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- PDB-7rie: Plasmodium falciparum M17 in complex with inhibitor MIPS2571 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rie
タイトルPlasmodium falciparum M17 in complex with inhibitor MIPS2571
要素M17 leucyl aminopeptidase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Aminopeptidase / Enzyme / Malaria / PEPTIDE BINDING PROTEIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / zinc ion binding ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / zinc ion binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Macro domain-like ...Peptidase M17, leucine aminopeptidase / Cytosol aminopeptidase signature. / Peptidase M17, leucyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M17, leucine aminopeptidase/peptidase B / Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5IF / CARBONATE ION / Leucine aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Webb, C.T. / McGowan, S.
資金援助1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Genetic and chemical validation of Plasmodium falciparum aminopeptidase Pf A-M17 as a drug target in the hemoglobin digestion pathway.
著者: Edgar, R.C.S. / Siddiqui, G. / Hjerrild, K. / Malcolm, T.R. / Vinh, N.B. / Webb, C.T. / Holmes, C. / MacRaild, C.A. / Chernih, H.C. / Suen, W.W. / Counihan, N.A. / Creek, D.J. / Scammells, P. ...著者: Edgar, R.C.S. / Siddiqui, G. / Hjerrild, K. / Malcolm, T.R. / Vinh, N.B. / Webb, C.T. / Holmes, C. / MacRaild, C.A. / Chernih, H.C. / Suen, W.W. / Counihan, N.A. / Creek, D.J. / Scammells, P.J. / McGowan, S. / de Koning-Ward, T.F.
履歴
登録2021年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M17 leucyl aminopeptidase
B: M17 leucyl aminopeptidase
C: M17 leucyl aminopeptidase
D: M17 leucyl aminopeptidase
E: M17 leucyl aminopeptidase
F: M17 leucyl aminopeptidase
G: M17 leucyl aminopeptidase
H: M17 leucyl aminopeptidase
I: M17 leucyl aminopeptidase
J: M17 leucyl aminopeptidase
K: M17 leucyl aminopeptidase
L: M17 leucyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)712,70180
ポリマ－702,93312
非ポリマー9,76868
水27,5091527
1
A: M17 leucyl aminopeptidase
B: M17 leucyl aminopeptidase
C: M17 leucyl aminopeptidase
D: M17 leucyl aminopeptidase
E: M17 leucyl aminopeptidase
F: M17 leucyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,42240
ポリマ－351,4676
非ポリマー4,95534
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: M17 leucyl aminopeptidase
H: M17 leucyl aminopeptidase
I: M17 leucyl aminopeptidase
J: M17 leucyl aminopeptidase
K: M17 leucyl aminopeptidase
L: M17 leucyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,28040
ポリマ－351,4676
非ポリマー4,81334
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)175.290, 175.858, 234.679
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 86 or (resid 87 and (name...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 86 through 101 or (resid 102...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 86 or (resid 87 and (name...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 86 through 101 or (resid 102...
d_5ens_1(chain "E" and (resid 86 through 112 or (resid 113...
d_6ens_1(chain "F" and (resid 86 through 101 or (resid 102...
d_7ens_1(chain "G" and (resid 86 or (resid 87 and (name...
d_8ens_1(chain "H" and (resid 86 through 101 or (resid 102...
d_9ens_1(chain "I" and (resid 86 through 101 or (resid 102...
d_10ens_1(chain "J" and (resid 86 through 101 or (resid 102...
d_11ens_1(chain "K" and (resid 86 or (resid 87 and (name...
d_12ens_1(chain "L" and (resid 86 through 101 or (resid 102...

