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- PDB-7rj4: Co-crystal structure of lenacapavir bound to N74D mutant of disul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rj4
タイトルCo-crystal structure of lenacapavir bound to N74D mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer
要素CAPSID PROTEIN P24
キーワードViral Protein/Inhibitor / inhibitor / viral protein / Viral Protein-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal ...Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Chem-QNG / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Bester, S.M. / Kvaratskhelia, M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI062520 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI143649 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54 AI150472 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Structural and Mechanistic Bases of Viral Resistance to HIV-1 Capsid Inhibitor Lenacapavir.
著者: Bester, S.M. / Adu-Ampratwum, D. / Annamalai, A.S. / Wei, G. / Briganti, L. / Murphy, B.C. / Haney, R. / Fuchs, J.R. / Kvaratskhelia, M.
履歴
登録2021年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
改定 1.22022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32022年11月9日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.62024年12月25日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAPSID PROTEIN P24
B: CAPSID PROTEIN P24
C: CAPSID PROTEIN P24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,31027
ポリマ－76,3873
非ポリマー3,92424
水2,378132
1
A: CAPSID PROTEIN P24
B: CAPSID PROTEIN P24
ヘテロ分子

A: CAPSID PROTEIN P24
B: CAPSID PROTEIN P24
ヘテロ分子

A: CAPSID PROTEIN P24
B: CAPSID PROTEIN P24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,62154
ポリマ－152,7746
非ポリマー7,84748
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
2
C: CAPSID PROTEIN P24
ヘテロ分子

C: CAPSID PROTEIN P24
ヘテロ分子

C: CAPSID PROTEIN P24
ヘテロ分子

C: CAPSID PROTEIN P24
ヘテロ分子

C: CAPSID PROTEIN P24
ヘテロ分子

C: CAPSID PROTEIN P24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,62154
ポリマ－152,7746
非ポリマー7,84748
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)159.089, 159.089, 56.984
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Space group name HallP6
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z
#3: y,-x+y,z
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 5 or (resid 6...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 6 or resid 8...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 1 through 5 or (resid 6...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROLEUA1 - 6
d_12ens_1GLYPROA8 - 17
d_13ens_1THRPROA19 - 85
d_14ens_1HISPROA87 - 99
d_15ens_1GLYLEUA101 - 111
d_16ens_1GLULYSA113 - 131
d_17ens_1TRPVALA134 - 143
d_18ens_1METILEA145 - 154
d_19ens_1GLNGLNA156 - 177
d_110ens_1SERGLNA179 - 180
d_111ens_1VALGLUA182 - 188
d_112ens_1LEUVALA190 - 192
d_113ens_1ASNLEUA194 - 212
d_114ens_1GLUGLNA214 - 220
d_21ens_1PROLEUC1 - 6
d_22ens_1GLYPROC8 - 17
d_23ens_1THRPROC19 - 85
d_24ens_1HISPROC87 - 99
d_25ens_1GLYLEUC102 - 112
d_26ens_1GLULYSC114 - 132
d_27ens_1TRPVALC134 - 143
d_28ens_1METILEC146 - 155
d_29ens_1GLNGLNC157 - 180
d_210ens_1VALGLUC182 - 188
d_211ens_1LEUVALC190 - 192
d_212ens_1ASNLEUC194 - 212
d_213ens_1GLUGLNC215 - 221
d_31ens_1PROLEUE1 - 6
d_32ens_1GLYPROE8 - 17
d_33ens_1THRPROE19 - 85
d_34ens_1HISPROE87 - 99
d_35ens_1GLYLEUE101 - 111
d_36ens_1GLULYSE113 - 131
d_37ens_1TRPVALE133 - 142
d_38ens_1METILEE144 - 153
d_39ens_1GLNGLNE155 - 176
d_310ens_1SERGLNE178 - 179
d_311ens_1VALGLUE181 - 187
d_312ens_1LEUVALE189 - 191
d_313ens_1ASNLEUE193 - 211
d_314ens_1GLUGLNE213 - 219

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999721230506, -0.0148677204599, -0.0183415420115), (0.0149831755454, -0.999868687877, -0.00617344741771), (-0.0182473484542, -0.00644654099263, 0.999812720655)158.199950209, -93.2669536361, 1.29946706991
2given(0.0244358888232, -0.999673589373, 0.00745667803601), (-0.999665767728, -0.0244973130131, -0.00826041689733), (0.00844038918535, -0.00725233514463, -0.999938079816)-47.9474193813, 78.3317275137, 25.946785446

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要素

#1: タンパク質 CAPSID PROTEIN P24


分子量: 25462.256 Da / 分子数: 3 / 変異: A14C, E45C, N74D, W184A, M185A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B6DRA0
#2: 化合物 ChemComp-QNG / Lenacapavir / Sunlenca / GS-CA1 / GS-6207


