PDB-7rj3: Crystal Structure of the Forkhead Associated (FHA) Domain of the ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rj3

タイトル

Crystal Structure of the Forkhead Associated (FHA) Domain of the Glycogen Accumulation Regulator (GarA) from Mycobacterium tuberculosis

要素

Glycogen accumulation regulator GarA

キーワード

SIGNALING PROTEIN / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / FHA / Glycogen Accumulation Regulator

機能・相同性

Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Glycogen accumulation regulator GarA

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Pshenychnyi, S. / Dubrovska, I. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Forkhead Associated (FHA) Domain of the Glycogen Accumulation Regulator (GarA) from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Pshenychnyi, S. / Dubrovska, I. / Satchell, K.J.F.

履歴

登録	2021年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rj3.cif.gz	142.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rj3.ent.gz	109.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rj3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rj3_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rj3_full_validation.pdf.gz	460.1 KB	表示
XML形式データ	7rj3_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	7rj3_validation.cif.gz	21.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/7rj3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/7rj3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6i2pS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xyo-d 2dg4-d 4nms-2 6v84-1 1c9h-d 7rj3-2 1fbz-1 1neq-d 1fkg-d 2fke-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP96796

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glycogen accumulation regulator GarA

B: Glycogen accumulation regulator GarA

C: Glycogen accumulation regulator GarA

ヘテロ分子

60.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycogen accumulation regulator GarA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycogen accumulation regulator GarA

登録者が定義した集合体
20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Glycogen accumulation regulator GarA

登録者が定義した集合体
20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.135, 56.755, 92.264
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glycogen accumulation regulator GarA 分子量: 20009.754 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: garA, CAB90_02029 / プラスミド: pMCSG53 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2I7W7N0
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
配列の詳細	Protein is hydrolyzed.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.2 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 15.3 mg/mL protein in 0.5 M sodium chloride, 0.01 M Tris, pH 8.3 against JCSG+ screen G10 (0.15 M potassium bromide, 30% w/v PEG2000 MME)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月17日 / 詳細: Be
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→30 Å / Num. obs: 30373 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 20.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.07 / R_sym value: 0.065 / Χ²: 1.003 / Net I/σ(I): 26.9
反射シェル	解像度: 1.68→1.71 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.789 / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / Num. unique obs: 1511 / CC_1/2: 0.806 / CC star: 0.945 / R_pim(I) all: 0.325 / R_rim(I) all: 0.854 / R_sym value: 0.789 / Χ²: 1.003 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6I2P

6i2p

解像度: 1.68→29.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 4.627 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2228	1531	5 %	RANDOM
R_work	0.1744	-	-	-
obs	0.1769	28787	99.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 76.45 Å² / B_iso mean: 24.285 Å² / B_iso min: 12.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.57 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.68→29.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2373	0	7	219	2599
B_iso mean	-	-	52.72	32.39	-
残基数	-	-	-	-	311

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	2449
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.395	1.638	3325
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.347	1.581	5287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.407	5	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.478	21.301	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.251	15	385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.436	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.054	0.02	2828
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.049	0.02	535

