, N. / Hamman, B.D. / Allen, J. / Kostich, W.A. / Bronson, J.J. / Macor, J.E. / Dzierba, C.D.
履歴
登録2021年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP2-associated protein kinase 1
B: AP2-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,85312
ポリマ－71,9562
非ポリマー1,89710
水5,098283
1
A: AP2-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8726
ポリマ－35,9781
非ポリマー8945
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: AP2-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9816
ポリマ－35,9781
非ポリマー1,0035
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.570, 74.570, 316.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 AP2-associated protein kinase 1 / Adaptor-associated kinase 1


分子量: 35978.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aak1, Kiaa1048 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q3UHJ0, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 293分子

#2: 化合物 ChemComp-5QI / N-[3-(difluoromethoxy)-4-(1,3-oxazol-5-yl)phenyl]-D-leucinamide


分子量: 339.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H19F2N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-YFV / 5-[(4-aminopiperidin-1-yl)methyl]-N-{3-[5-(propan-2-yl)-1,3,4-thiadiazol-2-yl]phenyl}pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-4-amine


分子量: 448.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H28N8S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.9 M ammonium sulfate, 0.14 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, and 1% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月20日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→48.28 Å / Num. obs: 29229 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 68.77 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 19 / Num. measured all: 365751
反射 シェル解像度: 2.59→3.18 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / Num. unique obs: 12983 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.5データスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: In house model

解像度: 2.59→48.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9347 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU R Cruickshank DPI: 0.362 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.411 / SU Rfree Blow DPI: 0.244 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.237
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2218 1434 4.94 %RANDOM
Rwork0.1853 ---
obs0.1871 29007 99.99 %-
原子変位パラメータBiso max: 165.55 Å2 / Biso mean: 55.27 Å2 / Biso min: 25.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3367 Å20 Å20 Å2
2---0.3367 Å20 Å2
3---0.6734 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.293 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.59→48.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4572 0 174 283 5029
Biso mean--73.48 55.47 -
残基数----602
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1629SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes117HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes752HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4890HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion627SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5700SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4890HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6732HARMONIC21.24
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.61
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.68 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3105 135 4.88 %
Rwork0.2123 2631 -
all0.2171 2766 -
obs--99.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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