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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7riz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RPA3624, a beta-propeller lactonase from Rhodopseudomonas palustris, with active-site bound 2-hydroxyquinoline | ||||||
要素 | Beta-propeller lactonase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / gamma-valerolactone | ||||||
機能・相同性 | gluconolactonase / gluconolactonase activity / Senescence marker protein-30 (SMP-30) / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / metal ion binding / QUINOLIN-2(1H)-ONE / Possible gluconolactonase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å | ||||||
データ登録者 | Bingman, C.A. / Hall, B.W. / Smith, R.W. / Fox, B.G. / Donohue, T.J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022 タイトル: A broad specificity beta-propeller enzyme from Rhodopseudomonas palustris that hydrolyzes many lactones including gamma-valerolactone. 著者: Hall, B.W. / Bingman, C.A. / Fox, B.G. / Noguera, D.R. / Donohue, T.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7riz.cif.gz | 220.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7riz.ent.gz | 146.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7riz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7riz_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7riz_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7riz_validation.xml.gz | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7riz_validation.cif.gz | 21.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/7riz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/7riz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32915.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌) 株: ATCC BAA-98 / CGA009 / 遺伝子: RPA3624 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6N3R9, gluconolactonase |
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#2: 化合物 | ChemComp-OCH / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.26 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Crystals were grown in a MRC SD2 plate set with a TTP Labtech Mosquito crystallization robot. Protein sample at 9.2mg/mL was inclubated with 5mM 2-hydroxyquinoline at 293K for 1 hour prior to ...詳細: Crystals were grown in a MRC SD2 plate set with a TTP Labtech Mosquito crystallization robot. Protein sample at 9.2mg/mL was inclubated with 5mM 2-hydroxyquinoline at 293K for 1 hour prior to plate setup. The crystal providing the refinement data set was grown by mixing 200 nL protein-2HQ solution with 100 nL reservoir solution, 24% PEG3350, 0.2 M CaCl2, 0.1M bistris pH 6.5. Crystals were cryoprotected by soaking in reservoir solution supplemented to 30% PEG3350 and direct immersion in liquid nitrogen |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12723 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月25日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.12723 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.71→33.19 Å / Num. obs: 30590 / % possible obs: 99.31 % / 冗長度: 19.5 % / Biso Wilson estimate: 27.74 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1008 / Rpim(I) all: 0.02366 / Rrim(I) all: 0.1036 / Net I/σ(I): 17.31 |
反射 シェル | 解像度: 1.71→1.771 Å / 冗長度: 20.2 % / Rmerge(I) obs: 1.421 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Num. unique obs: 2983 / CC1/2: 0.964 / CC star: 0.991 / Rpim(I) all: 0.323 / Rrim(I) all: 1.458 / % possible all: 98.19 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7RIS 解像度: 1.71→33.19 Å / SU ML: 0.2374 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.785 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.04 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.71→33.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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