分子量: 968.282 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H32ClF10N7O5S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.87 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.05M NaI, 3% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2020年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.32→46.32 Å / Num. obs: 12427 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 82.93 Å2 / CC1/2: 0.963 / Net I/σ(I): 3.1
反射 シェル解像度: 3.32→3.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 2530 / CC1/2: 0.838

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VKV

6vkv


解像度: 3.32→46.32 Å / SU ML: 0.5263 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.9198
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3307 586 4.89 %
Rwork0.2778 11402 -
obs0.2804 11988 96.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 84.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.32→46.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5047 0 213 132 5392
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00345413
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70367426
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0466808
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059947
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.86242004
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.782980625134
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.666611936047
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.32-3.650.39061250.33812526X-RAY DIFFRACTION86.75
3.65-4.180.34671260.28192930X-RAY DIFFRACTION99.35
4.18-5.270.30561660.26652940X-RAY DIFFRACTION99.97
5.27-46.320.3231690.26253006X-RAY DIFFRACTION99.62
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.34181800998-0.6682798011330.3960518901843.075803394650.2859719242883.05284418885-0.04027809923060.2265993280550.0769872328672-0.4599494140090.0148317226790.004412586639350.2315750333220.16770728947-1.24759077842E-80.718772382657-0.0789081344295-0.07925992173090.5300581245220.06672876363950.6965047506796.4154828189-65.0590009592-6.31083025192
20.9486754224440.232797658375-0.4576252414980.564370903863-0.5066077702622.06658184006-0.858498555583-0.308854702895-0.0300696066757-0.4011019471320.36965186870.4068764593070.351655584531-0.09528544006272.02696718061E-70.6155592944070.00652244441272-0.07821409780720.7042919739530.02829641220090.83623728900874.8240365416-84.121913861615.3896007608
31.40465431563-1.42065093015-0.6083442867191.711590916550.983010156981.146785404520.09673136080.1457201990560.146383114387-0.527025589318-0.193457049261-0.02118444761990.0480878462965-0.395655892591-1.07938930812E-50.539630186260.04294387739440.02632311103030.649099124835-0.02918309167920.68205398832662.6732579694-26.6040524879-6.31112976425
40.519568091630.721657264978-0.3121557012751.774191794940.2204363294480.5446246661740.701630705859-0.872642735501-0.6547294700431.84757357671-0.8596623254940.4800201148740.957500136433-0.2521008102070.03200640611270.730598487865-0.130961799216-0.1767575736610.83793486089-0.07955108559741.2686221600580.2348546295-12.341153222318.4032697799
50.394872114387-0.164366992073-0.5549000389150.4559606419220.7080561567411.245203566740.2771020124340.7405908401410.38574436945-0.4751164469660.04079465675340.167025549744-1.928985605370.6329537888110.00311653161141.11119500618-0.2442094966420.05122186917050.5164281128650.0002163532327920.99657474285388.1051348315-4.8567919957314.359525295
60.7617303980620.590482449876-0.6599712390920.486297634666-0.5256337669020.578804834097-0.50611016205-0.2394450167270.156362530184-0.01682718698670.3010297404340.188301830024-0.324704272592-1.09399709961-0.1983762542190.3441282585850.214165949701-0.2625906920770.568028117841-0.01358881935151.160432546088.24947879082-8.253920108742.8092150164
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 144 )AA1 - 1441 - 145
22chain 'A' and (resid 145 through 219 )AA145 - 219146 - 220
33chain 'B' and (resid 1 through 144 )BC1 - 1441 - 146
44chain 'B' and (resid 145 through 174 )BC145 - 174147 - 176
55chain 'B' and (resid 175 through 220 )BC175 - 220177 - 222
66chain 'C' and (resid 1 through 16 )CE1 - 161 - 16
77chain 'C' and (resid 17 through 43 )CE17 - 4317 - 43
88chain 'C' and (resid 44 through 62 )CE44 - 6244 - 62
99chain 'C' and (resid 63 through 83 )CE63 - 8363 - 83
1010chain 'C' and (resid 84 through 104 )CE84 - 10484 - 104
1111chain 'C' and (resid 105 through 125 )CE105 - 125105 - 125
1212chain 'C' and (resid 126 through 144 )CE126 - 144126 - 144
1313chain 'C' and (resid 145 through 160 )CE145 - 160145 - 160
1414chain 'C' and (resid 161 through 174 )CE161 - 174161 - 174
1515chain 'C' and (resid 175 through 189 )CE175 - 189175 - 189
1616chain 'C' and (resid 190 through 205 )CE190 - 205190 - 205
1717chain 'C' and (resid 206 through 220 )CE206 - 220206 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る