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.498876653656, -0.390559932989, 0.773682766501), (0.370423700683, 0.710968935586, 0.597753673852), (-0.783523047784, 0.584795786044, -0.210013147722)71.9810192057, -70.9780154637, 146.739253794
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3given(0.520434241624, 0.408925133623, -0.749618859979), (0.392989456664, -0.894080961867, -0.214891881136), (-0.758094642572, -0.182755215298, -0.626013613418)86.9187076259, 92.1700629028, 226.63813243
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5given(-0.999580529989, 0.00356685130029, -0.0287409401076), (0.0209720717697, -0.595258090474, -0.803260840531), (-0.0199733891004, -0.803526653756, 0.594933593295)167.933097254, 161.970254312, 84.775615643
6given(0.999911534062, 0.00452211292489, 0.0125089785361), (-0.00449218169745, 0.999986982247, -0.00241984304873), (-0.0125197585008, 0.00236343637061, 0.999918831614)3.98881896259, 0.599165710811, -115.816288809
7given(-0.505963534059, -0.382648614339, 0.773033595742), (0.376557922411, 0.708311729518, 0.59707505801), (-0.776018706779, 0.593190131216, -0.214290538653)77.6196743724, -71.2476301961, 29.2373277695
8given(-0.49616165521, 0.382974769492, -0.779200832797), (-0.376301484766, 0.713931310948, 0.590507642466), (0.782445400308, 0.586201679612, -0.210111366558)181.169454376, -9.14976963383, -98.9622175158
9given(0.513018726882, 0.404072693069, -0.75732228581), (0.392620364989, -0.895031838742, -0.211582741813), (-0.76332236628, -0.188794243434, -0.617815262666)93.9556433746, 91.9024531532, 109.857098396
10given(0.482449250631, -0.393803569712, 0.782407482741), (-0.361563026389, -0.90312081872, -0.231613826751), (0.797818838155, -0.171147700177, -0.578094772688)-4.11563416474, 156.996771474, -24.7932379027
11given(-0.999619800641, -0.00671274420406, -0.0267430968956), (0.0254982896206, -0.594141934411, -0.803955968322), (-0.010492444555, -0.804332208009, 0.594087205524)173.729062344, 161.599710161, -32.6200470545

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
M17 leucyl aminopeptidase


分子量: 58577.777 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IL11, leucyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 6種, 1595分子

#2: 化合物
ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#3: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-5IF / N-{(1R)-2-(hydroxyamino)-1-[4'-(hydroxymethyl)[1,1'-biphenyl]-4-yl]-2-oxoethyl}-2,2-dimethylpropanamide


分子量: 356.416 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG400, 0.2M LiSO4, 0.1M Tris pH 7.5 to 8.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953727 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953727 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→48.8 Å / Num. obs: 250390 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 41.46 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.49→2.54 Å / 冗長度: 6.5 % / Num. unique obs: 11256 / CC1/2: 0.683 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KQZ

3kqz


解像度: 2.49→48.75 Å / SU ML: 0.3238 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.1335
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2286 12429 4.97 %
Rwork0.1953 237673 -
obs0.1969 250102 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→48.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数47006 0 528 1527 49061
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003148430
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.570665734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04457558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00358323
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.81266692
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.405553780777
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.440643941227
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.894029676062
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.843571002632
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.843657237696
ens_1d_7AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.303639774483
ens_1d_8AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.431892486678
ens_1d_9AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.401156460973
ens_1d_10AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.875634175724
ens_1d_11AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.843648917641
ens_1d_12AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.827082126175
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.520.38923840.32226793X-RAY DIFFRACTION86.51
2.52-2.550.31253970.27787959X-RAY DIFFRACTION99.99
2.55-2.580.30884480.26937854X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.620.31334190.26137902X-RAY DIFFRACTION99.95
2.62-2.650.3184240.2577841X-RAY DIFFRACTION99.96
2.65-2.690.29813960.24127909X-RAY DIFFRACTION99.99
2.69-2.720.29313950.2437923X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.760.28864240.24067899X-RAY DIFFRACTION99.99
2.76-2.810.28754320.23547858X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.850.27694230.23517913X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.90.27964630.23087874X-RAY DIFFRACTION99.99
2.9-2.960.27823860.23257960X-RAY DIFFRACTION99.98
2.96-3.010.27233830.23787933X-RAY DIFFRACTION99.99
3.01-3.070.27264080.23047946X-RAY DIFFRACTION99.99
3.07-3.140.2824120.23277940X-RAY DIFFRACTION99.96
3.14-3.210.25793910.21987938X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.290.24944030.21727947X-RAY DIFFRACTION99.99
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3.48-3.60.25144210.20657973X-RAY DIFFRACTION99.99
3.6-3.720.20584120.18397952X-RAY DIFFRACTION99.98
3.72-3.870.20443980.17467973X-RAY DIFFRACTION99.94
3.87-4.050.21054010.16657992X-RAY DIFFRACTION99.99
4.05-4.260.20963860.15868030X-RAY DIFFRACTION99.95
4.26-4.530.1624580.14297974X-RAY DIFFRACTION100
4.53-4.880.17113790.14578065X-RAY DIFFRACTION99.93
4.88-5.370.18093970.16048029X-RAY DIFFRACTION99.91
5.37-6.150.2124450.18388062X-RAY DIFFRACTION99.95
6.15-7.740.18244390.17688144X-RAY DIFFRACTION99.98
7.74-48.750.15954430.16088258X-RAY DIFFRACTION98.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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