LS精密化シェル

解像度: 1.684→1.728 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	104	-
R_work	0.236	1943	-
all	-	2047	-
obs	-	-	92.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7884	0.4682	0.7708	1.9813	0.3591	4.861	-0.0994	-0.015	-0.0835	0.1015	0.0557	0.0382	0.2719	-0.137	0.0438	0.0543	-0.0067	0.0142	0.0168	0.0205	0.0459	-12.009	1.0205	-14.4298
2	4.0225	0.0402	0.8653	2.7515	0.4663	2.1954	-0.0447	-0.1782	0.1972	0.1859	0.0377	0.0369	-0.1215	-0.1598	0.007	0.0863	0.0225	0.0148	0.0244	0.0084	0.0369	-10.2997	15.1056	-16.8735
3	12.3363	0.865	2.4321	3.2305	1.1727	2.7292	0.2296	0.1374	-0.1977	-0.359	-0.1127	-0.281	0.0456	0.0176	-0.1169	0.0951	0.0199	0.0105	0.0157	0.0021	0.0373	-9.6206	2.7197	-30.075
4	1.8718	-0.6466	0.8599	3.0717	-0.5621	2.9385	-0.0566	-0.0139	0.0575	0.1285	-0.0777	-0.2059	-0.0722	0.1644	0.1342	0.0298	0.0027	0.0107	0.0162	0.0188	0.0378	-0.3246	8.828	-19.0331
5	5.2349	5.0672	5.4698	6.8514	7.2668	10.9227	0.0111	0.1038	-0.1891	-0.0215	-0.0383	-0.0271	0.173	0.0614	0.0272	0.0599	0.0148	0.0206	0.02	0.0012	0.0582	-8.6734	-1.8243	-19.2872
6	5.9904	4.2457	2.4503	7.0692	2.4702	3.1143	-0.0714	-0.1899	-0.2115	0.0767	0.0763	-0.1773	0.0231	0.0211	-0.005	0.0333	0.0345	0.0223	0.0674	0.0407	0.034	-0.4716	-17.0943	5.1541
7	2.5793	0.8018	-0.054	0.5493	0.0132	5.8087	0.0242	-0.0629	-0.175	-0.0818	0.0604	-0.0971	0.0576	0.0729	-0.0846	0.048	-0.0026	0.0155	0.0453	0.0019	0.0316	1.5801	-12.6118	-5.4048
8	4.1436	1.1995	-0.1523	4.6539	3.8539	7.2781	0.0165	-0.0071	0.3312	-0.0136	-0.0485	-0.0288	-0.2143	-0.1471	0.032	0.0438	0.0245	0.0051	0.0141	0.0029	0.0407	-3.5778	-7.2881	-5.1648
9	4.0379	0.5429	-0.5735	2.6548	-0.8139	1.198	-0.0091	-0.1014	0.2519	-0.0036	0.1275	0.1353	-0.0001	-0.1687	-0.1184	0.0605	0.0256	0.0217	0.0433	0.0169	0.0311	-11.5984	-6.6232	-1.6807
10	3.7982	0.1326	1.0641	2.9289	1.4136	6.5114	-0.0771	-0.2557	-0.1682	0.1789	0.1313	-0.2154	0.134	0.1569	-0.0542	0.0473	0.0438	0.007	0.0733	0.0268	0.0357	-6.0967	-14.2378	3.6805
11	7.3864	-4.4466	-4.6048	5.3793	3.5491	11.3954	0.0939	0.2658	0.8349	-0.1373	-0.0324	-0.0687	-0.5673	-0.2811	-0.0615	0.0383	0.0039	-0.0231	0.0374	0.0529	0.1814	14.1796	11.8183	-17.0216
12	2.2144	0.2413	-1.3497	0.2001	-0.8943	7.6004	0.0014	0.1747	0.2288	0.0126	0.0514	-0.0209	-0.0311	-0.1093	-0.0527	0.0115	0.0027	0.006	0.052	0.0254	0.0655	12.1466	8.8327	-19.2236
13	3.0849	0.3244	0.2398	3.8505	1.6031	3.0968	0.0705	-0.1265	-0.1014	0.1296	-0.0798	0.0712	0.049	-0.261	0.0093	0.0408	-0.007	-0.0089	0.0272	0.0051	0.0082	14.159	-1.3702	-13.0692
14	4.3133	1.5645	-0.1476	1.6621	-0.2557	3.2524	0.0699	-0.213	0.1022	0.0509	-0.1035	-0.1505	-0.0054	0.02	0.0336	0.0459	-0.0135	-0.016	0.0141	0.0051	0.0476	23.8502	3.7367	-11.7185
15	2.7305	-2.3458	-2.4728	4.3892	5.0398	7.1941	0.0869	0.035	0.3151	-0.2121	0.0221	-0.0887	-0.2111	0.0179	-0.109	0.0329	-0.0048	-0.0147	0.0068	0.0218	0.0889	18.3853	12.5308	-14.5241

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	48 - 74
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	75 - 103
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	104 - 109
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	110 - 142
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	143 - 152
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	47 - 68
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	69 - 90
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	91 - 107
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	108 - 132
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	133 - 151
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	50 - 64
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	65 - 72
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	73 - 106
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	107 - 142
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	143 - 150

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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